RnoINT0124508 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000004917 | Rasal2
Description
RAS protein activator like 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1307566]
Coordinates
chr13:74799224-74810918:-
Coord C1 exon
chr13:74810774-74810918
Coord A exon
chr13:74799307-74810773
Coord C2 exon
chr13:74799224-74799306
Length
11467 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTATGG
5' ss Score
7.88
3' ss Seq
CACCATCTCAAACACCCCAGGCT
3' ss Score
4.05
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTTTCTGACTGACTTAGTGATGTCAGAGGTAGATCGTTGTGGAGAGCATGATGTCTTGATCTTCAGAGAAAATACCATTGCCACTAAATCCATTGAGGAATACCTCAAGTTGGTGGGACAGCAGTATCTTCATGACGCACTCG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTTCGATGGCTACATTGATTTGGGCAGAGAGCTGTCAGTTTTACATTCCTTGCTTTGGGAAGTAGTTTCCCAACTGGATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004917:ENSRNOT00000033324:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061614=RasGAP=PU(94.0=95.9)
A:
NA
C2:
PF0061614=RasGAP=PD(4.0=7.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]