RnoINT0108950 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000016593 | Pde6c
Description
phosphodiesterase 6C [Source:RGD Symbol;Acc:1309844]
Coordinates
chr1:256833001-256842227:+
Coord C1 exon
chr1:256833001-256833141
Coord A exon
chr1:256833142-256842152
Coord C2 exon
chr1:256842153-256842227
Length
9011 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTTTC
5' ss Score
0.45
3' ss Seq
TTAAATATAATTGTCTCCAGGAA
3' ss Score
7.02
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCCTTATGTGGTCAGCCAATAAAGTATTCGAGGAGCTCACTGACGTTGAGCGACAGTTTCACAAGGCCCTGTACACCGTCAGAACATACCTGAACTGCGAGCGCTACTCCATTGGTCTTCTGGACATGACCAAGGAGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAATTTTACGACGAGTGGCCAATCAAGCTTGGAGAAGTTGAACCTTATAAAGGACCAAAGACTCCAGATGGCAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000016593:ENSRNOT00000022317:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0159021=GAF=PU(18.0=68.1)
A:
NA
C2:
PF0159021=GAF=FE(13.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]