Special

RnoINT0096748 @ rn6

Intron Retention

Gene
Description
myosin X [Source:RGD Symbol;Acc:1307193]
Coordinates
chr2:78005741-78034172:+
Coord C1 exon
chr2:78005741-78005821
Coord A exon
chr2:78005822-78034047
Coord C2 exon
chr2:78034048-78034172
Length
28226 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
TACCCAATCTCACGGTTTAGATG
3' ss Score
5.78
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(6.3=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(9.9=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]