HsaINT0127518 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000178385 | PLEKHM3
Description
pleckstrin homology domain containing, family M, member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:34006]
Coordinates
chr2:208865754-208890284:-
Coord C1 exon
chr2:208890113-208890284
Coord A exon
chr2:208866682-208890112
Coord C2 exon
chr2:208865754-208866681
Length
23431 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
TCCTGTTTATTTTCTTCCAGGAA
3' ss Score
10.95
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.328
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)