RnoINT0035397 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000030715 | Cfh
Description
complement factor H [Source:RGD Symbol;Acc:620428]
Coordinates
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Coord C1 exon
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Length
9115 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAAGTACAT
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000030715:ENSRNOT00000017749:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.017
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008415=Sushi=WD(100=91.5)
A:
NA
C2:
PF0008415=Sushi=WD(100=91.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]