MmuINT0006791 @ mm9
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr17:36131449-36175119:+
Coord C1 exon
chr17:36131449-36131505
Coord A exon
chr17:36131506-36174377
Coord C2 exon
chr17:36174378-36175119
Length
42872 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGC
5' ss Score
9.89
3' ss Seq
TTTTTCCTGGCCCTTCCCAGGTG
3' ss Score
10.06
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTTTGCGTCTAGTCCGGCGTCGCAGACCGGTTTCGCCATGTCTCTTCCTCAAACG
Seq A exon
GTAAGCCCACGAAAACCTTTTAAAGTCGCTGTTTGTTTGTTTTGGTCAGAAATGTCGGTTATCAAATCTAGAAAAGCGTACAATCGTCAAGCCTTCGCAACTTGAAGCGCCTACTATAGTATTTTTCATTTTAATTTTCTCGGCTCAACTAAGCTTACTTAGTAGATTTATTCATTCATTTCAGGACAGGTTTTCTCTGTGTAGCCCTGACTTTCCTGGAGCTCGATCTGTTGACTAGGCTGGCCTCGAACCCAGATCTATCTGCCTAGGCCTACGGAGTGCTGGAAATAAAGACCTGCACCACCATGCCCGGCCCTCATTAGATTTTAATTTCCCCAGCTTTATTTATTTAGGTGTAAGTGACAAAAATTGCACACGTTTGAAATATATAACGTGGTGTGTTAAAACACATTGTTTAGGGCCGCGGAGGTTGCTTAATCGGTAAAGAGCTTGCTTTGTAGCACAGGACCTCCGAGGTTGATCATCGGAAATCGCTTTAAAAATGTGAGCGTGGTGGCTTGTTATGAAAACCCAGCTGGGAGGAAGACAGGCCGATCCCCGGGACTACTCGGGACTACTCGGTGAACCGCAGTAGCCTAAGTAGTGAGTCTTAGAGGAAAAAAAAATGGAGGCTGTGTTAGGAAAGATACAGTTGTCCTCTGGTCTCCACTCTTCACACCTTATAAAGGGAATGGTGGTAGGCACGGTGTCTCACTCCTTTAATGCCAGCATTCAGGAGGTGGATTTCTGTGAGGTCAGGATGAATGAGCCATGGAAGAGATTAAGCCAGTTACTCAGAGAACTCGATATTGGTTTTTTTTTTTTTTGGAGGGGGGGGGACTGGGGGGGGGGCGGTCTTGCTATGTAGTAGGGTCTGGCCTGGACTCTGTCTGCCTTTGCCTATTGAACGCTAGGATTAAAGGCATTCGCCACCATGTCTGGTTGAAATGAAGTTCTTGATGTGTTAGAAGTCTAATAAGCAGGGCTGGAGAGAGGGCTCAGCAGGTAAGAGCACCGGCTGCTCTTCCAGAGGACCCAGGTTCAGTGTCCAGCACTGGTGGCTGCATGCAGGCAAAAATATTCATACATTGGATCCTGGGTGGTCACAGGAAACATTGTTTAATGAAAGTTGCTAGCCCAGATCACATTCTTGCTGAGTTGAAATTTGGTGCTGGTAGTTCATAGCATGTCCGTACACAGCAGGGAAAATACAGATGGTATTATCCGCCCGAGAAGATTGCTCAGACATGGGTTTAAGCCACTAGAAAGTCTTTAGTAGCTGGCTGGGGGTGACACTGAGTGTCCAGGCTCCCAGTGTCCCCGAGTCTTTCTCTGAGTGAACTTTTTTTTTATTGTTTTTTTTTTATTAGGTATTTTCCTCGTTTACATTTTCAATGCTATCCCAAAGGTCCCCCATACCCCCCCCCCCCGAGTGAACTTTTAAACACCAAAAACCATGTTCTGGGTTGACATACTTGAGTTAACAAGAACAGTTATCCAGAAGCAGACAGCAATGTTAGTACATTTAGACATTTCCCCAGAACTACAGACTTTGATGGATTAAGTCTTTGTTTTCATTTTGTCCGGGGGATACTGTCTTGGTGCTGAGTTTTACATCCTGAATGGCACTTCCATCATGGAGTCACTTGTGCTAAGGTCTCAGAGGCCTACTGAGTGGTTGTTATTGACTATCTTGTTAATAACAAGACTATTAACAGAGGTGGCTAAGAATTGACGGAGAAGTGTAAGGCCTTGAGAGACAAATCACGTGCTGGGGTCCTTGGTTAGTGTGATTACAGAGAGTTTGGTATGTCCTAACTAACTGCTTCTGACAGGTACCCAATGCAAAGGGCAGACAGAAAGCCTCTTATACCTTTTATGGCTTCTGAGCTGAGAGCTAGCTAGCCCTGGCTTCTCAGTATAGTAGTGGTGGTCTGGCAGTGCCCATTAAATATGCTAAGGATACTAGTGGAGATCCTGAGTCTGCTACTGCCCCCGGCCCCCTTCCCCTCCCCCCTCCTTTCTCAGGAAACACCTTCCTAGACACATCAACTGTTTAATAGCATCTTGCTTCATAACGAGTGGCTGTCTTCTTCTGGACCTACCTCCATCAGCTCTCATTGCTTCTAGGCCAATAATGAATGTAGATGAAAGGATTTTTCAGAGTAGAACGGGGCGTTTTGGAAGGAGATTGCTACACTAAAGAGTAGCAGGGCCGGGCGTGGTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGTAGCAGGGTTCTGCTCTCATTCTCCTCTCCTCCCCTCCCCATCACCTCTTCCCAGTACCCTTATGTGTTCTGTGGCTGGAGAGCGACCAAGCTGCTGCTGGATCGAGTGATGGGATCCCCGATACGTGTTGCACCGTTTTGCACCACTAGGGGATGCAAGCAGGCCTTGTCTGTGGTTTAGGCTGACAGTTCTAGGCGGCTGTCTAGAAAGACCGAGAAGATGGAGATTCTACGATCAGTTCCCCAAAAGGTCACTAGAGGGCAGCATCTGACAGGAGGTTGCATATTGGCAGGAAGGCTAGGTGACCCTGGCCCAGCCAGTCACGAAGACAGGGCAGGCAGGCTTCGTCTTACTCACCTGCCAAGAGTGAAGCATGAATCTGGCCAGAATTCTAACGAGGAGCAACCATCTTTCACAATTGTAGCTTGATTACTTTGCATTCTTTCTTTGAATTCATCTTCACAAGGATTGACAAACATTTTTTCTCCTGTCTTAAATGGTTATGTCTGCCACAACAGTAAATACTCAAAACCTGTTGCTTGGTTATCCTGCCACACTTTGCTCTTCTCTATGCTAGCGGGAGACTTTGTCTATATTATCTCACCTTAAATCATGCTCAGTGATGTCACTTTGCAGGGGTTGGTTTTGATTTTTTTGTCTATTGTATAACCTTGACTATCCTGGAACTCACTCTGTAGACTAAGCCTCTTTCGAGCTCCAAAAAAACCGACCCCTCCGCCCCTCCCCCAGCCCCGTGCCAAGATCAAAGATGTGCCCCGCTGCCCAGCTCACTTTGCATTTTTTATATCACAGAGATTAGCAAATTTGAGGCCGGAGAGATCGCTCAGTCAGCAAAAGCGCTATCTGTACAAGCACGAGGCTCTGATTTCAAATCCCTTGCACCCGAGTGAAAATCAGCCTGGTGGCAGCTCGCAATCCTCTCACTAGGGAGGCAGAGGCGTGGTGATGGGGGTTGGTGGGTGGGGCTTCCAGGCCAGTCAGGTTTGTTGGGTTAGCCAGCTCCTGTGGGCTTGGGGTGCGGGCTGAATAAAAAGGGACCGGCTACTAGGAGCACTCCCCACTCTCTGCTTCTCGATTGTGGGTGCAGTGTGACCAGCAACCTTGCCTTCCCAGCCATGGTAAAGTGAGTGTATCTTTCAAAGGGTGAGCCAAAAAAAGATACTTCTTTAAGTGTTTTGTTTTTTCTTTTCTTTTTCTTTCTTTTCTTTTTTGAGGTATTTTGTTTCAGTACTGAGAAAAGTGATGGCTACTTTGTGACATGTAACTTACTCACTTAAGGTTTAGTTCCTCAATTTGGATGCTTGGTTCCCAGTTGGTGGAGTGTTGTGAAGGACTAGGGGTGTGGCCTTGTTGGAGGAGGTGTGTCCCTAGGGTGGCTTTTAAGATTTTGAAAGTCCTTGCCAGACCCAGTCTGCCTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTTTCCTCTGCCTGTGGATCATGATTTAAAGCTCTCAGCTACTTTTCTAGCGCCATGCCTGTCTGTTTGGCATGCTTCCTCTTGGGATGGTAATGGACTAACCCTCTGAAACGGAAAGCAAGCACCCAGTAAGTTTGTTTTCTTTCTTTCTTTTTCTTTCCTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTATAAGGAGAGGAGACAGAGGGAGAGGGCTAGAGGAAGGGAGACACTGGGAGAGACTAACTTAAGTTGTAGAGGAATCAGTCTGTGTTCAGTGGAAGAGGCTGGCAGGTGCAGTGGCAGTGGCAGTGGCAGTGTGGGCAGACACCAGGGCACTTATTGGTAGTGAGGGGAAGGGATAGCCCAGAACACTGTGTGTGAGAGGCAGCTGTTTCCTCTCCCTCTCCCCCCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCGCTCTCTCGCTCTCGCTCTAATAGTTATATTCTCTAAAATGGTTACATTATTAAATTAACCTCATGCAAGGCCATCATCACCTGCCTCCTGCTGTACCTTAACTGCTTTGTTTGCTTAAATAAGAATTAGGGAAACAGATTATTTAATTACTGGGAAACTTGGGTTGATGAGAAGGCTCAGTGGGTAAAGGCACATGTCACCAAGCTTGATCACGTGAGTTCCAGCTCTTGGACTCACATTCTTGGGTAAGAACCCACCATACAGTTTGTTATCTGGCCTTACACGTGTACCTTGACAACCACGTGCCAAATTCCTAAGAGATGGAACAAAGTTCTAAATAATGCTAAACATCTTTTGTTGTACAAAATAAAACAATTATTGAAGTTAGCTTGACATTTTAGTACTTTAAATAATAAATATAATTTTTCAGATTAACCACCTTAGGGACGCTTCAATGGCAGTAAATATATCCATATCTTTGTGTGACCATCCGTACCATCTGTCTTCAGAACTTCTTCACCTTGTAAAACTGAAACTCTGTATCCATTAAACAGAAACTTTTCATTTCTCCCTTTGGTCGGCACCCGACAGTAGTCCCAGGTTGCAGATGTTTGCCACACACACAGTACCCGACCACTTCCTTTTGTTAGAATAACCTTAACTCCCCACGTGTTTCTTCTAAATTTAGCGTTCACCTCCTT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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NA
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA

Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs: