RnoINT0089725 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000006241 | March7
Description
membrane associated ring-CH-type finger 7 [Source:RGD Symbol;Acc:1308993]
Coordinates
chr3:46291914-46305052:+
Coord C1 exon
chr3:46291914-46292090
Coord A exon
chr3:46292091-46304887
Coord C2 exon
chr3:46304888-46305052
Length
12797 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
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3' ss Score
7.43
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GAAACCTTAAGAATGGAGTCTAAACCTTCCAGGATTCCAAGAAGAATTTCTGTTCAACCCTCTGGCTCTTTAAGTGCTAGGATGGTATCTGGAAACCGAGGAACCAGTTTAAATGATTCCTATCATTCTAGAGACTCTTCCTTTAGACTGGATTCTGAATATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000006241:ENSRNOT00000008464:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]