RnoINT0108882 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000014443 | Pde5a
Description
phosphodiesterase 5A [Source:RGD Symbol;Acc:620995]
Coordinates
chr2:227032887-227038275:+
Coord C1 exon
chr2:227032887-227032961
Coord A exon
chr2:227032962-227038191
Coord C2 exon
chr2:227038192-227038275
Length
5230 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCTGTAAGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
CTGTTTGTGTATATTTTCAGGAT
3' ss Score
9.89
Exon sequences
Seq C1 exon
ATAGCAGAACTCGTGGCAGCCGAATTCTTTGATCAAGGAGACAGAGAGAGAAAAGAACTTAACATGGAGCCCGCT
Seq A exon
GTAAGTCCACTTTGTTGGAATCCTTCGCTACATTTTAATGCTAACTACTTGGTTTAGAGACAGGTTCTTACTGTGTATGTCATTCTTCTCTCTGTCATGAATCCTATGGCCTCAGACTCTTGGTGCTGGTGTGACAAGGGTGTGACCACTCTTGCCTAAAGTGTATATTGTTTAACACTTCTATGACACCTTTCATCAGGTTTACTACTTAACACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGTTTTTGGATTTTTTAATTTACATTTCAAATGTTATTCCCTTTCCCGGTTTCCCAGACATAAGCCCCTGCTTCCATCCTCCTCCCCTTCTTTTCTATAAGGGTGTGCCTTTCCCTTCAGCCTTGTGTGGTCCCTGATTTTAGTGGGATCGCTTCAAAGATTCTCTGCATTTAGTTTGATGTTAGCTACTGGTTTGCTGTATATGGCTTTTACTATGTTTAGGTATGGACCTTGAATTCCTGATCTTTCCAGGACTTTTATCATGAAGGGGTGTTGAATTTTTTCAAATACCTTCCCAGCATCTAATAAAATGATCATGTGGTTCTTATCTTTGAGTCTGTTTATATAGTGGATTACGTTGATGCATTTCCGTATATTGAACCATCCCTGCTTCCCTGGGATGAAGCCTACTCATGATGGATGATTGTTTTGATGTATTCTTGGATCCAGTTTATGAGAATTTTATTGAGTATTTTTGTGTCAATATTCATAAGGGAAAGTGGTCTGAAGTTCTCTTTCTTTGTTGGGTCTTTGTGTGGTTTAGGTATAAGAGTAATTGTGGCTTCATAGAAGGAATTTGGTAGTGCTCTGCCTGTTGCTATTTTGTAGAATAGTTTGGACAGTATTTGGTATGAGGTCTTCTATGAAGGTCTGATAGAATTCTGCACTAAACCCTTCTGGTCCTGGGCTCTTTTTGGCTGGAAGACTTTTTAATAACTGCTTCTATTTCTTTAGGAGTTATGGAGTTGTTTAGATGGTTTATTTGTTCCTGATTTAACTTTGGTACCTGGTATCAGTCTAGAAAATTGTCCATTTCCTGCAGATTTTCCAGTTTTGTTGAATATAGGCTTTTGTAGTAGGATCTGATGATTTTTTTAATTTCCTCAGATTCTGTTGTTATGCCTCCCTTTTCATTTCTGATTTTGTTAATTTGAATACATTCTCTGTATCCTCTGGTTAGTCTGGCTAAGAGTTTATCTACTTGTTGATTTTCTCAAAGAACCACCTCCTGGTTTTGTTGATTCTTTTTATGGTCCTTTTGGTTTCTATTTGGTTGATTTCAGCCCTGAGTTTGATTATTTCCTGCTTTCTACTCCTCTTGGGTGTATTTGCTTCTTTTTGTTCTAGAGCTTTTAGGTGTGCTGTCAAGCTGCTGATGTATGCTCTCTCCTGTTTCTTTTTGCAGGCACTCAGAGCTATGAGTTTTCCTCTTAGCACAGCTTTCATTGTGTCCCATAAGTTTGGGTATGTTGTGCCTTCGTTTTCATTAAATTCTAAAATGTCTTTAATTTCTTTCTTTATTTCTTTCTTGACCAGGTTATCATTGAGTGGAGTGTTGTTTAACTCCCATGTCTATATGGGCTTTCTGTTGTTTTTGTTGTTATTGAAGACCAGCCTTAGTCCATGGTGGTCAGGTAGGATGCATGAGATTATTTCTATCTTCCTGTATCTGTTGAGGCCTGTTTCGTGCCCAGTTATATGGTCAGTTTTGGTGAAGGTACCATGAGGTGCTGAGAAGAAGGTATATCCTTTTGTTTTAGGATGAAATGTTCTATAAATATTTGTTAAATCCATTTGGTACATGACTTCTGTTAATTTCCCTATGCCCCTATTTAATTTCTGTTTCCATGATCTGTCCATTGATGAGAGTGGGATGTTGAAATCTCCTACTATAATTGTATGAGGTGCAATGTGTGATTTGAGCTTTAGTAAGGTTTCTTTTACGAATGTAGGTGCCCTTGCATTTGGGGCTGATATTCCAGATTGGGAGTTCATTTTGGTGGGTTTTTCCTTTGATGTATATGAAGTATCCTTCCTTATCCTTTTTGATGACTTTTGGTTGAAAGTCAATTTTATTCAATATTAGACTCCAACTTGTTTCTTTGGACCATTTGCTTGGAAACTTGTTTTCCAGCCTTTTATTCTGAGACGAATGTAGGTGCCCTTGCATTTGGGGCTGATATTCCAGATTGGGAGTTCATTTTGGTGGGTTTTTCCTTTGATGTATATGAAGTATCCTTCCTTATCCTTTTTGATGACTTTTGGTTGAAAGTCAATTTTATTCAATATTAGACTCCAACTTGTTTCTTTGGACCATTTGCTTGGAAACTTGTTTTCCAGCCTTTTATTCTGAGATAGTGTCTGTCTTTGTCACTGAGGTGTGTTTCCTGTATGCAGCAAAATGCTGGGTCCTCTTTACGTATCCAGTCTGTTAGTCTATGTCTTTTTATTGGGAAATCAATTCCATTGATGTTAAGAGATATTAAGAAATAATGATTGTTGCTTGCTGTTATTTTTGTTGTTTGAGTTGGAATTATGTTTGTTTGTCTCTCTTCTTTTGGTTTCATTGCAAGGAGATTACTTTCTTGCTTTTTCTAGGGTGTAGTTTCCCTCCTTGTGTTGGAGTTTTTCATCTATTATCCTTTGTAGGGCTGGATTTGTGGAAAGATATTGTGTAAATTTGGTTTTGACATGGAATATCTTTGTTTCTCCATCTATGATAATCGAGAGTTTTGCTGGATATAGTAATCTGGGCTGGCATTTGTGTTCTCTTAGGGTCTGTATAACATCTGCCCAGGATCTTCTGGCTTTCACAGTCTCTGTTGAGAAGTCTGATGTAATACTTATAGGTCTGTCTTTATATGTCACTTGACTCTTTTTCTCTTACTGCTTTTAATATTCTTTCTTTGTTTTGTGCATTTGGTGTTTTGACTATTTTGTGATGGGAGGGATTTCTTTTATGGTTCAATCTATTTGGAGTTCTGTATGCTTCTTGTATGTTAATGGGCATCTTTTCCTTTAGGTTAAGGAAGTTTTCTTCTATAATTTTGTTGAAGATTTTTACTGGCCCTTTAAGTTGGAAGTCTTCACTCTCTTCTATACCTATTATCCTTAGGTTTGATCTTCTCATTGCCTGTATTTCATGGATGTTTTGGACTAGGAGCTTTTTGCCTTTTACATTATCTTTGACAGTTGTGTAGATATTTTCTATGGTATCTTCTGCCCCTGAGATTCTCTCTTCTATTTCTTATAGTCTGTTGGTGATGCTTGTATCTATGACTCCTGATTTCTTTCCTAGGTTTTCTATCTCCAGAGTTGTCTCCCTTTGTGATTTCTTTATTCTTTCTGTTGCCATTTTTAAATCCTGGACAGTTTTGTTCAATTCCTTCACCTGTTTGATTGTGTTTTCCTCTCATTTTTAAAGGGATTTTTGTGTTTCCTCTTTAAGGGCTTCTACTTGTTTACTTGTGTTGTCCTGTATTTCTTTAAGGGAGTTATTTATGTCCTTCTTAAAGTCCTCCATCATCACCATAAAATGTGATTTTAAACCTAAATCTTGCTTTTCGAGTGTGTTTGCATATCCAGTATTTGCTTTGGTGGGAGAACTGGGCTCTGATGATGCCAAGTGTCTTGGTTTCTGCTGCTTAGGTTCCTGCGCTTGCCTCTTGCCATCAGGTTGTCTCTGGTGTTAGCTTGTCTTGCTGTTGTTGACAGTGACCTGATCCTCCTGTAGGCCTATATGTCAGAACTCCTGTAGATCTGTTTTCTTTCAGCTGGATCTGGGATCAGAGAACTCTGCTCTCAGGTGTGTAGATGCTCCAGGAGACTCGCTTTCAGCTCTCGGCACAGGCACAAACCCAAAGGGTCCTGCTCCTAGGTCCCTGTGCCCAGAGGGCACAGATGGCACTGATTTTCTCCTGGGTCAGGTATATGCACAGAATGTAGTAGTCTCCTCTGAGTTCTCAGAAATGTCCTCACTTCTGAAGGTCCAGCTCTCCCCCATGGGATTTGGGTGCAGGGAGCTATGTGACTGGTTCAGTTCAGTTCCAGGAGCAGGCAGAAATCAGCAGGTTCCTGCTGCTGACTGCTGCTATATTCCTGTATCCAGAGGCCACTATGCAGTTTCCTCTTGTGCCAGAGATGTGGGCAGAAGTGGGCAGAAGTGGCATTTTGTCCTGCAGTCTCAGGATTGTCTGCACTTCTGGGAGTTCAGCTTTCTCTCCCACAAGATTTGGGTGCAGGGAGCTGTGGGATCGGTTCAGTTCAGTTCCAGGCACAGCCAGAAACCGGAAGTGTCCCATCCCAGAGGAGTTCTGCCTTTGTGTGTCCTGAGTCTACCAGGCAGGTCACTTGGAGCGGAAAAGTTGATCTTACCTCTGCTCTCAGCTGTGTAGGCACTCCTGGTGACTGGCTTTCAGCTCTTGGAGCAGGCAGAAATCCAAAGGGTCTTGCCCCAGACTGTTCCTAGGTCCCTGTGCCCAGGGGACACAGATGTCACTAGGCGATTTCCCCTTGGGTTGGGAATGTGGGCAGAGAGTAGTTGTTTCCTCTGAGTTCTCAGGAGTGTCTACACTTCTCACTTTCTCTCTTTTTAGAAGAATTATACATGGTGATTACAAAAGCCAGCTAGGAAGACAAATATTGCTTACATATCATGGCCTTGTTTTTCCTTCTAGTTTGTCTGTAATAAGGTGCTTTTATTCTAATATGATCATAGGTGCATACGGATCATAATTATATGAAATATATGCAGCCACAACTTAATTCACTTCCTTTGCTGTCATATTTGCCACGTTCATTGTTACAAACAGCACTGTGATAAGAGCTGCGTTGCTCTTTTTTACTCTTCTGTGGAGATAAATAAACTTCCATAGGGGAGCAATGACTTCAAGAGTGTTTGCATAGCAACCATTTAATATAAACGTATGCATCTCAGATGGGAGAGAAGGATTCTTCTCAAACCATTTATACTTCAGTTACTTCCTTTTCTTTGTAGAGTTGGGAATGTATACACATACATGTGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATATGTGTCTGCCTGCATGTATTTACATATGTTTGCACCCTTTAAGGTAACCACCAATTCATCTTTTTTTACAGTCAGCCTTTCCTGCACACTTTGAATAAATGTAGACCTGTTTGTGTATATTTTCAG
Seq C2 exon
GATCTAATGAACAGGGAGAAGAAAAATAAAATCCCAAGTATGCAAGTTGGGTTCATAGACGCCATCTGCTTGCAGCTGTATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000014443:ENSRNOT00000019638:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.240 A=NA C2=0.250
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0023314=PDEase_I=FE(10.0=100)
A:
NA
C2:
PF0023314=PDEase_I=FE(11.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]