RnoINT0010295 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000004378 | Abca5
Description
ATP binding cassette subfamily A member 5 [Source:RGD Symbol;Acc:628661]
Coordinates
chr10:98583959-98592994:-
Coord C1 exon
chr10:98592903-98592994
Coord A exon
chr10:98584086-98592902
Coord C2 exon
chr10:98583959-98584085
Length
8817 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTAGT
5' ss Score
8.02
3' ss Seq
TACTATTTGTATGTGCTTAGGGC
3' ss Score
7.68
Exon sequences
Seq C1 exon
CCCTACCTGCAGTGTGTACTGTGGATTTTCCTCTTACAACACTATGAGAAAAAACATGGAGGCAGATCAATAAGAAAGGATCCGCTTTTCAG
Seq A exon
GTTAGTTACAGAATTACACATTATCATTTTAAATATCAATATAATTTTAAATGTGTCCAGCACTTTAAAGTAACAGTATCCATCTATTAGCAGTAACTTTCCCACAGACTTTCCGTGCCTTTAAGCCCTGTGCTACCCCTAATCTATATTCATGAAGTTTGCCTGTTCTGAACATTATATATATATGACATTATATATATATATGAAACTGGGGTTTCATATATATACATATATATATGTATATATATAACGTAGTCTTTTTTTACTTCATTCTTATGCGTACTATAATATCTTTCTTTTTCTGTAAACTAAACATTAATGTGCAGTGTCCTTCACATGTTACTTGCATGTTCGTTCTGAGTAGTTATATAATACATGAAAACATTGGTTTAGGAAAGAAGACATATATTTGAAACTAAAGACCGTGGTTCTATTAGGAACTTTAAGTGAACTTAAGTTGAATAGTCACCTGCTTTTTCCTGTATTGGGCACATTAATGTTTAAAGAAGTCAGATTGTGAGGATGTGACTTATTCACTTTTTATTACATTAATATTTATTTTGTATCTATATGTACTTTTCAAAAATTTTTTGTTAGATATATTTCTTTACTTATATTTCAAATGTTATTCCCCTTCCCAGTTTCCTGTCCATAAGTCCCTATCTCCTCCTCTCCCCCTCCCCAAGTCTTTCTTCAGAGACTTGAAGTTCTTGTCATACAGATCTTTCACTTGCTTGGTTAAAGTCACACCAAGATATTTTATAATATTTGGGACTATTGTGAAGGGTGTCATTTCCCTAATTTCTTTCCCAGCCTGCTTATCCTTTGAGTAGAGGAAGGCTACTGATTTATTTGAGCTAATTTTATACCCAGCCACTTTGCTGAAGTTGTTTATCAGCTTTAGTAGTTCTCTGGTGGAACTTTTGGGATCACTTAAGTACACTATCACATCATCTGCAAATAGTGATATTTTGATTTCTTCCCTTCCAATTTGTACTCCTTTGACCTCCTTTCGCTGTCTGATTGCTCTGGCTAGGACTTCGAGTACTATATTGAATAAGTGTGGAGAGAGTGGGCAGCCTTGTTTAGTCCCTGATTTTAGTGGGATTGCTTCAAGTTTCTCTCCATTTAGTTTAATGTTAGCTACTGGTTTGCTGTACATGGCTTTTACTGTGTTTAGGTATGGGCCTTGAATTCCTATTCTTTCAGGACTTTTATCATGAAGGGTGTTGAATTTTGTCAAATGCTTTCTCAGCATCTAATGAAATGATCATGTGGTTTTTATCTTTCAGTTTGTTTATATAATGGATCACGTTGATGGTTTTCCGTATATTAAACCATCCCTGCATGCCTGGGATGAAGCCTACTTGATCATGGTGGATGCGTTCTAGGATTCGGTTTGCAAGAATTTTATTGAGTATTTTTGTGTCGATATTCATAAGGGAAATTGGTCTGAAGTTCTCTTTCTTTGTTGGATCTTTGTGTGGCTTAGGTATAAGAGTAATTGTGGCTTCATAGAAGGAATTTGGTAGTGCTCTGTCTTTTTCAATTTTGTGGAATAGTTTGGACAGTATTGGTATGAGGTCTTCTATGATGGTTTGATAGAATTCTGTATTGAACCCATCTGGACCTGGGCTCTTTTTAGTTGGGAGGCTTTTAATAACTGCTTCTATTTCTTTAGGAGTTATGGGGTTGTTTAGATGGTTTATTTGTTCCTGATTTAACTTTGGTACCTGGTATCTGTCTAGAAATTGTCCATTTCCTCCAGATTTTCCAGTTTTGTTGAATACAGACTTTTGTAGTAGGATCTGATGATTTTTTAATTTCTTTTTCTGTTGTTATGTCTCCCCTTTCATTCCTGATTTTGTTAATTTGGATACACTCTCTGTGATCTCTGGTTAGTCTGGCTAAGGGTTTATCTATCTTGTTGATTTTCTCAAAGAACCAGCTCCTGGTTTTGTTGATTCTTTGTATAGTCCTTTTCGTTTGTACTTGGTTGATTTCAGCTCTGAGTTTGATTATTTCCTGCCTTCTACTCCTCTTGGGTTTATTTATTTCTTTTTGTTGTAGAGATTGTAGGTGAGCTGTCAAGCTGCTGACATATGCTCTTTCCTGTTTCTTTCTGCAGGCACTCAGCGCTATGAGTTTTCCTCTTAGCACCATTTTCATTGTGTCCCATAAGTTTGGGAAATGTTGTATCTTCATTTTCATTAAAGTCTAAGAAGTCTTTAATTTCTTTATTTCTTCCTTGACCAAGTTGTCATTGAGTAGAGCGTTGTCCAACTTCCATGTATATGTGGGCTTTCTGTTATTACTGTTGTTACTGAAGACCAGTCTTAGTCCTTGGTCTAAGGCTGCATGGGATTATTTCTATCTTCCTGTATCTGTTGAGGCCTGTTTTGTGACCGATTATATGGTCCATTTTGGAGAAGGTTCTATGAGGTGCTGAGAAGAAGGTATATCCTTTTGATTTAGGATGGAATGTTCTATAAATATCTGTTAAATCCATTTGGTTCATAACTTCTGTTAGTTTCTCTATGTCTCTGTTTAATTTCTGTTTCCATTATCTGTCCACTGATGAGAGTGGGGTGTTGAAATCTCCTACTATTATCGTGTAAGGTGCAATGTGTACTTTGAGATTTAGTAACGTTTCTTTTATGAATGTAGGTGCCCTTGCATTTGGAGCATAGATATTTTGTATTGAGAATTCATTTTGGTGGATTTTTTTCTTTGATGAATATGAAGTGTCCTTCCTTATCTTTTTTAATGACTTTTGGTTGAAAGTCTACTTTATTTGATATTAGAATGTCAACTCCAGCTTGTTTCTTTGGGCCGTTTGCTTGGAAAGTTGTTTTCCAGCCTTTTACTCTGAGGTAGTGTCTGTCTTTGTCTCTGAGGTGTGTTTCCTGCATGCAGCAAAATGCTGGGTCCTCTTTACGTATGCAGTCGGTTAGCCTATGTCTTTTTATTGGGTAATCGAGTCCGTTGATGTTGAGAGATATTAAGGAATAGTGATTGTTGTTTCCTATTATTTTCGTTTTTAGAGGTGTAATTATGTTTGTCTCTCTTTTGGTTTCATTGCAAGTAAGTTCTATTCTTGCTTTCTGTACAGTGTAGTTTCTCTCCTTGTGTTCCAGTTATCTATCTATTATCCTTTGTAGGGCTGGATTTGTAGAAAGATATTGTGTAAATTTTGTTTTGTCATGGAATATCTTGTTTTTTCCATCTATGTTGATTTAGAGTTTTGCTGGATATAGTAACTTGGGCTGGCATTTGTGTTCTCTTAGGGTCTGTATGACATCTGTCTAGGATCTTCTGGCTTTCATAGTCTCTGGTGAAAAGTCTGGTGTAATTCTTATAGGTCTGCCTTCATATGTCACTTGACCTTTTTCCCTTACTGCTTTTAATATTCTTTCTTTGTTTTGTGCATTGGTGTTTTGACTATTATGTGACAGGAGGAGTTTCTCTTCTGGTCCAATCTATTTGGAGTTCTGTAGGCTTCTTGTATGTTTATGGGCATCTCTTTCTTTTGGTTAGGGAAGTTTTCTTCTATGATTTTGTTGAAGATATTTACTGATCTTTTGAGTTGGGGGTCTTACTCTCTTCTATACCTATTATCCTTAGGTTTGATCTTCTCATTGAGTCCTGGATTTCCTGCATGTTTTGGGCTAGGAGCTTTTTGCGTTTTACATTATCTTTGACAGTTGTGTTGATGTTTTCTATGGTATCTTCTGCCCCTGAGATTCTCTCTTCTATCTCTTGTCTTTTGTTGGTGATGCTTGTATCTATGGCTCCTTGTCTCTTCCTTAGGTTTTCTATATCCAGGGTTGTCTCCCTTTGTGCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTAATTTATTTTTTAAATTTTTTTCCTCCATCTTTATTAACTTGGGTATTTCTTATTTACATTTCAATTGTTATTCCCTTTCCCGGTTTCCGGGCCAACGTCCCCCTCCCCTTCTATACGGGTGTTCCACTCCCCATCCTCCCCCCATTACCGTCTTCCCCCCAAAATCACATTCACTGGGGGTTCAGTCTTGGCAGGACCAAGGGCTTCCCCTTCCACTGGTGATCTTACTAGGCTATTCATTGCTACCTATGAGGTCAGAGTCCAGGCTCAGTCCATGTATAGTCTTTAGGTTGTGGCTTAGTCCCTGGAAGCTCTGGTTGGTTGGCATTGTTGTTCATATGGGGTCTCGAGCCTCTTCAAGCTCTTCCAGTCCTTTCTCTGATTCCTTCAACGGGGTCCTGTTCTCAGTTCAGTGGTCCTTTGTGCTTTCTTTATTGTTTCTATTTCCATTTTCAATTCCTTCACCTGTTTGGTTGTGTTTTCCTGTAATTCTTTCAGGGATTTTTATATTTCTTCTCTAAGGGCTTCTACTTGTTTACTTGTGTTTTCCTGCATTACTTTAAGGGAGTTCTCTATGTCTTTCTTAAAGTCCTCCATCATTATTAAAAAGTGCGATTTTAAATCTAAGTCTTGCTTTTGCAGTGTGTTTAGATATCCAGTATTTTCTTTGGTGGAAGAACTGGGCTCTGATGATGTCAAGTACTCTCGGTTTCTGTTGCTTAGCTTCCTGTGCTTGCCTCTAGTCACTGGGTTGTCTCTGGTGTTTGCTTGTCTTGCTGTTTCTGGGAGTGACTTGACCCTGCTGTAGGCCTCTGTGTCAGCACTCCTGTAGAACTGTTTTCCTGTTTTCTTTCAGCCTTTTCTGAGAACAGGTGCTCTGATTTCAGGTGTCTCAGCACTCCTGGAGACTGTCTTCCAGCTCTAGGCGTGGTCAGGAATCAAAGGGTCCAGCCCCTGATTGCTCCTAGGTCCTTGCACCCAGTGGGCACAGTTGGCACTATGTGATTCCCTCTTGGGTCTGGACTGTGGGCAGAGAGTATTCTCCTCTGACTTCTCAGGAGTATCCACACTTCTGAGGGTCCAGCTCTCTCCCCCATGAGATTTGGGTGCAGGGAACTGTTTGGCCGGTTCAGT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Seq C2 exon
GGCCCTCTCACAAAAAGCCAAACATAAGAAGTTTCCAGAACCACCCATCAATGAGGATGAAGATGAAGATGTCAAAGCGGAAAGGTTGAAGGTTAAAGAGCTGATGGGTTGCCAGTGTTGTGAGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004378:ENSRNOT00000005848:29
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.209
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF126982=ABC2_membrane_3=PD(3.0=35.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]