RnoINT0076953 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000039837 | Jade3
Description
jade family PHD finger 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2148019]
Coordinates
chrX:1920886-1929617:-
Coord C1 exon
chrX:1929446-1929617
Coord A exon
chrX:1920914-1929445
Coord C2 exon
chrX:1920886-1920913
Length
8532 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAAGTAATC
5' ss Score
-1.24
3' ss Seq
GAGGAAAGGATTTATTTCATCTT
3' ss Score
-10.27
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTTGCTATGGCATCCTCAAGATTCCAGAAGGCAGTTGGCTGTGCCGCTCCTGTGTCCTCGGAATTTATCCACAGTGCGTCTTATGTCCTAAGAAAGGTGGAGCCATGAAGACCACCAGGACAGGGACTAAATGGGCTCATGTCAGCTGTGCCCTGTGGATTCCAGAAGTAA
Seq A exon
GTAATCATTCAAATCTGGACCCATTTACTCCAGAGTGGCCTCCTTCCCATGATGCTTAGACAGACTCAGACTGGTCATGGAAATGCTTTCTGCTCAACTATATTTCTGAGATTTCTGGGCTACCTCCAGTCTTCTTGGATACAACTGTGCCCAGACTTCTGTGGGCTTCTGTTTGTGGGTGATTATTTTCAGTGGTATTTGATAAATTTGTGTGAGAGAAGAGGCATAAAAGATCAGGGTGTAGGGCTGGAAGTAGCTTAGCTATTAAGAGCTCTTACAAAAGATTCAAGTTTAGTTCCCTGCACCATTTCAAGCAGTTCACAGCTAACTAACTGTAACTCTGCCTCCCAGGAAACTGATGGCCTTTGGCCTCCAGATGCACCAATACACACACATGCATATACTCATACACATATATGTGTAATTTAAAAGAATATTTTAAAAATATTTCAAAATAAACTACTTTTTAAAAAAGATAAAGGTAAGAGAAAAACATTTTTAAAAGTAAAGCTTAACTTTAAATACCTGTAGCCATAAGCCAGAATAAGACATGAAAACACCACAGAAATATATAAATAGCATCCTGGAAGGCTCTCTAGTTCCTGAGAGTAAACTATTTAATTTGTATCACTATGGTTAACTTCTGTCTGTTTTTAAGCTTCATATAAATGGAACTTTTAGAGTAAGTATTTTTTGTTGCCTAGCTAGAACTCCACGTTGTAGTATGTATCAATAGTTCATTAATTTACATTACTTACTAGTTCATCATTATATGGATATTCTATTTATTTATTCTGCTTTGGGTCTCTTAATTTTTGGCTGTTACAGATAAAGTAAGCAATCACTCTTGCCCACTGTGGTGGTTTTCTTCTACTTTTTTTTTCTTTTTTAAAGACAGGGTTTTGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACCCGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAAAGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGTATATCTGAGGACAGCTACAGTGTACTTATATATAATAAAATAAAAAATAAATCTTTAAAAAAAAAAAAAGACAGGGTTTTATTCTATTACTGACTAGTGCCCTGGAGCTCACAAAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAATTCTGGTATTAAGGACCTAGCTGTCCTTTACTTAAAAAGCTCTTTTGAGTGCTTAAACTCAACACTTACCTAAGGCTTTTATTCAAAATCTATTCCTTGTTAACAACCTATCCTTTAATTGTAGATATTTTCTGAATGGCTAGTGTTCATTAACTTAATTAAAACATGGCTTCTAATCTGAGCACATTAGGACATTCCTGTAATCTCTGTAATTTGGGGGGCTAAGGTTGGAGGACTGAGATCTGGAAGCCATCTTAGAGATGTGTAATGAGCTCAAAGCCAGCCTAGGTAGGTAGACTAAACAAACAAACAAAACCAATAGTTTGGGGTAGAGTGTAATAAGTAGTAGAGTATTTGCCTATTATGAACAAAGCCACTCTCTATTACCAAAAATTTAAATTTAAAAAAGGTTGAAACCAGGCCTGGTAGCATATGCCTATAATGCTTCATATTTGGTTGAAAAAGCAGGATAATCAAAAGCTCAAGCCAGCATACAATGCATAGCAATCTCAATGCTTTCTTAAGTCATAGTGGGACCTTTTCTCTGAAAAAACAAGAACCTGGGAATATAACATTATTTGCTTAGCATATGCAAAGCAGGGGCTTGATCCCAACCACCACATACACAAAAATAAAACAAATCACCTATAATCCCAGCACTCAGAAGGCTGGACTAAAAAGATCATGAGTTAAGGGCCACCCTGGGCAACATAGACCCTATCTCAAAAAGCAAAGAAAAATAAATAAAATCTCCATGGTTAATTAATGTTCTCTTAATGGCTTCTCAGTTCTTGATTTCCAGTATATAGATCTCTCTTTCCTGATCTAGACAGAACTTTTAGTAGATGAATCATCCTTCTTCGATAGTTATTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCTTTGGGCTTGCTAGGCAAGCGCTCTACCACTGAGCCAAAGCCCCAACCCGTTATTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTATTAACTTGAGTATTTCTTATATACATTTNNCTCNNTTCCTGAGAGACACAGCCAGAATACAGCAAATATAGAGGCAAATGCCAAGCAGCAAACCACTGAACTGAGAATAGGTCCCCGTTGAAGGAATCAGAGAAAGAACTGGAAGAGCTTGAAGGGGCTCGAGACCAAAAAGTACAACAATGCCAAGCAACCAGAGCTTCCAGGGACTAAGCCACTACCTCTAAAGACTATATATGGACTGCCCTGGACTCTGACCCATAAGGTAGCAATGAATATCCTAGTAAGAGCACCAGTGGGAAGGGGAAGCCCTGGGTCCTGCTAAGACTGAACCCCCAGTGAACTAGTCTAGGGGGGGGCGGCAATGGGGGGAGGGTTGGGAGGGAACACCCATAAGGAAGGGGAGGGGGGAGGGGATGTTTGCCGGAACCGGGAAAGGAATAACACTCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAGACAATCTGATGGCAAGAGGCAAGCCGCAGCGCAACCCAAGTTACAGCAAACGAAGACTACATGGGATCATCGAAAGCCCCAATTCTCCCACCAAAGCACAACACTGAATATCCAAACACACCAGAAAAACAATGATTCTAGGTTTAAAATCAGCATTTGATCATGATGATGGGAGGACTTTCAAGAAAGACATAAGAATTCCCTTTATTGAGAAAAGCAGGAAAAGATAAATAAACAAGTAGAAACCATATAGAGAGGAATCACAAAAATCCCTGAAAGAATTCCAAGGAACACATCAAACAGGCTGAAAGGAATTAAAAATGGAAATAGAAGCTAATAAAGAAAGAACACAGAAAACAAAACTGGATATAGAAAACCAAGGAAGAGACAAGGAGCCGTATGATATAAGCATCACCCAACAGATAAAGAGATAGAAGAGAAATTCATGAGCAAGAAGATTCCATACAGAAAATCATTGGCACAACTGTCAAAGAATATATGTAAAATGGAACAAAAGCTACTGGTCCAAAACATACAGGAAATCCAGGACTCAATGAGCAAGAAATCAAACCTAAGGATATATTGGTATAGAAGTAGAGTGAAGACTCCCAGCTCAAAGGACCAGTAAATATCTTCAACAAAATTCATAGAAGAAAAATTCCCTAACCTAAAGAAAGAGATGCCCATAAACATACAAGAAGCCTACAGAATCTACAAATAGATTTGGACCAGAAAAAGAAATTCCTCCCCATCACATAATAGTCAAAACACCAAATGCACAAATAAAAAAAGAATATTAAAAGCAGTAAGGGAAAAGTTCAAGTAACATATAAAGCAGACCTATCAGAATCACACCAGACTCTCACAGAGACTAAACTCATAGATGAACAACATAATAGTAGACAGAATGTGGTACCTAAGGCTGCAATGCAAACTCTTCTTTGTAAATATTAAAGTCAGTGATTTCTCTTCCAGTTATTGATACTGATTACTAACAGGTAATAAAAATAATCGTTAACAGTCTTAACAGTGGGGGAATGTAGGTAATGTGAGAGAATAAATGTTATTGAATAGAAATTCAATAAAAAACATAGTAAACAATGAACATGGGAAACATTGTTCTATGAAAAAATATGTATTATAAATTAACCTGATGCGCAGTAGTTCAGTGCACCTTAAATAAATATTTAAGGATGGGAGAAACACAGATGAATGGTGTATCATCTTGGCTTTTAAGAGGCTCCAATAGGGAGAACAAACAGGATAAACAAAACACTGTGTTAGGTTAGTAGCTTAAGGTTTTTTATTTCTGTGATTTAAAAAAAAAATACAATCAAGAGTAACGTGGGGAGGAAAGGATTTATTTCAT
Seq C2 exon
CTTTTATTTGCTGTCCATCATCAAGGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000039837:ENSRNOT00000061140:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0013017=C1_1=PD(24.5=20.7),PF138311=PHD_2=PD(51.4=31.0),PF138321=zf-HC5HC2H_2=PU(29.8=58.6)
A:
NA
C2:
PF138321=zf-HC5HC2H_2=FE(7.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]