RnoINT0113476 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000023760 | Plekhm3
Description
pleckstrin homology domain containing M3 [Source:RGD Symbol;Acc:1307151]
Coordinates
chr9:71631162-71646599:-
Coord C1 exon
chr9:71646541-71646599
Coord A exon
chr9:71631986-71646540
Coord C2 exon
chr9:71631162-71631985
Length
14555 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGG
5' ss Score
9.26
3' ss Seq
TCTTGTTTGTTTTCTCCCAGGAA
3' ss Score
10.12
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGCTCCTGGCCGTTTGCTGGCTTGTGTCATAGCAGATGTTCACCCCTTGGAAGAAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAGTTGAAGATTGGCGTTACATTGCTTTGGCAAACAGTGCCCTGCTGTCTTCACCGAGATCTCTAACAAGCCCCTGTGCTTCTCCAGGCAGCCAGATGAAGATTGCTTCCTCTCGTCTCCACAGCTGCGCTGCCGAATCACCTCTCTCTGTCGGCTGAGTGCTCATGACGCCTTTTCCTTGAAGCAGTTTAGAAGCGTGGACCCTGTGTCATGGAAGCTTTGGAGGTAGATGACATCAGCCCCGCCTTAGAGGTCACTGAGGACTTCTTCAGTACTTTTGACAGTAAGCTGGGAAAGGCTGTACAGCAGGCAGAGGTCTATGGGGTCCAGGAAGTCCCTGAACTGGTGGGGCACGAGGTACTTGGTAACATAACAGACAATGGTGCTTTGCGAAGCGTCGCTTCCCTGGGCAAGGGGACAATGATTTGGGACCACTGTAAGAGCAGGCTCCTAGAAACCAAAGCTCAAAATGTCTTCCCTGCCAAAGAACAGCTTATGGTCCAGAGAGGGACAGCCCCAGACAATCTTTCCTGGATGGAACAGAAGGAAGCATCAACCTTCAACTTCTTCAACATTTGTCAGCGTCGGAGGGACAGACCTCGCTCTGTGAATGACTTATTGGACGAGACCACGACTTTCAAGCCAGGACATGCTCGGTCAAGGTCCGATGTTACCCATGTTGACTGGCGGGTAGTCCTGAGCACCATGCCTTTGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAGGCGTCCCTTCACGGCCCTCACTTCCCCAGGCCGTCTTTTCTGTTGTCTTCATCCAATAAGGTTGAAGATGCTCAAGGAAATACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000023760:ENSRNOT00000032782:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.278
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]