RnoINT0122921 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000030431 | RT1-Db2
Description
RT1 class II, locus Db2 [Source:RGD Symbol;Acc:1595922]
Coordinates
chr20:4106189-4117207:+
Coord C1 exon
chr20:4106189-4106288
Coord A exon
chr20:4106289-4116940
Coord C2 exon
chr20:4116941-4117207
Length
10652 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GACGTAAGT
5' ss Score
10.93
3' ss Seq
GAGTGTTCCTGTCCCCACAGCAC
3' ss Score
8.44
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGTGTGTCTGTGGCTCCCCAGAGACCCCTGTGTGGCGGCTGTGGTCCTGAGTCTGTTAATGCTGAGTCCTCCCGTGGCTTTGGTCAGGGACCCCCGAC
Seq A exon
GTAAGTTCATGCCTCGCGTTCTGAGTTGCTGGGGGTGGGGGAGAAAGGGGCTAGCTTCATTTTGTCTACAATAGGTTTTTAAAAACTTGTCAGTTTTTCTTTGACCACCTCTCATACAAATCTCACATTATTTCTGTATAAAAGCGTCTTAGATGTCCCTTTGAGACACACGAATGGTCATGTCCCTTCCCTCCTCATGAGAACGGTCAACCCTGACATCACAATTCCTACAGGCCTTAAGAGGTGAAGGAGACAGGGCACAAAAATAAGGATCTGTATAGAACCTCTCTAAAATGTTAAGATGGAAAATTTCCCTGAAGTTTTCATGAGGGATTAGGGGGAATTGGGGAGCAGGGGGGCTGTCCTAGAAGACTGGGTTGTGTCCTCACTGGGATCTGTGGCTTTTCTCTTCTCCATGAACCCCAGTGTTTATGAAACCTTCATCCCCGTGCTGGAATGCTGTCATGGCAAGTAGTCAGGGTTCTCTCTGCTGTTGATGGCACCCTAGAGCCAACCCTGGAACTTAATGCTTGAATCTGCCTCCTAGACAAGGAGCACAGATGGTGCGCTCTTGGTACCTCAAATTGGACAGTTCCTCTGAAACCCTTCACGGTGCCCCAAGCACCAGCTGCATTCCTGCCTGAGGGTAAAGGAGGGGATCCACCGGTTACAGATGTGAAGTTCTATTTTCGTATATCAGCAGTGGTCAGAGCCAACAATTTACTATGGTTCAGGCTGAGTACCCAGAGCAGGGTTGCAGACAGCGTGAAGGCTGCTAACGTCTCCGGGGGTTAGAAGACAGTCAGGAAATAAAGCCTCTGGTTTGGCAGGGCTTCCCCAAGGTTTGTAGGGTTCCACCGCTCACCTTCTATTCTCAATTAGCCGTGTGGACTTGTGGGTCCTCACAATTTATCTTTGATTTTTCCAGGGTCACGTTGTTGTCTTTGGCTGTGTAGTGACCTGAAAGAAAACCCAATAAATGGCGTGCGTACGCGTGCACATGTGCGCGCACCCGCGTGTGTCTCAGCTGCTGTGTGTGCTTGCTTCATGATCCCATGCAGGACAGAAAACTTAGGGGGAGAGACAGAGACAGGGGAAGACACAGAAATAGAGAGAGACAGAGATGAGAGACAGAGACACAGAGAAACACAGAGAGAAGTAGAGAGAGAGACAGAGATGAGAGAAAGAGACACAAGAGACTTTAAAAGTCCATATTGCACAATGATTCAACTCTCACAACAACATGATCACCCCTATATCTACATCTTGTTCAGAAGGCAAGTAGGAGAAGAGTAGAATCCAGGCAGCTAGAAGGAGGGTCTCAAAGCCCACCCCCAAAGGGTCACACTTCCTCCAACAAGGCCACACCCACTCCAATAAGGCCACACCCACTCCAATAAGGCCACGCCTCCTCAGTGCCACTCCCCTGGGACAAACATATTCAGACCACCACACGAGGATTCTCCATTCACCATGATGCTTGTGTTAATCTTCATTTCACTTCGTTTTCTCTTTCTGTCCATCCTCACCAGCACTTGTCAATGGCTGCTGAGATGCCTTCCATGCTGTGACACAATTCTCCTCTGGGTTTGGGTTTGTTCTTTCCTTGTGGTTGGTGACATTGGGTACCCCTCAAATGGCATGGGGTGTCTTCTTCTGAGAGATACCTTTTAAGGCTCCCTTTCCTGCGTTCTGATTGGCCTATTTGGATTTCTGGTCCTCACATTTTAAAAAGATTATATATTTAAAAGATTTATATGTGCCAGAAGAGGGAATCAGATCCCCTGAAACCAGAGTCAAGATGGCTGTGAGCCACCACGTAGGTGTTAGGAATCGAACCCAGGTCCTCTGTAGGAGCAGCCAATGCTCCTAACTCCTGAGCCACCTCCCCAGCCCTGGAAGTTGGTCCTTAAAGGTCCCTTTCAGCAAGGTCATTATTGCCACAAGAAGTGCTACTGCCTTTTGTGTGCAGATTTTGATCTGGAAACTTCACTGAATTTATCATTCTAACAGCTTTTTGGTAGATTATTTAGGTTTTTCTATGTATTAAAATCACGGCACTTGCAAATATGGGTAGCTCCCTTCCAATTAGGGTCTTTCTGACTTGTGAGCCTAATGCTTTTGTACACTGTGTAAAGTTTATCCTTGTGTTATTCAAATGCTGATTTCTCTGCCCTCATATCTTGTTTCAATCCAGACATGGCACTGTAATGTTCATGCCAAGAACCTCCTGTCTCGAGTCTGTGTAAACAATTCGTACCATTTATTTTATGCCTTGTCAACTATTACTGATCACCCAATGGCTGGGATAGAGAATAGGGTGGGACATCCGCCAATCAGAGGAAGGAGAGAGGGAGGAGGTTGAAGGATTTGGAGCCATGAGGAAGGGATTTGGAGGGAGACCATGAAAACACCTCCTTTGAAGCCAAAAGAGCCAGATCAATAATAACATGTATGAATCATGGGATGGGGCTGGGAGGTAGCCAGATTAGCATAGAAGGTTAAGGTTGATCACTTAACCGCTCAGCTATTGAGGTGTAGCTCTAAGTGAGTCTCGGTTTCTCTGTGAAGATATTGGGGTCAAGAAATACAGCTGCCGGATCAATTCGCTGCCAATATTACATGCACAGTAGTTGATTTACATTTCTGTTTAATAACCCTAGCAAAGGCTTCCAGTAATTCACTGAACAAGAGTAGTGAGTGCAGATGGCCGGAAATGGCTTCAGCTCCGCCCACTCTGAAGCTGACTGTGGGTTTTTATATATCGCCATTACCATTTTGACGTACTTTCCTTCTACACCCAATCCTTTGAGTCTTGCTCACCACAAACAGCGCGAATCTTATCAAAAGCTTTCCCTGCTGCTGCCGAAATGACCACGTTGCTTTAGCCCTTCGCTGAGGTAGCACGTGCTTTCCCACGCATTTACTTACGTACAGCCAGCCAACTACCCTTGCATCTGGAAGATGACGACTCCTGCTTGGACGTGGCCTCTGAAGTTCTGATGAGCTCTTGAATTTGATTTGCTACGGTTTTATTGCAAGTCCTTGGCAGCTCTGTTCATAGAGGCTCCGACGCTGGTTTCTTTTCGGCTGGATCTTTGCCTATTTGTTTCAGGGAATAACGGCCTTCCGAGAAAGGGCTGACTAAGCGCTATCCGTTTCGGTCTGTAAAAGACTAACTACAGTTGGAGTCAATTCTTCAAACGTGTCACCAAACCGGGCAGCACCAAGACCTGAGCTGTCCTTATTATCAGACTGTCTTGCTTTTATATCTATCTCTTCGCGGTTCAGCTACTATGGGCTGCGTTTGCTCGGATTAATCCATCTCCTCCAGGCTTGCCGGTTGTTTGATGTAAGACCCCTTCAAGTGCCTTACACCCCACGATTACGTACTGAACTGATAAAGACTTTTATTTAACCTCTGGTTTTATTTACTTGGGCTTTCTTTCTTTTTTTGTCTCTTGGTTTTTTAATTTTGGTAATCCCTTCAAATATAGATCACTTGCACCATGTACTTCTCTTTTCCTTATTAATTTATGAACTGATCTGTATCATTTCCCATCGTCACAGATTCTGGGCTGTGGTTGCTTTTCTTTTTCTTCTTTTTTTAAAAATTATTTTATTTATTTGAGTACACCATTGCTGTCTTTTAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTATAGATGGTTGTGAGCTATCTTGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCTACGGTTGCTTTTCTAACTCCTTGGCATCTGTTGGGTTTGTTTGTTGCCTATTATTTGAGGTCATGTTGTTTTCAGTTAATACATTTATAAGTAAAAGAAAAAAAGTTTCCTTTACCCATAAAAATGGAAGACAAGCAAAACCAAAATGGTACCGCTTTCAGAAAACAGGACAAAACTGGCCACAGTCATAGAAGCTAGAGTAAGTCAGACCCAGGACCCAGGCAGCTGTGCACGTGAACAGTCATTCTGGAAAATGGAAAGTACCAGGAAGAGGCAGGAGAGAAAAGTGGGGCGTGAACACGGCCAAGGTACATGCTTCACTTGATTGAAGGTGTCTGTGTCAAACCCCTCACCTCATACAACAAACATTCTCTGAGGCACAACTCTGAAGAAACAGCAAAAAACTCCCCAAACTTCCTTGTCCTTTCAGCTTTTGCTGACACCAACACATGCTTGTTTCTGGAAAGTTCTTTATTTCCCTTCTTAGCTTCTTCAATTATACGGCTGCCACTTGGGGGTGGGTCCTATCATTCGCCCCAGCTCTCCTTTGTAATTTAGTCTTACTTCATTCTGGTCTGAGATGGTGCATGAGCTGAATCTAATGCAAGATTTGTGGCTCCACATGTGCTGTGTCCTGGGGAATGTCCACATCCTGCTAGGACAGCTGTGTGCTCTGCTAGAGTTGGATGGGACATTCTCTGACTAGGCGTGGTTCTTCTGGCTCTGCTCTGAGATGATTATCTCTCTTTGATGATTCTTTCTCTGAACATCCATTCATTGAGGAGAATGGGATGGGTGCCCATTTATTACTGTATTGCAGTCTCTCTCTTTAGGGTAACCTGGACCACATGAGACTATCTTCTCTGTCTCTCTGTCTCTTTGTCTCTGTCTCTCTGTTTGCCTCTGTGTCTCTGTCTCTGTGTCTCTGTCTCTCTCTGTCTCTCTCTTGATATATTAATATTTGACTTATATAATGTGTTTCCCAAGTCAGGTGCATATATGTATGTCTATTTAAAGCCATTACATAATTTTGTTAAATTTATCATTGTATTCATATTCACTAACCTTACTTGTTTCTTTGACTTGTTAAAATACAAGGTCTGTTTTACTTGGTATGAGTATTGTTACTTTGCTTCCATTTTTGTTTCCATTTGTGTGATGTATCTTTCCTCAGCCTTCATTCCTACCCTCTTTGTAGGTTCAGGAAGGTGATGAGT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Seq C2 exon
CACGTTTTCTGGAGCAGTTGAAGGCTGAGTGTCACTACGTCAAGGGGAGGGAGCATGTGTGGAGCGTGACCAGATTCATCTATAACCAGGAAGAGTTTGCCCGCTTTGACAGTGTCTTTGGGAAGTTCCTGGCAGTGACTGAGCTGGGGCGGCCCATAGCTGAGTACTTGAACACCCAGAAGGACATGCTGGACAATTACCGTGCCTCTGTGGACAGGTGCAGAAATAACTATGACCTGGTTGATATCTTCATGTCGAACTTAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000030431:ENSRNOT00000042571:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0096914=MHC_II_beta=WD(100=82.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]