RnoINT0109411 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000048849 | Pdss1
Description
decaprenyl diphosphate synthase subunit 1 [Source:RGD Symbol;Acc:2319976]
Coordinates
chr17:90060261-90065995:-
Coord C1 exon
chr17:90065875-90065995
Coord A exon
chr17:90060392-90065874
Coord C2 exon
chr17:90060261-90060391
Length
5483 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
AGAGGGAAACTGTATTTCAGGAA
3' ss Score
2.83
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTCATCAAAGGACACCAGCAATGTGCTGTTGTAGTCAAACTCAGAGTGGTGAGAAATACAGTGATCCTTTTAAACTTGGCTGGAGAGACTTGAAAGGTCTATATGAAGACATTAGAAAG
Seq A exon
GTAAGTTTTATTTTCCTGAAACCTGGTTACATTTTAGAATTAGAAGCCAACACACAATGCAGCCATTTCATGGTGGCTCACACTTAAAACCCCAGCACTTGGGAAACTAAGGCAGAAGAACTACTGCGAGTTCAAAGCTGGCTGGTCAGGGTGACATGGTAAGTTCCTAGCTAAGTGGGGCTATTACATGAGACCCTGTCTCAAATAACAAACAAAGGAAAAGGCAGCCATGCCAGTGCCCACTCAGTTTGCATATATCAGGTTTCATATGTTATCTCAGGAACAACTGTGTACAGCCTGATGCTGGCCAGTATGGAGGTTGTAGTACATGTTACTGTACAGAAAGTTGTTATTGCAGAGTTGGAAAACTAAAGAAAGTAGGTTCAGGAAGCATATGCCTGTTTGGTATCTAATTCTGAATGCCATTGCTAATATGACTTTTTTCTTTCAACTCATGTAAATATCATGTGGATTGTATAACACTGCTCAGTGTGTGGATTGGATTATGGCAAGCCTATTCCCCTAGGCCTCTCATAATGTCGCATGTCAAAACAAACCATGACCTTAGCCCAATGCATAGCCTCTGTGTCTATAAATTGCTAACACTGATGTGAATTGTATAGGGGAAAACAAACTCAAATAGGGCCACAGAAATGGCTCAGTTGGAAAAATGTTTGCTGTGAAAGGTGGACCTGGTAGCATACTTTTGTTATAGCAATGGACACAGGTGTGTACTTGGTGCTCACAGGCCAGCCAGCCTATCCTTCATGGTGAGCTGCAGGTCAGCAAGAAACCTTGTCTCCTACATGGAAAAGTGAATACCATGCATGCACAAATTAAAAAATAAAGATGAATAAAATCCTGCTCCAAAATGTTCATTGGACTATTTGTCAACTTAGTACCCCATTTAGAATTTACCATTTTTCCTTGGAGAGTCTAGCCTAATGCCTCACAACAGAATCACAGAGTGTCACAGAGGACTTTGCACATGTTCAGCAAGTGATCTATCACCTAGTAGTACCAAGCCCTTGTGTGGTGCTTCGTTTTGAAACAGAGACTCCATGTATAGCCCAAGTTGTAGTTCAAACTGGACTTGAACTTGTGATCCTTTTGTTCTGCCTTCTGAATGCTGGAATTAGAGAAGTATTCCACCACTGTCTTTAATATTCTGGTTTGTTTACTTAGATTATTTTAAGGTAAGCTCTCACTATGACACCTCTAGGCAGAACTTGAACTTCCTATGTATCAAGATGGCCTTAGACTCACCATCCTCCTACCCCCAGGATGTTGGAATTATTAACATGTGCTACCATACAGCTATCTTCATTTTTAGACAGACCATCCTAATGCTGTATCAGCCTCCTTCCTTTCCATCACAGTATTCTGAACCCTCGTTCTTACTCCTGCCCCTCTACATTACTCCACCATTGCCTGTGTCTTCCTTTCCAAACCACAGGAGCTTCCTCTTACCAAATACAGTGAATGTTTCCTTCTTCCTTTGCCTTAACCCTTTTCACTACCATTTTCATTGCTTGAAACTGTTCCTGTAACTTCCACATTTTCCTCAGTCACCTAGTCTTTCTGCCATCCTCAGTTGATTTCTGTGACCCTCTTTTATCTCATCTACCCTATTTGGAGTTCTGTTCTAGAAACCCCCACCATATATATATATATATATATATATATATATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATATTCTATTCTTAATCCCTCAGATATCACTATCTTTCCAGGTTGAATTATCTATTCTAAACCTGCTAACTACTTATCATACTACTCCATGAATATCTATGACTATGTCTAACTTAATATGTTTGGAATGCTGTTCTCACCCCATATGTAGTTTGATTTGGTGTTTTGTTTTCCTCTCTGATATCACTGACTATTGACAGGATCGCCCAGGATCCTTGGAAGAGCCCTTGGATCCTTCTTCTTTCTTCCATGACCTTCTAGTCTGTCTCTTGCCTCTAGACCCCTTCAGGCTCCAGAATACACTATATCCTCCTTCTGTTTCTCAGTTAATCTCTCCTGGCCTGAACCAGAATGGTTTTATTTACCTTGGGTGAGGTTACCATTATACTGTATTGTATCAATGTAGTTAATGATCTACTTGTCCTATTAGACCCCCAACTCCTTGTGGGCAAGGGTTGTCATACTTATCTTTGACACCTGCGCTTTTATCTTAGTAATTGTGATCCTAGCTTTCCGTGGCTCTTATTCAAGCTGTGTGTTCCTTGAGTGACAGATATAACAAGTACACACCCATGGAGAGCCCTTTCTAGTGTTCTCAAATCAAACCCAGCCAGGGCTTCGTGAAGCTCTTCCCTGTGCAATGTTCACAGTTTCTGCCCCATACTAATCTCTTCCCTTTTTTTTGACTTTTGATAAGTTACCAATGTATTACCCACTAAATCAATCTTTTGCATTTGGGGATTTTTGTTTGGGTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTCTGTTTTGTTTTTGAGGTAGGGTCTTACTATGAAGCCCAGCTCATTCTTGAACTCATGCCATCCTCCTGCAGCCTCCCAAGGGCTAGTGTTAGTGGGTTCTAAAGAATACATTACCATATACAGGTTTCCCCCTATTTTCTATCCTTGTGTTTTATTGAATATTATTTACAAAGAAAGGCATTATTGTATTTTCATAAATTATATATAATTGGCACTGCTCTGGCTTTTTTATCTTCCTCTTCCCATTTCTCTTCCCCATAATTTTATTTTCCAAGTATATCACATATTTTGGCCCTGCTTGCTTTGCTCCTTTCCCCTTTCTCTTCTTTCCTTGCTGTTTTGTGTAGTTTCATGTGTTTGCTTTTTTAAAAAAATTAGGATCTACAAGTGAGAGAAAAACGTCTTTATCTGAATCTGTTTCGCTTAATAAGGTACACCATTTGTGTCTACTACAGATCTACTACTCTGTCTAGCAAACATCATAATTTCAGTCTTCTTTAAGGCCGAATAAAACTCCATAGTATATGTATATCGCATTTTCTTGATTCATTCATCTCTTGATGGGCACGTAGCCTGGTTGCATATTGGCTGTTGTGACTAGTGCTACAGTAACATGGACATGAAGGATCTCTGGTGTATTGACTTTTGAGTTCTTCAGGAATATACCCAGGAGTGGGGTCGCTAGATCACATGAGTTCCACTTCTGGTTTATGGGCTCTTTTGAGGAGGCGAGGTACTTTCATATTATCTGCATAGCAGTTATACCACTCTACACTGCTGTCAGCAGTGTGTGGATCACACATCCTCATATTATCTCCATAGCAGTTATACCACTCTACATTGCTGTGTAGTGTGTACATTACATGTGTGTGGATCACACATCCGGTCCACACATCCTCATAAGCATTTGTTGTTATTTGATAGCTAGTGTGGCCAAGGTGAGATAGAACCCTAATGCAGTTTTAGTTTGCAAACATGTGCCATGTAGCCCATGGTTATTCATTATGGTTGTTGGTATTTGGTATTTTGAGTTCTTTATATATGCTGAACACTAATTCTCTGCCAGATATATAGCTCGTGAAACTTTTCCCATCCTATAGGCTGTTTTTTCACTCATTTGTTTCTTAGGATAATTTGCAACTTTTTATTTTGATGCATTCCCATATATCAGTTTTTTGTTATTTTCCAAGCAACTGGAGTCCTGTTGAAATGATTGACTATGTATATTTGAAGCATTTTCTATGTATTTTTAGTTTTGGAGTTTCAGATCTTTCATTAGGATATTTGATTATTGGTTGTCATTTTTGGGGATAAAAATCAGGGCTCTAGTTTTCCTGCTATATGTGTACTTCCTTTGTCCAAGCCCTATTTGTTGAAATGGATTTTTATTTTCCAATATTGTTTTGGGCATTTTTGTTAAAAATCAGGTATCTGTAGCACTGTGGTTTAATTCTGGATTCTTTATTCTATTCCACTTAAAAAGTATCTGTTTTTGTGCCAGTACTGTGACCTGTTACTATAGCTCTGTGGTTTATTTTGAGGTCATTGTTCTTGACTTAAGTTGCTTTGACTATGTAGGGTCTTTTGCTGCTTCTATATGTGCTTTTTTTTTTTTTCAGAGCTGGGGACCGAACCAGGGCTTGCACTTGCTAGGCAACGCTTCTACCACTGAGCTAAATCCCACCCCTTCTATATGAATTTTAAAGGTTGGTTTTTTCTATTTGTGTTTAAAATGTTATTAGAAGACCAGTTATGTCATTCTGTGGCTTAGGGCAAAATGCACCAGCTTGGCATACCGGAGTTGAATCCCCAAAGAACTACTTGGTGGAATGAGAAAACTGACATCTGTCAAGGTTGTACTCTAGCTTTCACATCCATCGTGGCAAGCATGTACATTCACAGTAATCATTAAATACGTAGATAAATATAATTAGAAATTTGAACACAATTGAATTGGAATCTATAGCTTTTCGTGTATAGCCGTTTTTGTTATCCATGAGTGAGCCTTCCATTCTCTAGTGTCTCTTTTATTGCTATAAAAACTTCACTGTAGAGGCCTTCCCTTTCTTTGCTTAGCGCTTATTACTGTGCTGAAACTGTTTTATCTTTTCTGAGTTTTCTGATGGGGTCTTGAGGGTCTTACATGGTCATGTCAACTGTGTTTAGGGATAATTTGGCCTTTGCTTTTCTATTTGTAACCCTTTTTCTTTCTCATCTAGCTACGACTTCAAGTACATATTAAATAAGAATGGGGAAAGTGAATAAATACTCTTTTCTGACTTTAGAAAGACTTTTTTGATTTTTCCCCATTTAGACTAATGTTAGCAACTGGTTTTGGTTCGATTTTTTTTGTAGTCATAATTATGTTGAAGTATGTTTTCTGTTCATAATTTCTTGAGGGCTTTTAAAATATTGTATATTTTAAGCATTTGTTTCAGCTAGACATGGTGGTACGTTCCTGTTTCCCAACAATTGGTAGGGAGAAGCAGAAAGGTCTTGGATTTGAGGCCATCCAGGACGTTATTAGCATTCATATAACTCAGATAACAATGCTAAATTGTCTCTTCTCCTCAATAGTTTCCCACAGTTAAGTAAACCATACCTTTTCTACATTTCTTCTATGACCTTTGAAATGTCTTCTGCTAAACAAAGCCCAGGCACACTTCCTGATTTATACCCCATCCTAGCTGTCTGCCCTCTTGTCTGTGCCCTGCCTTCCGAGCTGCTTCTTCGCCCTCTTTCCCATCTTTGTCCTGTGGTTACTAGCTACCCATTAGAAAAGTGGCAATACTTGCCCTAGTACTGATACCACACCACTTGGAGTGAAGCCACACATTCTTTTTGTATTGAATTTCTCAGTTGAAATGAGTACACTAAAATAAAACTGAAGTTTTGATGAAAACAAAATTCCTGTCTGTGTGTCTGTAATGCCACGTTAACAAGAGGGAAACTGTATTTCAG
Seq C2 exon
GAACTGCACATCTCCACCAGAGAACTGAAGGACATGTCTGAATACTACTTCGATGGCAAAGGAAAAGCCTTTAGGCCGATTATTGTGGTGCTAATGGCCCGAGCGTGTAATATTCATCATAATAACTCCCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000048849:ENSRNOT00000071978:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.023
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0034812=polyprenyl_synt=PU(13.7=81.8),PF073076=HEPPP_synt_1=PU(5.9=18.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]