RnoINT0083298 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000042308 | LOC680200
Description
similar to zinc finger protein 455 [Source:RGD Symbol;Acc:1594231]
Coordinates
chr1:37802592-37811158:-
Coord C1 exon
chr1:37811063-37811158
Coord A exon
chr1:37803846-37811062
Coord C2 exon
chr1:37802592-37803845
Length
7217 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGTGT
5' ss Score
6.99
3' ss Seq
TCTCAACTTTGGCTCAACAGGAA
3' ss Score
8.23
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTAACTTTCTCTAAGCCATTCTTGGTGACATTCCTGGAGCAGAGACAAGGGCCTTGGGATATGCAGAGACAAGCAGCAGCCCCTGTGCACCCAG
Seq A exon
GTGTGTAGGAACAAGGGGATCAGGGGACAGAGTTCAAATCTAAAGATCCAACAAAAAACTGGATTTTCCCATATGCCTTGACATACGTATTATGAAAATTATTCTTTAGGTCTCTCCTTCATATCTCTCAGATGTTTATGGTGGCTTAAGTCTCTCAGGCTTTTTATTTCAAAAAGAGTGGCCTGTGCACGTATTTACAGAAAAACCTTCCAAGGTTTTTCTTTTTGTTGAGTCTCTATTGTAATGTAAGACTCAGGGAAATGCAACACAGTACTGGTCAGACTGGGAGTCATTTATTTGCTAGGGTTAAGAGCAAACTCATGCCAGAAAGAGCTCTGTGCCAAAGTGAGCATGACTTGGTTAATAAAATCAACACCACATTCCCATGACACAGGGGCAGGCAGAAGCAGAGGGCTCAACAGTTCTGTTGATTTCAGTTCTGTTGAATATGACGAATTAGGGTGGGGAGCAGTGGATAAAAGTTAGACTAACAGGAGTCACTTTGGATGGTTCGTTTCTCACTGATTTTAAGGAAGAATCAAAACATTGATCTATTGTATAAGGTATTGGGCCAATAGGTACGGTTGTTTGTCAGAGGCTATTTTGTTTATTCAACAAAATTTTACTACCAGTTTATTACCAGGGCCAGACCATTAGACCTAGGAAGAGAAGGATGAAAGCACTTTAAATCTTTAAGGTGTTCATTCTTGAACCCCCATCAAACCAGTCAAGTAACCAGCGATTGTGTGCCTCTTTCATGGCTACATTTTTTTTTAAGGAAAATATTTATATTGTATAAAAATTTTATTTGGATATATGCACAGTCATAAATCATTAACAAAAAACCAGAAAACTTTATTTCTAAACCCAATGGTCCCATATACATCTGAGGTGGTGAAGTGTTTTGTTTAGAGTCCATTCATGGGCAGCCATTGTGGTTATCCCTATAGGAACTATTATGGTTAATATTACTATGAGTCCACTGGGAGGAGATATCATGGTCCTTTCTCTAGGTCTCCTGTGTTTGTATATCCACTAGCTTCCCAGTTTGTAATGGAAGCAGGGCTGAGGAGCTGGTACAGTTGTCTCTGGAAGGTGACTCAATGACTGCTCTGAGTGAATGTTCACAGTCCACATCTCCTCCTCCTCAGGCCATTGCTTTCTTTACCTGGCTGTGGTGGGTCCACATATGGCACATGCACCTTAGTTGAAGGGAATGCCCACAGTTCACCCTGCTGTGCTAACTGGCCCTGTGGAAGAGCCTCTGTCATATATTGTCTCACACTCTTCTGAGGACTGCTTACAAAATCAGGCATTGACTTCTCAGCTCAGGGATTAGCTTTGTTAGGAGGATGAAGGAAAATTGAAATCAGGGACAGGGCATGGCCATTTGAGCTTCCATGTAGTTCCCAAACCATTTGGGTGACAGGTGTTAGGATAGGGTTCCCCTATACACTGTATCCTCAATTATCAGATCAAGAGACATTGAGTGCAGAGTAATTGCAAGGAGTATCTCCATGTAAGACTTTTAGACAGTTGGTGCTGAGTTTGTGTACCTCCTCAGCCTGAGAGGATCCATCCCTCTGTCTTGTGAAATAGGACCTAAGGAGTAGGAGTTCCTTACAGTGGCTTACAGGCCAGAGGGAGTCAGGAGCAGCAGATGCTGGCAAGTCCTATTCCCCATGCAGCCTTATCCTTTGATGAGGCTAGCATGCTGTCCACTCTGTAAGTCTGTGTCCCATTGGACAGTGTGCTAATAATAAGTGTTATCATCTATCCTGGATGTGTCCTACCATGCAAGTGTCGTGTCATCATAACTGTCTTCACTCATTTAATTTAATTTCAATAACCAGGTATTTGTAAACTACACCTGATTTCAAATATTATTCCATATTGAGCAAACTGTAAGATGACTTTAAATTTGTTTGAGTTCCCTGTTTTAGGCTAAACTTTGTCATGTAGCGAGGACTGGATAATGGACCATAGGTATTAGTCAATCAGTCAGTCCAATATTGTCTCTATAAATGAATTACATCTGTATTTAGCATGAATACAAACACAATTTGGGCACATTGATTATATTTAATCACTCATTAGTTGACTGATTATTACCAACTGTGACATAATTATATTTGTTGTAACATTTTACAGTGAATTATTGGCTCCATCAGATTAGGATTATAATAAACAAATGTCATTATCTCTATTAAAAATTTCAGTCCCCCAAATTACAATCGCTGGGACTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGATCACTGGCTTCTCTTCCAGAGGAAGAGTTCAGTTCCCAGAACCCATATGGCATCTCACAACTGTTTATAACTCTAGGTCAGGGGAACTGACACCATCACACAGACATATCTGTAGACATGCATGCAGGCAAAAATAAATTAATAAAAAAATTACAGTTTCCCTAAATAAACTAACAAATACACCCGGGAGGAACTAGGGTTATCACTTTCCTGAGCCCTTTATGGTGCACCTCTCCACAATCTAGATCAGTCCTCCAGATTGTCTACGTTCCTTGTTTTATTTAATCAGAGAGTAGTATAGAAAAGATAATAGTGTCGCTGGCCTTTTCAAGAGACGTATGTAAGAATGAAAAGGTATACAAGTAGTTATGATTTTTTTGATATGACACCATTTTCCACATGCCTAAAGCTTAAGAAAGTTAGCAAAGACATAGTGACTAGACAGACATCTTTAAGCCATAAGTGTTTGCTAGCATGAATAGAATTTTATAGCTTAGGAACTTCAATAAATTTTGAGATTAAATCTCATTTCCCATAATGCCTGTGTTACATAGTCAGACCTAATGTGACTTAGCCTTATGATTTTGTGCTTTTGTCCTCTTCTTTATTTCTGTAGTTTGTATTATCTTAAGTAAGTTAGTCCTTTTATTAGAGATATACCTTCAAATATGTATACTTTACATCTTCTTAAAATGATTACACTGACCTACACAGGGAAAAGTTCTATGTCAGCAAGAGGTTTAGAGATGTCAATAGACTTGGAAGAGAGGTCACCAACAACAAAGATGGAAAGGAGAGTACAGCAGTTCACTTTGTAACTGACTGAAGAATCAATGAGACGCCTCACTCCCTTAGGCCCATGCTTCTGATCCTTTATATATATGCTGTTGGATTAAGCAATTCCAAATGAGACTTAAAAAGCTTAACAAGTAAACTTAGCATTTAATGTAAAAGAAATTTCCCATGGGTTATGTGTTTTAGGCAGTATTTATTTTGATGTGGACCATTAGTATATATAACAGTTTCTCCAGGTTGCTGCCATCAACCCTGCAACCCAGTTTTAGTTTCTATGGTCTGTATACTGTGCTAGCTCTAGAAAAGCTTGAAAGCCCATGCAATTAATGCCTCATTACACACAACTAGCTGAAAGGAAGGACTGCGTGCCCAGGTGAGGGTTCAGTGACCTTTCCTGTAGCCTCCTTTTTTGAAGGCATGCTAACATTTAACCAGCCCAGCTGTGGTGATTTTTAGCAGGCACAGCTAGAGTTATGAAGGTGGTAGTTGTTTAGCTTAGTAGATATTTTTGTAACATCAGCTAAATAAAAGAAGGTTGCAAGAAAACTACACATCAAGGGTAATCTGATGAATTAATATGACCTGTGCACATACTGGTAAGTCATCATGCTTTGACCGTTTCCAGGGAAACTGTATAGAAAAACCGAAGATTTATGATTTAGATAGCCCGTAGACTTAGCATAGTCACTAAGTTGATGGTTATAGTATCTATCAGAATTTAGCTCTGATCTTGGAGTTATGATTAAGAGACTTTAGCATTGTGTCTCTTCTATCCATTTTAAGGATAAGCATTCCATTAGCTGTTCCTATTCTACACGGCTTTCTACCCTGAGGTAAATCATAGCAGCCTCTACAGGAAACAGTTCACTTCTTTTGATTTTTTTTTCTTTATTAACTTGAGTATTTCTTATTTACATTTCGATTGTTATTCCCTTTCCCGGTTTCCGGGCCAACATCCCCCTAGTCCCTCACCCTCCCCTATATGGGTGTTCCCCTCCCCATCCTTCCCCCATCGCCGCCCTCCCCCCAACAATCACGTTCACTGGGGGTTCAGTCTTAGCAGGACCAAGGGCTTCCCCTTCCACTGGTGCTCTTACTAGGATATTCATTGCTACCTATGAGGTAGGAGCCCAGGGTCAGTCCATGTATAGTCTTTGGGTAGTGACTTAGTCCCTGGAAGCTCTGGTTGGTTGGCATTGTTGTTCATATGGGGTCTTGAGCCCCTTCAAGCTCTTCCAGTCCTTTCTCTGATTCCTTCAACGGGGGTCCCGTTCTCAGTTCAGTGGTTTGCTGCTGGCATTCACGCTATATTATAAATAAGGCTGCTATGAACATAGTGGACCATGTGTCTTTGTTATATGTTGGGGCATCTTTTGGGTATATGCCCAAGAGAGGTATAGCTGGGTCCTCAGGTAGTGGAATGTCCAATTTTATGAGGAACCTCCAGACTGATTTCCAGAATGGTTGTACCAGTCTGCAATCCCACCAACAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCTACATCCTCGCCAGCATTTGCTGTCACCTGAGGTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGGTTGCTAGGCAAGCACTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCGTCACCTGAGTTTTTGATCTTAGCCATTCTCACTTGTGTGAGGTGAAATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCCTTATGACTAAAGATGTTGAACATTTCTTTAGGTGTTTCTCAGCCATTTGGCATTCCTCAGCTGTGAATTCTTTATTTAGCTCTGAACTCCATTTTTTAATAGGGTTATTTGTCTCCCTGCAGTCTAACTTCTTGAGTTCTTTATATATTTTGGATATAAGCCCTCTCTCTGTTGTAGGATTGGTAAAGATCTTTTCCCAATCTGTTGGTTGCCATTTTGTGCTAACCACAGTGTCCTTTGCCTTATAGAAGCTTTGCAGTTTTATGAGATCCCATTTGTCGATTCTTGATCTTAGAGCATAAGCCATTGGTGTTTTGTTTAGGAAATTTTCTCCAGTGCCCATGTGTTCGAGATGCTTCCCCACTTTTTCTTCTATTAGTTTGAGTGTATCTGGTTTGATGTGGAGGTCCTTGATCCACTTGGACTTAAGCTTTGTACAGGGTGATAAGCATGGATCGATCTGCATTCTTCTACATGTTGACCTCCAGTTGAACCAGCACCATTTGCTGAAAATACTATCTTTTTTCCATTGAATGGTTTTGGCTCCTTTGTCAAAAATCAAGTGACCATAGGTGTGTGGGTTCATTTCTGGGTCTTCAGTTCTGTTCCATTGGTCTATCTGTCTGTCTCTGTACGAATACCATGCAGTTTTTATCACTATTGCTCTGTAATACTGCTTGAGTTCAGGGATAGTGATTCCCCTGTTCCTGAGTGCATGGTGTCTTTCTCCGGGCTGTCCTGCTGTTGTCCTACCTGTTACTGAGTCAGTTATGGGGCATAGCCTATCTCTGGAACCAGGTGTTCAGTGAGCTAAATCAGCATATGACAGTTTATAAAATCATTCTCTATATTCAAAAGGCATTGTTTCTCTGTAAGACTGAACCCAATCATGCACCTAAGCATAACATGTTCTTTGTCTTCAGATGTGGGCAGAGCACCTCAGAAGCTCAATACGTATTTTCCTCTCATACAGACCCTAGTGTTAAGGATAATATACTGATTCTATGAGCAGGGCTATGTTGGCTGTTGTTGATCAGTGTCTACGCTTTATATACAGAAGTACCTATAGCCTTGAAAAGACACATTTAAAGAGAGAAACCCATGAAAACTAGACATTTGAGGAACTCAAAGTTCTAGAGAGGAAAGCATCATCTGGACTTGGTGGAGCAGAAACAAAGGCTGACTTTAGTCATAAGGAATCCCCAGAACACAACAAAATGTCCTATCTCAGAAGTTTGTGAACCCAATATGAAGGACCCAACCTGGCTTTCATCTCTACTTTCACACACAAGCTGCGTAGCCAAAGGGTTCTCCCCACAGAAACACTAGATTCAACTCCTTATCCACTGTTACCTTGCGTACTGATCCTACAGACTGGCTAGTCCCCTGGGATTCGCGGGTCCCTTCTTTTGCCCTTGGTCTGGTGGCTACTGCAGCAATCTGTGTTTCTCTTCCATTTGCATGCCCTGTTCATTGCCTCTCTCCACTCAGTGCTCAATGACTATTTAATCTTGTAAATTGATTAGTCTTAGAAATAGGTAAGTTTATTGCTAAGCCTGGTGCCCTATTGCATTAATCCCAGCCCTTGAGAGTCGATAGCAGGTGAATCTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTCATATACGTAGCAATTTCTAGGACATCCAGGGTTACAAAGAAACCCTGTCTCAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAAACAAAAAACAAAACCCAAAACCCACAACCAACCAACCAAAAGAAACTTATAGGTAATTGAGATATCTATTCAGTAACACTTATGTTGCCCCAGCAAAATTTTCGTTATTATTGGGTGAACCTGAAGTTTATTATTATGTCTTGATATCTCCCAAGTATATCTTTTTGAGCCATAACTATAAAACATAAAATACTGCAAAAATCCTTACGTTATATGATTTAGTCTTGATGGGGAAAGTCTACTTCTTATGCAACATACCTTTTGTACCTTCCAAAATAAAACTTTATACTTAGGATAAAAATTTGATGTTCATCCAATCTCACATACTCACAATTAACTTTATTTTTTCATGCTTGGCTACTTTGTAACTTTATGGATGTTTAGCCTTATAATATCCATATTGCTTTAAAGGCTTATTTCTGGTAGGCAAATGCACTTAGAACTTACTTAGTCATTTAACTTTGAATAATATAACATTATTTCTATGTTCTGTTTGATTGTGCTCTTACTCCAATAAAAATATATAGTTACCACCCACTGTGTATGTGAATTTTGCTCAGTTCCTATAGGTATTGAACTATACTGCAGACTTTTATTTATGGTTAAATACATATGAGTTACTGTCTTCATTTTAAAAACTTAAGCCATATAAGTATAAAGAACATTACTTAACTTTTGCTCATATCTCAACTTTGGCTCAACAG
Seq C2 exon
GAAGAGCACTCAGTGATCCTGACTATTACAGCAATGCAACTCAGTGTAAATCACTTTTTGTTAAAAAACAAAGAATTTATATAGGGGGGAAACCCTACAAGTGTGAAGAATGTGGTAAGGCCCTTAGTTCTCATAAAACACTGTCTATACACCAGAGACTTCATACTGGAGACAAACCCTACAAGTGTAAAGAGTGTCACAAGTCCTTTAGTAGTCGCTCATCACTGTTTATACACCAGAAAAACCATACTGATGAAAAAAACTTCAAGTGTGAAGAATGTGGCAGATCATTTTACTATCCTTCAATGCTGAAGCAACATCAAAGAATTCATTCTGGAGAGAAACTCTACAAGTGTGGAGAATGTGGAAAAGCATTTTATGATCCTTCCTTCCTGAAGCAGCATCAAAGAATTTTCTGTGTAGAGAAACACTCTAAATATGAAGAATGTGGCAAAGTATTTTCTTCTGCTTTAACCCTTAACCAACATAAAGAAATCCATACTGGAGAGAAACCCTTCCAGTGCGGAAAATGTCACAAAGCCTTTCGTCATCCCTCAGCCCTCAGGATACATATGACAGTCCATACTGGAGAGAAACCTTACAAGTGCGAAGAGTGTGGCAGATGTTATTTCTCATCTTTATCCCTTAGACGACATCAAATAATTCACTCTGAAGACAACTCCAACAAGTGTGAAGAATGTGGCAGATGTTTTTCCTCATCTTCTTGCCTTAGAAGACATCAAACAATTCATTCTGAAGACAAGACCTATAAGTGTGATGAGTGTGGCAGATATTATTCCTCATCTTTTTCCCTTAGACGACATCAAGTAATCCATTCTGAAGATAATCCCTATAAATGTGAAGAATGTGACAAAAGGTTTACTTATTCTGCAAGTCTTCAGGAACATCAAACAATCCATACTGGAGAGAAACCATACAAGTGTGAAAATTGTCACAAAGCCTTTCGTCATCACTCATCCCTTAGGAAACATAAGATAGTCCATACTGGAGAGAAACCTTACAAGTGTGAAGAGTGTGGCAGATGTTTTTCCAGATATTCCTACCTTAGAAGACATCAAGAAATTCACTCTGAAGGCAATCCACAGACGTGTGTGGAATGTGGCAAAACCTTTCTTAATGTTTATCGTCTTACTCGACACATAAAAGTTCATACTAGAGAGAAATCCTACTAAGGTCTTAAAAAAGTGTATCCTTATTCCAAATAATTCATACTGAATAAATCTCTGTGACTGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000042308:ENSRNOT00000043747:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.076 A=NA C2=0.005
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF054957=zf-CHY=WD(100=20.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.5),PF134511=zf-trcl=WD(100=11.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=6.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]