RnoINT0143671 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000001141 | Srrm4
Description
serine/arginine repetitive matrix 4 [Source:RGD Symbol;Acc:1560213]
Coordinates
chr12:45855757-45859175:+
Coord C1 exon
chr12:45855757-45855849
Coord A exon
chr12:45855850-45859018
Coord C2 exon
chr12:45859019-45859175
Length
3169 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACC
5' ss Score
8.66
3' ss Seq
ATCTTTTTCTTGATACCCAGGCA
3' ss Score
6
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCTCGAAGCCGGAAGTCTCACCGACATAGACATCACCGATGCCCCTCAAGGTCCCAGAGCTCAGAACTGCGCTCCCCCAGCTGCGAGAGCAG
Seq A exon
GTAACCTCTTTGTCCCTGATCCTTATCCACCAGCCCTGAGGATGCTTGATGCAGCTTCTGTCCTACATTGAGTAGCTCCTAACGCTAACCCTAACCTAAAACCTAACCCTAAACTAAACCTAGCCCTAGCCCTAGCCCTAAGCCCTAAGCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTTAACCCTAATCTTAATCCCTAAATCAGCCATCTCACTCTCAGGCCAGGGATGCTCCTGCTTCCAATAAGCAACAACAAGCAGAAAGGGCACAATAGTAGCCCCCTCCCCCCAACACAGTCTTGCTAAGTGCCTATAGTGAGGCTGACTCACAGGGCCCTTGCTACAGTCCCTTGAGGTCATTGTGAAATGAAAAAAACCAAGGCAATGGGATCTAAAGAACTCACTACTTACTAGCTGAGTGATACAGCTAGGGCTCAGAACAGAGAAGCTGAGCCACCTAGGAAAGGACACACAATACCAAGTGCCAGGTTCCCACACCCTTCCAAGTCAGTTTTGTCCTGACTCTGATTTCTATAGAGACATCTGTGCTGACGTGCCACCCGTCCTGGTTTGAGAATGGTGGGAGTGCAGTGCTCTTGTGGTGAGGAAAAGAGAGAGGTTTTGTGGATGGGAACGTCTGGAACTGTTGGTGTGTAGCAGGGTGATCAAAGCCAGCGCCTAACATAGGGGGCTTTTCTCTTTTTTTGAGGGCTCATCCGTAATACCTGGGGATAGTAACATCTCTGGTAGGGCTTACCTACCAGTGGAAGCAGGGTGGCTGGACAGAAAAGAGAAGGGGGTACAGGGAGGATGAGGAAGAGAAGGTGAGATAGAAGAGGGGAGGAAGAGAAATGCTCATCTTTCTGCCAGGCTCTGGGCTAATTTCAAGCCCTTTCTCTGTGGTGCCCCGTGATACTGTGACTGTAACATGACTTTCTATATTGTCTGCACTTTGTGGTCACCTCAGAATTATTTTTTAAAAAATTCCAAGTGCTAGAGTCTCACTCTCCTGTCACCCCAGCCAGGTAGAGAGACTGCAAAATTTCCTGGACAATATGAGAACAGAGCACGTGTGAGAGACGCTGCCACCGAGGCCCTAGCATGTCCCCTCCTAAGCAGACCTCTGTGTTTCTGCTGGGTCCCAGCTACAAATGGGACCACCAGCTGAAGCCACATGGTACTCCGATTGACCATGACACAGACAAGACCCTGTGACATGCGTGGTCCAAGTATTGGGAACTTATTTTTAATAAATACACTCCCAGGCGCATTGATTCTAGCTAGCACAAGTGGAGGCTGCTTCCTCAGTGATCAGACTTAGCCTCTGTCTAGTCACCTCTTGTTCTAGGCTATCTCAATGCCTCACCCTGACAGCATCCAACCAGAAGCAATGCCTCTGTCACTTTGCTCTCCCCTGTACTGCCTGCCACTCACCCCAATGCTCTATGACAAGTCACAACGACACCTGTTACAGTCAGGGGCCCAGCTTTGTGTGACTGAACAGAGCCTCTGCCTCTTCCCTTGGGTCAACCAGCTCTCAGAGAATTATGCAGGGTCCCAGAAGGTTGTCTGTCAGAGAAATGGCTGGCACCACACAGCCCTGTGTCTCCTGCTATCTTGTGTTCATCTGAGCCTCCTAACGCCTCTTCTGCTGAATGACCTTCAGAAGGCCGGAGAGCAAGCCAAGAGCTGGTTGTGAGGGTCGTATACTCAGGAGAATGGTCTGGAAGATTCCAAGCAGAGAGATAGTCCAGAACAAGAATCAGAGAAGACAGTGCTTTACAGGTGAAAAATCCTGCCCAGTTTTGGAGACTTTTAGCCCCTGTGACCTCACCTCTGAAATTTAGCTCCCTTGGCTGTAAAACAAGAAAGTAGCACCCATCCCATCTGTGTCTTCAGGATGCAGAGAGTAATGTGAGGGGTTTTCAGGTGACTATAAATTCATATGGTGTGGTTTTGTATTTACAACTGTAATTCAGAGAGTCCTCTTGTGGATGTTTTAAGGGGTCAGATGCACCTCTGGTCTCCACAGCAAGCAAGACAAGTAGATCTTGCTTACACAGGTGTCTCTGTCATTTTTATCGAGCACATTTCCCTCAATATTGTGGGTGATGCTCAATAGAATAGTTCCATTTCACAAATGGTCAAGTCACATACACAAAGATGCACGGTATGCATGGAAACATAGTCAGGTCCAAACATACAGAATCAAAAGCATATGTGGGACATTAAACCAGATCAAACAAGGGACCTCTTTGTCTTCACAGCTATACCCATAAATATTTGTAAAATGAACAAACAAGAGAATTACTGAATATACAGGAAGGGGATGGATGGATGGATGGTAAATTAATGAATAGTGAAATAAACAGATAAATGACTAGATGATGGATGATGAATGATAGGTATATGGATGAATCATTGGAAGAGATAGATGATGGATGGGTGATTGGTGGGCAAGTGTATGGAGGGATAGACAAATGGAATGGTAAGTAGATTGAGGAATGGATAGATGAATGATGGATGGGTGGATGGGTGGATGGATGGGTGAATGGATGGGTGGATAGATGATGGATGGATGGGTGGATGGATGGGTGGATAGATGATGGATGGATGGGTGGATGGATGGGTGGATAGATGATGGATGGGTGGATGGATGGGTGGATGATGGATGGGTAGATAGGTGGATGGATAGGTTGATAGATGGATGATGGATGGATGGATGATGGATGAATGGGTGGATGGACAGGTTGATGGATGGATAATGGATGGATGGGTGGATGGATGATAGATGGATGGATGGATGGGTGGATGGATGGGTGGATGGATGGGTGGATGGACAGATTGATCGATGGATGATGGATGGATGATAGATAGATGAAGGATAGGTGGATGGATGGTAGATGGATGGGTGGTGGGTCAGTGGGTGGCTGTATGGATGATTAGGTAGATGAGTGGGTGAGTAATGAAGGGAAGATGAATGTGCATACACACAGCCCAGCACACAGGCATTCTTACATACACAGACATATCCAGGGACAAAATCATGCAGAAAAATAACTCTGACACTCTCAGATGACATGTTGATTGCCCAACCATCTTTCCACTATGCTCACGTCAAAACACCCTCAGGTATCTTTTTCTTGATACCCAG
Seq C2 exon
GCACCGAGGTCGGTCTCCTGAGGAAGGGCGGAAATCCCGCCGAACACATTCCCGACGCTGCTCCAAGAACCACTGCAAGGTCAGCCCAGAGGCCCGGTCCAGCCACCTGCCCAGCCAGCCCCTCCAGAGGCTCGGCTTCCTGTCAGCCAGGGGTGTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000001141:ENSRNOT00000001507:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]