RnoINT0109334 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000022593 | Pdpr
Description
pyruvate dehydrogenase phosphatase regulatory subunit [Source:RGD Symbol;Acc:1308307]
Coordinates
chr19:43132353-43140885:-
Coord C1 exon
chr19:43140752-43140885
Coord A exon
chr19:43132435-43140751
Coord C2 exon
chr19:43132353-43132434
Length
8317 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACC
5' ss Score
8.66
3' ss Seq
TTGATTGACTTTTTTTACAGGTT
3' ss Score
9.03
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGGCTGCTGGCTCAACAAGGTTCTGTGCTGGCATCCTAAGCACTGCTAGGCATTCAAGCATTGAACAGAAGATGGCTGACTATTCAAACAAACTCTACCATCAGTTAGAACAAGAAACAGGGATTCAAACAG
Seq A exon
GTAACCTGCTGTTTATTGGCCTTCCTGTCTTTAAACCCCTACTTAGTAGTTACTTGTCTCCATCCTGTATTCTGATCTGATGATTAAGACTTGTGTTGGAGAGGGCTGGAGAAGCCTATGGTTGTGGAGTTTAAAATCAATAAACCTCATACAGTACGTAACAGTTGTATAGTCAGCACAACCCTGCTCTAAGTCAAGGTATTTTTCTGTGTTGACTGACAGGCAGATTACAGCAACAATATGAAATAACTGGTGGGCATGGAACAAAATGGGTACAGCTATGTAGGGGGAAGCCTCAACAGAACTGTTGGAAGGACAGGAATGGTAATAAACGGTATGATCCCATTTGATGACAGAATGGGTAAAGGGACTGTTAGATGGCAGAGACTGAGGGCAACTTCATGTTCTGGGTAGGTTTCTGGGTTGTTTGTTTGCTTCTCCCAGTCCCTGCCCTATCAGATCATCACCAGCTCCCTGTAGAGTAACTGAGCTTGGCCACCTAAGGCTCTGAAGTGAACTTAGTAAAAGTAGTTTCACAACATCGACCTTGGTTTTTTGTTTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTTCCTTTTCCTTTCTTTTTGGAGATAGGATTTCTCTGTATAACAACTGTCCTAGAACATGCTCTGTAGATCAGACTGGCCTTGAACTCACAGGATCTGCCTGCCTCTGCCTCTTGAGTGCCGGGGTTAAAGTTTTGTACCACCTCTGCCCAGCTATCATTTTCCTTTTGTAGATTTATTTATTTGTATGTCTGTGCCTGTGTCCGTATGTGTGTTTGTACACATATACATGCACCTTCAGAGGCCAGAAGAGAGCATCAGATCCTAGTTTGTATGAGAAGGTGTTTACTTTGTGCAGGACAAGTGAGAGATTCCATTTTGGTTGGACTGAATCTGATGGCAGCATATGGTGCTTGAGTCAAACATTAGCCAGCATTTGAGTCGGATGTGGGTCTATAGCATAGGCCAAGGCCGTGCACTGACTCCCAGTCTGGCTTGAGTTGCTAGTATTTTGTTGAGTTTTGTGTTAATCCACTGGTTAGAGTTCAGAATTACAGTCATAGGCTTTGTTTTTTTATAAGATTAGTTAGCCTAGGATTAGTTCTAGGTCACAGTCTAGAACCCCTTATTGGCTTGTCTTTTATGCTTGTGAGGCAGCAAAGAGTTGGGGAATAGTGAAGAGTAGTAAGGCAAGGAGCATAAGGTTTGCTCTTGTTACTTTCACTGGAGCGGACCAGTGATGGCGTGAGAGGAAGCTTGGGTGCTTTAGTGGTGAAGAGTTTCTGGTTTTTTTTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTTGAGCCAGGCTTTCTCTGTGTAGCCCTAGCTGTCCTGAGACTTGCTTTGTAGACCAGGCTATTGTTACACCCAAAGATCCACCTGCCTCTGAGCACTAGGACTAAAGGCGTGCGTCATCACACCTGGCTGAGATTCTCTGTTAAGTAGTGTACATGGGTCGGTGAAGTGGCTCAGTAAGTGGAAATGCTTGCTGCCAAGCCTGACAGCTTGAGGTCAATACCTGGGACCCTCCATGGTGGAAAGAGAGAATTGACCCCTACAAGTTGTCCTGTGACCTCCACGCAAGTACTATGGCACACATAAGCTCCCTCTGCCAAAAAAAATAAATACAAGTGTAATGCGTTTTAAAAAGGCAGAGAGCAGTATACATGTGTAAGCTACCATGGAACTGCTGCTGATTTTTATTTTTCTATTATTCGTGTGTATGATATGCCTGTGTATGTGTGGGGATTCCCTTCAGGCTTTACCATAGGCAGAAAAAAACATCCATGAAAAGGTAAGAATAAAACTCAGCTCAAGACGTCCAGAGCCTGGCCCAGATCATTGGACTTTAGCTATATTTAGGCACAGAACAATTTTGGAAAAAAGTCTCTAGATAACAATTAACTCAGTCCCGAGTAGACAGTTTAGACATGTTTACACTGAGCTTCTTTACAAAGTACATCTAGCTTCTTTCACAAGAGTAGGCACTGTTGACTCAGATAGTGCCCATGATTTAGGGGCTGGGGGTCTTGAGTGAGGTAAACACAACCCCTATAGGTGTCAGGATTGTCTGGGCCCTAAGAGACAGAAGTCACTTAGGCTGCTGTAAAGCACAAGTGGCATCACTTATGGTCTAAAAAGAGTGCTCAAGATTTAGGGGAAAAGATCTGGGATAAGTAAAAACAAAACTCTGGGAGTCAAGCCTGTCTCCCCAGTCAGCAGAGAACCTCCAGGTTGTAAAACTACATCATGTCATTCCAGGGAGAGCAGGTACCCATATCATTCCATTGAAGAGATAAGCTGTGACTTCCCTGGCTTCTCCAGTGCCAGGACACGTGTGCACAAAGTCTTTTTGCCTTTTACGGGTACGCAGAGGTCAGAGGAGACTCTCAAGAGTCGGTTCTCTACTTGCCCTTTGTTGAGGCAGGGTGTCTTATTTGTGCCATTCTGCTTACTTCAGATTAGCTCTCTCACCAGCTCTGAGAAGTTCTTCTGGCTTCACCTCCCATCTTGCCATAGAAATGCTGGGACTGTAGATGCTAGCCAGTGAATCCAACTCTTTCTGGGTTCCAGGGATTTAATTAAGGTTACCAGGCTTTCATTGCAGGCACTTTGACAACTACTGAAGCATCTTGCCAGCCCTTTCTCTGTTTTTGTTATTTAAGTTGAAGACACATATATAATTTAAATTTAATGAGAAGACTATGTATGACCTTGGATTCCTAATCCTCTTGCCACCTCCTTCCAAGTGCTGGGATTAGAGATGTGTGCCATCACAACCATAGTTCTTCCATTGTGACAGAATTTTGTCAAGTAAGTGGAACAATATGACTAAAAGTTGATAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTCTTTTTTTCGGAGCTGGGGACCGAATCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGCAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCCAAAAGTTGATAGTCTTTTTTGGGGGTGGGAGGCCTGAGGATGTAGAGTAGTGGTAGAGTCTTTGCCTGATACATGTGAAGCTCTAAGTTTGATTCCTAAAAAAATTAGAAAATATAAATGGAAAGTAACAGGTTTTACTGTTTTAACAGTTTAACAGTTTTAACAAGCACCAGCTCTGTCAATCTGACTTAATTCCTGGGTCCTACATGGTAGGAGAGAATCAACTCTTCCAAGCTGTCTTCAGAGCTCTGTGTGTAGGGTATGGTATGTGTGCATCCACACTAAATATATACATACATACATACATGAATGCGTACATACATACATACATACATTTAACAATTTACTTTTATTTTTAGAAAATTATGTGTTTTAGAGTACATGTGCATGAGTCCTTGTGCCCACAGGAGCAGAGAAGTTGGATCTCCCTGGAGCTGGAATTATAAGAAGTTGTGAGCTACCTGATGTGGGTGCTAGGAATTGAACTCAGAATCTTTGGAAGAGAATTATGTGCCCTTAACTGCGGCCAGCTCTTCAGCCCCAAATAAATATATTTAAAGCTACTATCTGCTGTTTTTTTGCAAAATGGAAATACAGAAAAATAAATCTACTGAGATTGGTAGGTGGGAAACAGTATATAACAGCTGCAATCAGGAGTGATAGTCTAAGTCTATCTCTCTATAATTTTGGCTTTAAAGGGCTGGGTAGGACTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGATTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAACTCCCAGCAACCACATGGTGACTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGGTGCCCTCTTCTGGAAGAGAGTGACAGTGTACTCATACATAAAATAAATAAAATCTTTTTTAAAAAACCATATGTAGCTGGGTGTAGTGGTGCATGCCTTCAGTCCCAGCACTCAGGAAGCAGAGGCAGATGGATCTTTGTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACTAAATGAGTTTCAGGACAGCCAGAGCTATATAGTGAGACCCCTGACCCCCAAATTCATATATATATATATTCACGATTAATTTTTACTTTATGTATATGACCTAGTTACTATTTTATTGCTGAGAGTAGACATCATGACCAAGGTGATTTATAAAATGAAGTGTTTAGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAAGAGCACCCGACTGCTCTTCCAGAGGTCATGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAAAGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTATCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTATATATAATAAATAAATAAATCTTAAAAAAAAAAAAATGAAGTGTTTAGCTGGCAGGAAAAATGGCAGAAGGCAGGCGGGCAGGCATGGAACTGGAGCCGGAGCTGAGAACTCGCATCTGATCTGCAAGATGGAGGAAGAGAGAGTGTGAGACTTGGCGTGGTGTGGACTTTTTTAAAACCTCAAAGCCCAACAACCCCAGTGACACACCTTCTCTAACAAGGCCATGCTTCCTAAACCTTCCTAAATAGTTCCCAACTGGGAACCCAATTCAGCATTCAAATATGGTCTGTGGGGGTTGGGGATTTGGCTCAGTGGTAGAGCGCTTGCCTAGGAAGTGCAAGGTCCTGGGTTCAATCCCCAGCCCCGAAAAAAAGAAAAGAAAAAAAAAAATGGTCTGTGAAGACCATTCCCAATCAGACCGCCATACTGTAATGTGAGTATTTGCCTGCTGCAAGTGTTTATGTATGTATGTACTATGTGTGTATATGATGTATATGTACTGTGTGTGTATATGATGTATATGTACTGTGTGTGTATATGATGTATATGTACTGTGTGTATATATGATGTATATGTACTGTGTATGTATATGATGTATATATACTGTATATGTATATGATGTATATGTACTGTGTGTGTATATGTATATGTACTATGTGTGTATATGATGTATATGTACTGTGTGTGTATATGT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Seq C2 exon
GTTACTTAAGGACAGGCTCAATCTCTCTGGCCCAAACTCAGGACCGGTTGATCTCTCTGAAGCGTATCAACTCAAGGCTGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000022593:ENSRNOT00000038452:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0126619=DAO=FE(12.5=100)
A:
NA
C2:
PF0126619=DAO=FE(7.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]