MmuINT0122185 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000051344 | Plekhm3
Description
pleckstrin homology domain containing, family M, member 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2443627]
Coordinates
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Sequences
Splice sites
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Seq C2 exon
GAAACTGAGGATTGGCCATACATTGCTTTGGCAAACACCGCCCGCCCTGCTGTCTTCCCTGAGATCTCTAAGAACAAGGCCCGTGCTCCTGTGCTTAGCCTTCTCTAGGCAGCCAGATGAAGATTGCTTCCTCTTGTTTTCACAGTTGTATTGCTGAACCACCTCTCTCTGTTGGCTGAGTGTTCATGACACCTCTTCCTGAAGCAGGTTAGAAGCTTGGACCCTGTGTCATGGAAGCTTTGGAAGTAGATGACATCAGCCCCGCCTTAGAGGTTACTGAGGATTTCTTTAGTACTTTTGACAGTAAGCTGGAAAAGGCTGTCCAACAAGCAGAGGTTTACGGGATCCAAGAAGTCCCTGAACTGGTGGGGCATGAGGTACTTGGTAACATAGCAGATAATGGTGCTTTAAGAAGCGTTGCTTCCCTGGGCAAGGGGACAATGATTTGGGACCACTGTAAGAGCAGGCTTTTAGAAACCAAAGCTCAAAATGTCTTCCCTGCCAAAGAACAGCTTATGGTCCAGAGAGGGACAGCCCCAGATAATCTTTCCTGGATGGCACAAAAGGAAGCGTCAACCTTCAATTTTTTCAACATCTGTCAGCGTCGGAGGGACAGACCTCGTTCTGTGAATGACTTATTGGATGAGACCACAACTTTCAAGCCAGGCCATGCTCGGTCAAGGTCCGATGTTACCCACGTAGACTGGCGGGTAGTCCTTAGCACCATGCCTTTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGCGTCCCTTCAAGGCATTCACTTTCCCGGGCCATCTTTTCTGTTGTCTTCACCCAGCAAGGTTGAAGATGCTCAAGGAAATACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000051344-Plekhm3:NM_001039493:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.215
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: