RnoINT0029124 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000003468 | Capn8
Description
calpain 8 [Source:RGD Symbol;Acc:620085]
Coordinates
chr13:100988617-101011350:+
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Length
22545 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTGAGT
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GAGACTGCTGGCTTCTAGCAGCCATTGCCTCCCTCACCTTGAATGAAAAGCTGCTTTACCGGGTGCTTCCCAGGGACCAGAGCTTCCAGAAGGACTACGCGGGCATATTTCATTTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000003468:ENSRNOT00000004649:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.010 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064816=Peptidase_C2=FE(34.8=100)
A:
NA
C2:
PF0064816=Peptidase_C2=FE(13.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]