RnoINT0078080 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000013312 | Kcnt2
Description
potassium sodium-activated channel subfamily T member 2 [Source:RGD Symbol;Acc:735074]
Coordinates
chr13:57418872-57426610:+
Coord C1 exon
chr13:57418872-57419044
Coord A exon
chr13:57419045-57426538
Coord C2 exon
chr13:57426539-57426610
Length
7494 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCCGTAAGT
5' ss Score
10.27
3' ss Seq
GTAACCCATCTGCTACATAGGCC
3' ss Score
4.66
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTTGCCAGCATAACTACTATGAGGATGCAAAAGCCTATGGATTCAAAAATAAACTAATTATAGTTGCAGCTGAAACGGCTGGGAACGGATTATATAATTTTATTGTACCTCTCAGGGCATATTATAGACCAAAGAAAGAATTAAATCCCATAGTTCTTCTATTGGATAATCC
Seq A exon
GTAAGTATATTTTAAGATACACAGACAGAATTTTTAATTTTATTGTGCATTTCCTTAAATTTACTGATAGTTTTAAATCAGAAACATTATGGTGCACAGATCATTGGAAGATAGTCTACGCTATAATGTTAAACGTTATTGGTTATGATCGTGTTTCATTGCTTCTAGTTAAATATCGTTACAAACTCTTATTTGAATTTAATAAGCAAATGGTTATCTACTCATAGGACCAGTGGAAAGAAGCCACTGAAATATCCCTTGTAAATGTCCTCAATTTAATTAACAAGCTTTAAAGATACCTGTCAAAAAACCTGTCAATTATTATCAGAGATGCATTTATTGATCTGCTTTTATGTGTTATACCATGGGTGTCAACTGTGTGTTTTACTTATACAAATGTTCTTATACCATAACAGAAAACAAATTATGTTGTATCCCAAGCGTATGTCTGGAACATTTTAGGGTGACAGACTTTGGTAAATATGACTACTTAAGCATTTTGAAAGTGTTATAGATGAATGTATAGGTTCCCAAATGAAATGGTCAGAACTATTTTATGTTCAAGTTGCTGTGCCCCTCAACTATAATTGGGAATAAATCGGTTGCCATGGGGGTGGTGTTAGAAAGAATTTAAGCATGTGACAGCAGCAAACCTCAGGAATGTGACAGTCAGGGTGTAGGATGTCTATAGCAATAGAAGAATTGTCAAGGTGCCCCCAGGTTTTTCAACACTCTGAATTCTGGAGGCTCTCTGCAGGTAAACTAAGTTGGTACTACAGACACTTTGGTTAACTAAGTCAAATGCTCAGTGTGGGGCTGTTTGTCAACATTACAAACAGAATTTATTTTATTTGATATTTTATGTATTTACATTTCAAATGTTATCCTCTCCCCCCCATACTCTCTTACCCCACCCCCTGATTCTATGAAGATGCTCCCACTTCCCCCCACCACTCCCACCTCAACACCCTGGCATTCCCCTACACTGGCGAAAGGAGCCTTCACAGGACCAAGGGCCTCTCCTCCTATTGATGCCAGACAATGTCATCCTCTGCTACATATGCGACTGGAGTCATGGGTCCTCCTCTGTTTACTCTTTGGTTGGTGGTGTAGTCCCTGGGAGCTTGGGGGTGTGGTGGAGTGTCTGGTTGATTGATATTGTTGTTCTTCCTATGGGGTTGCAAACAAACATAATTTAAGACAGGCATTTTTAGACTATCAGGAAGTGTTCTCACTGCGAATGACCAGATCAAACTGACTCAATTAAAGACCTGTGTCATTAAAAATAAAGAAGTAAGAACTTTCAAAAAGAAAAGAACATCCTCTGCTAATCCTCAGGCAAGACTTATCTGTCCTCTTACTCACATTATTTTAATATTTAATCTGGGGGTCCTGATTCATAACTCTTCTTTAACCCCCCATAGAAATATTTATTTTCTCTAAATTTGGGAGTGGCGTGCTGCTTACAAAACAGGTATACTCTTCATTTTCAGTCTCCAGTCTTGTGAAGTAATCTTAACTCGGTCATTTATCTTTTACCTCATTATCATATCTAACAGGAGCCATGCCATCCCATTCCATTTGATTTTGAATAAAAAGCCACAAACACTTCTGATTCCTGAAAGACCGATTTGTTCATCAGGATTATCTAGTCCTGTGATTCTTCATGTAGCCTTAATTTCTGAATGTGGTTCATCTGAAACATCCCCTTCTCTGGATTATTGACAGGCCACTGTTGCCCTGTAAGTGTACATATAGCTATTCAATACTATCCTATCAGAATGAAAGCATAAAGACTAACATCAAAAGGTAGCGTTCTTTTCCTGCACGTGGTTTATAATAGCAGCAAAGGTGGAAATGAACTCCAAGTCATCATATTTGACATTTAAATTTTATCTTGGATTTTATACAATCATACTACATAAAAACCATGGCACTGGAGAGATGTGTTTAAGAAGTTAACAATCTACATGATTATATTTAATTTAGATATCTAAATAAACTTTCCTTATCAATGGTATGAAGCAGAGCTACATGAGTCATAAAATCCAGGCAAAATTCCTGTGGTCAATTCTAGGAGGAAGGTGAGCTATGCACCAGTAAGGTTGTTGTTCTAAACCTTTGGAAGATCTTACCTAACTCATAGATTTTTTTAATATGTATTGTTTGCAATTAGGTTTAAAGGTCCCTATCATCTTAATCACCAATATTTATCCACTGAAAATCCATCATCATTAAAAATTCCTGACAGTTTGGATTATAAATGTCCACAGGATGCTGTTGTTTGTTGATTCCTGCTGAGTATAATTTTATTTATACTCAAACACGGTTATCTAATTATCATATTACATGCATTATAATTATTTCAATTCATTTAGTAAATTCCAAGGATATGATATAAAACCCTTAGCTTCCTGTGTATGTCTCAAAAGGGACATCTAGCATTTTTCCTTATCTTCAATTGCTTTGACGAAAGGAAGACTCAGAAGCTGAACTTCAATAAGTCTCCTGGGAATTTTATGCAGTCCTTCCTTTCTCCCCCTTTGGAAATGAGACACCTGTTGGTCTGAAATTGATTTTATCCTGCAATGCTGTATACCAAGTTACCAGAAATAATAATTTTTCTCCTTAACATAGATCCATACTCTGAGAACTTTCACAATCATAATTCTATAGACTTTGGTAATTGTTGCTTAATTTTTAGAGTTTCACCAAGTTTAAATGAGCAGCGGTGAAGCCAATATTAAGTAAATGCCTATTGAGATGAACTCATCAGAAATACAAATTAATTCCACATAACAAGAAAAAAGTGTCATAATAACGAAGCATTAAAATATAAATTCAATTTATACTTTCAACACATAGTAGGATGTCCAGAATGATTCTAGCTAGAAAGACTTGTACATTTCAGTGGTATTCAAGTGAAAGTCTGGCACGTTGAAAACATCTTTCCTATGGCTCATCAGAGCCACTCTGATCTTCCCACAGCTCATCAAAGTGCTGTCAGTTCTGATGGTTTCACCATCTGTTCTCCTTTGTTTGTGGTGCTAGAATGATTTCCAATATTTTGATTATAGCCTCTACCTTAAAGGTCATCTCGCTAAGATTTAGCTGGAAGTCAAAGCTAGAATATATTACCCAAACTTAGACAAAGAAGTGCCAGATCCATGTGGATGCCATGAATTTTTACACTGACCATTTATTAAATCAATCAACCTCTTTGCATGCTGTACCTAAGCACTTCAATTATTTACAAGTTATTGCTAAAATATGTGATGGAGTAATTCTCCTTACCCTATGGAAATGTGCAACTTTGTTTCAGACAGAATTGAGATGAATATAAACTTCTCCTCTAAAGCAGCCTAGACCATTTGTTTTTTTTTTTTAATTCTTGTGGCCCCATCTTACTTCCTCTTTAATTTAAAACAGATATAAAATTCAGGTTATTCTGAGATTTAGATAATATATATAAGCATAAACTCTAACATATGTGACAGCCCGAGAAAGCTAGATTTTCTTCTCCTATAAAAACTTTAACATTGTTACTATTTAAATTACTGAAAAGTCTTATGTAAAAATCCAGTTGAGAAGGAAACAGAGTCTGGAAATGTAGTTTAGTAGAACAATGATTGACTAGTATGTAAGATACCCAAACTTTGAACACATACTGCAAGTGCATAAACTCACCCAGACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTTACACATTGATTTTAAGTACTTCCAGCTAAACTAAACTCTTTACATTTTAAAAAGTTATACGCATATTGGTGTTTTGCCTTCATGAATGTCTGTGCCACACTTGCCTGACTGGTGGCTACAAACTGGAGGAAAGGGTTGGATTCCTTCTAACTGGAGTTACAAAGTTGTGAGTTGCCCTACAGATGCTGGGAACCATGCAGGTCCTCTGCTAGAGCAGCAAATGCTCCTACCTGCTGAGAAGTCTCTCCCGACCCTGATCAAAACAATTTAAAGAAGAAAAGACTATTTAAATGTCGTTGTAAAATACTTATGAAATTAACTTTGATCATAAAAGTACATTATGTTCTTCCCTTGAAGTTGAAATAAAAATACTATGCTAAATAATTTAATTGCACAGAAATTTTTTTCTTGAATTTTGCATATCTGTGAAATTTATGAGCTCACTGTCTGGTGATATTGATCTTAGTATTTTAATATCTGTACAGTATTGTTATGAGGTATTTATGAAGGTATGAAATTTTATATTCACAGCCTGTGTTCGTATTAGATACTTCATTCAGGCCCACGATTAACAGATGTGCTCATTTACTTCTATTGGCTGCTTTGTATATTTTTTGACATTTTATCTCATTTATAACTAGTAAATTTGTCTGTTTTGTTTGGCTTGGGCTTACACAATTATTTGATGTGCATCTATTTCCTTGACATACAATCATTGTCTCTTAGATTAAAAAATTAAGGGGGCTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGCGCTTACCTAGGAAGCACAAGGCCCTGGGTTCGGTCCCCAGCTCCGAAAAAAAAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAATTAAAATATTCCAGTATATGTTAAAAAACTTGGTTTATATATGGTGTATAAATAATACATTCTACATTTATTTTCACATGATAAATTTCTTAAGAAGTTTATAGGAAAATCTCTTGATTCTTTCATCATGTTTCTTTCATGTGACTTAGAATAGATAGGCTTCTCTATTTGACAGACAGAAAATGCACAGTTTATTGTGTTTTATTGACTGTTTCCTTCTACATTAATCATTTTATCATACTTTGAATGAATGTCATAAAAAAGAGACAAGGGACATTTTTTTCACTGACTGCTCTGTGTGTTTATTTTTTCAATAATAATGCTTCTCATTGTAAAGTTATACTTGCCAATTCACTGTCTCCCAATGAGAAGGAAAATTGAGCAATTATGTGTAACT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Seq C2 exon
GCCAGATATGCATTTTCTGGATGCAATCTGTTGGTTTCCAATGGTTTACTACATGGTGGGCTCTATTGACAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000013312:ENSRNOT00000017884:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]