RnoINT0004955 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000058784 | AABR07044362.4
Description
NA
Coordinates
chr20:3170034-3199279:-
Coord C1 exon
chr20:3199240-3199279
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr20:3170034-3171859
Length
27380 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
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3' ss Score
7.73
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
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Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
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A:
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C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]