RnoINT0068002 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000028801 | Gsap
Description
gamma-secretase activating protein [Source:RGD Symbol;Acc:1563271]
Coordinates
chr4:10426246-10436192:-
Coord C1 exon
chr4:10436028-10436192
Coord A exon
chr4:10426308-10436027
Coord C2 exon
chr4:10426246-10426307
Length
9720 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCAGTGAGA
5' ss Score
2.69
3' ss Seq
TTTTTTTTTTTTTTTTGTAGATC
3' ss Score
11.6
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGTGTCTGAGCTAAGAGACCATCTACTGAGACACCTGCAGGGTGTAGAAAAGAAGAAAATTGAACAGATGGTTCTGGACTACATTTCAAAACTGGTTGGTTTTACTTTTTCTTCTAATTTCAACTGTCTCCTTAGCCCATGAACAATTCTCAAGATGTAATCA
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCTGGATAATTCAGAGAAAAATGAAAAACTGAAATTTAGCATCATTGTCCGGCTTCCTCCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000028801:ENSRNOT00000039953:23
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
3' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF149591=GSAP-16=PD(10.4=57.1),PF056127=DUF781=FE(22.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
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Fruitfly
(dm6)
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INCLUSION PATTERN[edit]