Special

MmuINT0006791 @ mm10

Intron Retention

Gene
ENSMUSG00000092368 | A930015D03Rik
Description
RIKEN cDNA A930015D03 gene [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1925060]
Coordinates
chr17:35994453-36038435:+
Coord C1 exon
chr17:35994453-35994560
Coord A exon
chr17:35994561-36037432
Coord C2 exon
chr17:36037433-36038435
Length
42872 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGC
5' ss Score
9.89
3' ss Seq
TTTTTCCTGGCCCTTCCCAGGTG
3' ss Score
10.06
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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NA





     
      









    
Other Inclusion Isoforms:
NA
          









    
Other Skipping Isoforms:
NA
  



Associated events







Other assemblies


mm9




Conservation


Human
(hg38)
chr11:102294880-102295041 
Human
(hg19)
chr19:13004908-13004928 
Rat
(rn6)
chr20:3171860-3199239 
ALTERNATIVE
RnoINT0004955
(AABR07044362.4)
Cow
(bosTau6)
chr2:111821102-111821123 
Chicken
(galGal4)
chr16_JH375207_random:7575-9148 
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
chr1:44347749-44348228 
LOW PSI
DreINT0128983
(rps6)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected




Primers PCR

	

		

			
Suggestions for RT-PCR validation

			

				
F: 
No suggested primer sequences

				
R: 
No suggested primer sequences

				
Band lengths: 

			

		

	





	
Functional annotations
(Submit an annotation)

	


There are 0 annotated functions for this event 


		










GENOMIC CONTEXT[edit]












INCLUSION PATTERN[edit]






SPECIAL DATASETS
  • Pre-implantation embryo development
  • Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
  • Neural differentiation time course
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types





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