Special

MmuINT0006791 @ mm9

Intron Retention

Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr17:36131449-36175119:+
Coord C1 exon
chr17:36131449-36131505
Coord A exon
chr17:36131506-36174377
Coord C2 exon
chr17:36174378-36175119
Length
42872 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGC
5' ss Score
9.89
3' ss Seq
TTTTTCCTGGCCCTTCCCAGGTG
3' ss Score
10.06
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTTTGCGTCTAGTCCGGCGTCGCAGACCGGTTTCGCCATGTCTCTTCCTCAAACG
Seq A exon
GTAAGCCCACGAAAACCTTTTAAAGTCGCTGTTTGTTTGTTTTGGTCAGAAATGTCGGTTATCAAATCTAGAAAAGCGTACAATCGTCAAGCCTTCGCAACTTGAAGCGCCTACTATAGTATTTTTCATTTTAATTTTCTCGGCTCAACTAAGCTTACTTAGTAGATTTATTCATTCATTTCAGGACAGGTTTTCTCTGTGTAGCCCTGACTTTCCTGGAGCTCGATCTGTTGACTAGGCTGGCCTCGAACCCAGATCTATCTGCCTAGGCCTACGGAGTGCTGGAAATAAAGACCTGCACCACCATGCCCGGCCCTCATTAGATTTTAATTTCCCCAGCTTTATTTATTTAGGTGTAAGTGACAAAAATTGCACACGTTTGAAATATATAACGTGGTGTGTTAAAACACATTGTTTAGGGCCGCGGAGGTTGCTTAATCGGTAAAGAGCTTGCTTTGTAGCACAGGACCTCCGAGGTTGATCATCGGAAATCGCTTTAAAAATGTGAGCGTGGTGGCTTGTTATGAAAACCCAGCTGGGAGGAAGACAGGCCGATCCCCGGGACTACTCGGGACTACTCGGTGAACCGCAGTAGCCTAAGTAGTGAGTCTTAGAGGAAAAAAAAATGGAGGCTGTGTTAGGAAAGATACAGTTGTCCTCTGGTCTCCACTCTTCACACCTTATAAAGGGAATGGTGGTAGGCACGGTGTCTCACTCCTTTAATGCCAGCATTCAGGAGGTGGATTTCTGTGAGGTCAGGATGAATGAGCCATGGAAGAGATTAAGCCAGTTACTCAGAGAACTCGATATTGGTTTTTTTTTTTTTTGGAGGGGGGGGGACTGGGGGGGGGGCGGTCTTGCTATGTAGTAGGGTCTGGCCTGGACTCTGTCTGCCTTTGCCTATTGAACGCTAGGATTAAAGGCATTCGCCACCATGTCTGGTTGAAATGAAGTTCTTGATGTGTTAGAAGTCTAATAAGCAGGGCTGGAGAGAGGGCTCAGCAGGTAAGAGCACCGGCTGCTCTTCCAGAGGACCCAGGTTCAGTGTCCAGCACTGGTGGCTGCATGCAGGCAAAAATATTCATACATTGGATCCTGGGTGGTCACAGGAAACATTGTTTAATGAAAGTTGCTAGCCCAGATCACATTCTTGCTGAGTTGAAATTTGGTGCTGGTAGTTCATAGCATGTCCGTACACAGCAGGGAAAATACAGATGGTATTATCCGCCCGAGAAGATTGCTCAGACATGGGTTTAAGCCACTAGAAAGTCTTTAGTAGCTGGCTGGGGGTGACACTGAGTGTCCAGGCTCCCAGTGTCCCCGAGTCTTTCTCTGAGTGAACTTTTTTTTTATTGTTTTTTTTTTATTAGGTATTTTCCTCGTTTACATTTTCAATGCTATCCCAAAGGTCCCCCATACCCCCCCCCCCCGAGTGAACTTTTAAACACCAAAAACCATGTTCTGGGTTGACATACTTGAGTTAACAAGAACAGTTATCCAGAAGCAGACAGCAATGTTAGTACATTTAGACATTTCCCCAGAACTACAGACTTTGATGGATTAAGTCTTTGTTTTCATTTTGTCCGGGGGATACTGTCTTGGTGCTGAGTTTTACATCCTGAATGGCACTTCCATCATGGAGTCACTTGTGCTAAGGTCTCAGAGGCCTACTGAGTGGTTGTTATTGACTATCTTGTTAATAACAAGACTATTAACAGAGGTGGCTAAGAATTGACGGAGAAGTGTAAGGCCTTGAGAGACAAATCACGTGCTGGGGTCCTTGGTTAGTGTGATTACAGAGAGTTTGGTATGTCCTAACTAACTGCTTCTGACAGGTACCCAATGCAAAGGGCAGACAGAAAGCCTCTTATACCTTTTATGGCTTCTGAGCTGAGAGCTAGCTAGCCCTGGCTTCTCAGTATAGTAGTGGTGGTCTGGCAGTGCCCATTAAATATGCTAAGGATACTAGTGGAGATCCTGAGTCTGCTACTGCCCCCGGCCCCCTTCCCCTCCCCCCTCCTTTCTCAGGAAACACCTTCCTAGACACATCAACTGTTTAATAGCATCTTGCTTCATAACGAGTGGCTGTCTTCTTCTGGACCTACCTCCATCAGCTCTCATTGCTTCTAGGCCAATAATGAATGTAGATGAAAGGATTTTTCAGAGTAGAACGGGGCGTTTTGGAAGGAGATTGCTACACTAAAGAGTAGCAGGGCCGGGCGTGGTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGTAGCAGGGTTCTGCTCTCATTCTCCTCTCCTCCCCTCCCCATCACCTCTTCCCAGTACCCTTATGTGTTCTGTGGCTGGAGAGCGACCAAGCTGCTGCTGGATCGAGTGATGGGATCCCCGATACGTGTTGCACCGTTTTGCACCACTAGGGGATGCAAGCAGGCCTTGTCTGTGGTTTAGGCTGACAGTTCTAGGCGGCTGTCTAGAAAGACCGAGAAGATGGAGATTCTACGATCAGTTCCCCAAAAGGTCACTAGAGGGCAGCATCTGACAGGAGGTTGCATATTGGCAGGAAGGCTAGGTGACCCTGGCCCAGCCAGTCACGAAGACAGGGCAGGCAGGCTTCGTCTTACTCACCTGCCAAGAGTGAAGCATGAATCTGGCCAGAATTCTAACGAGGAGCAACCATCTTTCACAATTGTAGCTTGATTACTTTGCATTCTTTCTTTGAATTCATCTTCACAAGGATTGACAAACATTTTTTCTCCTGTCTTAAATGGTTATGTCTGCCACAACAGTAAATACTCAAAACCTGTTGCTTGGTTATCCTGCCACACTTTGCTCTTCTCTATGCTAGCGGGAGACTTTGTCTATATTATCTCACCTTAAATCATGCTCAGTGATGTCACTTTGCAGGGGTTGGTTTTGATTTTTTTGTCTATTGTATAACCTTGACTATCCTGGAACTCACTCTGTAGACTAAGCCTCTTTCGAGCTCCAAAAAAACCGACCCCTCCGCCCCTCCCCCAGCCCCGTGCCAAGATCAAAGATGTGCCCCGCTGCCCAGCTCACTTTGCATTTTTTATATCACAGAGATTAGCAAATTTGAGGCCGGAGAGATCGCTCAGTCAGCAAAAGCGCTATCTGTACAAGCACGAGGCTCTGATTTCAAATCCCTTGCACCCGAGTGAAAATCAGCCTGGTGGCAGCTCGCAATCCTCTCACTAGGGAGGCAGAGGCGTGGTGATGGGGGTTGGTGGGTGGGGCTTCCAGGCCAGTCAGGTTTGTTGGGTTAGCCAGCTCCTGTGGGCTTGGGGTGCGGGCTGAATAAAAAGGGACCGGCTACTAGGAGCACTCCCCACTCTCTGCTTCTCGATTGTGGGTGCAGTGTGACCAGCAACCTTGCCTTCCCAGCCATGGTAAAGTGAGTGTATCTTTCAAAGGGTGAGCCAAAAAAAGATACTTCTTTAAGTGTTTTGTTTTTTCTTTTCTTTTTCTTTCTTTTCTTTTTTGAGGTATTTTGTTTCAGTACTGAGAAAAGTGATGGCTACTTTGTGACATGTAACTTACTCACTTAAGGTTTAGTTCCTCAATTTGGATGCTTGGTTCCCAGTTGGTGGAGTGTTGTGAAGGACTAGGGGTGTGGCCTTGTTGGAGGAGGTGTGTCCCTAGGGTGGCTTTTAAGATTTTGAAAGTCCTTGCCAGACCCAGTCTGCCTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTTTCCTCTGCCTGTGGATCATGATTTAAAGCTCTCAGCTACTTTTCTAGCGCCATGCCTGTCTGTTTGGCATGCTTCCTCTTGGGATGGTAATGGACTAACCCTCTGAAACGGAAAGCAAGCACCCAGTAAGTTTGTTTTCTTTCTTTCTTTTTCTTTCCTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTATAAGGAGAGGAGACAGAGGGAGAGGGCTAGAGGAAGGGAGACACTGGGAGAGACTAACTTAAGTTGTAGAGGAATCAGTCTGTGTTCAGTGGAAGAGGCTGGCAGGTGCAGTGGCAGTGGCAGTGGCAGTGTGGGCAGACACCAGGGCACTTATTGGTAGTGAGGGGAAGGGATAGCCCAGAACACTGTGTGTGAGAGGCAGCTGTTTCCTCTCCCTCTCCCCCCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCGCTCTCTCGCTCTCGCTCTAATAGTTATATTCTCTAAAATGGTTACATTATTAAATTAACCTCATGCAAGGCCATCATCACCTGCCTCCTGCTGTACCTTAACTGCTTTGTTTGCTTAAATAAGAATTAGGGAAACAGATTATTTAATTACTGGGAAACTTGGGTTGATGAGAAGGCTCAGTGGGTAAAGGCACATGTCACCAAGCTTGATCACGTGAGTTCCAGCTCTTGGACTCACATTCTTGGGTAAGAACCCACCATACAGTTTGTTATCTGGCCTTACACGTGTACCTTGACAACCACGTGCCAAATTCCTAAGAGATGGAACAAAGTTCTAAATAATGCTAAACATCTTTTGTTGTACAAAATAAAACAATTATTGAAGTTAGCTTGACATTTTAGTACTTTAAATAATAAATATAATTTTTCAGATTAACCACCTTAGGGACGCTTCAATGGCAGTAAATATATCCATATCTTTGTGTGACCATCCGTACCATCTGTCTTCAGAACTTCTTCACCTTGTAAAACTGAAACTCTGTATCCATTAAACAGAAACTTTTCATTTCTCCCTTTGGTCGGCACCCGACAGTAGTCCCAGGTTGCAGATGTTTGCCACACACACAGTACCCGACCACTTCCTTTTGTTAGAATAACCTTAACTCCCCACGTGTTTCTTCTAAATTTAGCGTTCACCTCCTT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Features
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Main Inclusion Isoform:


Main Skipping Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
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Other Skipping Isoforms:
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Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development