RnoINT0155120 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000024837 | Tpte2
Description
transmembrane phosphoinositide 3-phosphatase and tensin homolog 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1305825]
Coordinates
chr16:74560149-74573104:-
Coord C1 exon
chr16:74573012-74573104
Coord A exon
chr16:74560220-74573011
Coord C2 exon
chr16:74560149-74560219
Length
12792 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTAAGT
5' ss Score
10.91
3' ss Seq
TTAACCATCTCTTTTTTTAGAAT
3' ss Score
10.32
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATTTCATGATGTTGAAACAGACAAAGTAATAATTAATGTGTTCAACTGTCCGGCTCTATATGATGATGTAAAAGTGAAATTTCTCTGTCCG
Seq A exon
GTAAGTAATCAAGATGCACCTTGTTCTTGTCGAGTCCTTTTTCTGTTCTTTTAGTGTGTCGAGACAGAGTTGTGTAGTCCAGGTTGGCTCGAAGCGTATCATATAACCCAAGCTAGCCTTAAACATGTGATCCTTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTGCTAGAATTACAGGTTTGTGTCACCAAACATGACTCTTTCTGGTCTTAGTCTTTTGAATGATTTAGGGCTTGGGATTTCCTTTGCCACAATTTCCAATAAAGAAAATGACAGATGTCAGCCTATGGCCAGGAAACCAGAGGGAAGCAACAAATCAAAACTGTTACTTTTTTCATATATATATATTTTTTTTAATTTTTATTCATTTTTTGTAAGTTCTGTATAATAAACATTAATTTTTCAAATAAGATGAAAACAACTTGATTAAAAAAAAAACAAGAGTACTACAGAGTAGTAATTATGTTTTTGTTTTTTATCTTTAAGCCCTCGTAGCCACTGAGAGGTCAGGCATGTCTTTCATCCCAGCACTCAGGTAGATCCCTGACTTTGACATCAGCCTGATCTATAGAGTGAGTTCCAAAACAGCCAGGGATACACAGAGAAACCCTGTTTTGAAAACAAACAAACAAAAAGAAGGGGCATTAGGTTCAGGTATGCTAGGTCAGTAAGATGGAGATGATCACAGAACACACAAGGTAATATCTGAAGCAGCTTTTTATTCCTTAAGGATCACAGAAAGAAGAGAGTAGTAGACCTCACAGGAAGGAAGCGATAGAGATATGAGGATCAAAGCTTTACTGAGATCCAGAGTGCAATGCAGGGCAGTGTATCAAATAACTACAAAGTAAGCCAACTTCAATGCCATAGAGTCACACAGACAGTAACTTTCACACATACGCTAAAATAAAATGTGAAAAATACTTAATAAATAAAATACGAAAGAAATAAAATCAATTTAGATAGTTCCTCTACTCGTTGCTGACTTGAGAGAGAGTAGGGGGGTGGAGGGTTGGAAATCAGTGTCTTAACAATACTTTGAAAATGCATTGCCGAGAGGTAGAATTGCTATTCTCAGAATAACTTACTGAGGAAACACTCAACTGTCTTCCTCCATGCCTTAGGCTGTGCATTCCCACCAGCCACATACGAGGGACTCCAGTTCTCTGGACCTTCACTGGCAATGTTTTCTGTCATTTTAAATCATTGACACTAATGAGATTGACAATTTTGTTGACTCTGTGACTGAGAGTTTTTTCATGTACTTGTTGAGCATCTCAAGACAAATATCTGTTCAAATCCCTTGAGTTTCTTACTGAGCTATCTTTTGTCCTTAAATTATAAAAGTTCTTTATTCTGACCATCAGAAATGTCTGCTCCAGTCACTGGAGTTTTTGTGGGATATCTTTTGCCACAAACACTAGAAGGGCTTTATAGAAGACCTTCATCAGAGCATGAATTGTGGATATTTCTTCCCAGTCTATGGTCTATCATTTCACTACGATAGTGATGCCCCTTTCCCCTTTTACTTTTGAGATTATAATTACATCATGTCTCCCTTTCCTTCTCTCCATCCAAACACTCTTATATAGCCCTTCCTGCTCTTTCAAATTCATGGACTCTTTCTTCATTAATTGATGTTACATACTGTACTGGCTGGTTGTGTGTGTTGACTTGACACAAGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCCTCTTTTGAGGAAATGCCTCCATTAGATCGAGCTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGGTGGGAGAGGTCAATGTGGGTGGGGCCATCCCTGGTAGTCCTTGGTTCTATAAGAAAGCCAGGGGAAGAAAGTCAGTAAGTAACATCCCTCTATGGCCTCTGCATCATCTGTTGCTTCCTGGCCTGCTTGAATTCCAGTCCTACCTTCCTTTGGGGATGAACAGCAATGTGGAAGTGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATAATGTTTGTTTGGGAATAGAATCCTGACTAAGACAGATTAGTACCTGCATAGTGAAGTATTCCTTGTGACAACCTGGCTGTGTTTTGGGGAGGACTGTGAAAGGATTTTGGAACTTTGGGCTAGAAGAGCCATTGGGTGTTAAGAGCTCTGTGGAATGTTCTGTAGGAGCTTGAAAGATAATGTTGAGAACAATGCAGAAGATGGAGACCTGACTTGTGAAATTTCAGAGGGAAGACTTCTCAGGGCCATTGCTGTTTTGATTGTGGAGTCTATGGCTTTTGTTAGCTGGGGCTAAAGAATCAACTGTGGTTAACAAGATACCATAACTACTAAAACCAAACCTTTGCATTACTGGGACTATCGATGCTGGTCAGCAGGATCTAAGAAATTAGTGGTGACTAAGAGGAGACCAGCATCCCTGAGGTAAAATCTTCTGGGAAGTGTTTTCTTAGAACACAAAGAAGCTGTGTTCCAGTGATAGCCAAGGTCGTACCTCTGCTGCAGCTGGACTTGGTAATGTGTAAGAGTCACCCAGGTGGTACTGTTTTTGAAGGCATGAAGGGGTCATGGAGAGCAGCTGAGGCTGGGCACTGTGAGAGGCCATGGAAGGCCATTGGTGAAGGTGCAGCCTCAGTTGCAGTTGATGGCACAGGACTGAAGGGGTCATGCAAAGGATTTGAGGCTTGGCATCATGAACAGAGCCTTTGAGAGGCTATTGGTGAAGCCTAGTTGCAGAGAAAGACTCCAGTGTATTGTAGATGTCTGTACCATTTGATGATCACCAAGAATAGCAGTAGCAATGGAGTGGATCAACCTGAACTTAGAGTGTTACAGAGGGCAGAGCTGGAGAAGTGACACAAGCCCATGGAGGAGCCCAGAAGATCATGAGTAGACCCCAGACATTGGACAGTTAGAGTTTTATTTTGCTTTTGATTGTGGTTGTGCCCTGATACTTTTCCCTCTTGAAGTAAGAAAGTATTTTAGTGGAGCCCAGAGTTAAGAGACTTTGAATTGTAAAAAGACTTTGATTTTCAAAAGATTGGATACTTGAAAGGGATTGAAATTTGAATATGAAATTTGTAAAGCCAGTGGGACTTTAAAGTTATTTAGATCTTGGGAATGAATAAGAAAGTAAGGGTTGAGGCTTAATAGTGATGTGTTTGTGTTTGTGTCAAGTTGACAAGGGGTCAATGGTACTGGCTGATTTTGTGTGCCAACTTGACACAAGCTGGGGTTATCACAGAGAAAGGAGCCTCCCCTGAGGAAATGCCTCCGTGATCCAGCTGTAAGCCATTTTCTCAATCAGTGATCAAAGGTGGGAGGGCCCATTGTGGATGGTGCCATCCCTGGGCTGGTAGTCATGTTCTGTAAGAGAACAAGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAATAAATAGCATACCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGAGTTCCAATCCTCACTTCCTTTGGTGATGAACAGCAATGTGGAAGTGTAAGCTGAACAAACCTGTTCCTCCCTAACTTTCTTCTTGGTCGTGATGCTTGTGCAGGAATAGAAATCCTAAGACACACACATATATGTATACTTACATACATATAAATTCCTAAATATAACCTTCTCGGTCTATATGATGTTCATTGTATTCATGTTTTCAAGGCTGTTTAGTATTAAATAACCAATTAGACCAGTCTTCCCTTCTCATCTCCACATTCTTTGCTGGCCTACAGGTCCTTGTGTAGGGTTCAAGCCACCTTTTCTTCCCCTCAACCATATTGACAGTCTATTGTCTTTGCTCAGATCATGTTGGTGGAAGTTTACGGGTGTAGCTCTTGAGAGTACTAGGGAAAGCAATCTTTTTTTTTCTGTTCTTTTTTATGTATTTTTATTGGATATTTAATTTATTTACACTTTAAGTGTTATCCCCTTTCCGGGTTTTCAGAGGGGAAACCCATCCCCATCCCCCTGCTTCTATGAGGGTGCTCCCCCACCCACGCACCCACTTCTGCATCACTGACCTAGCATTCCCCTACACTGGGGCACCGATTCTTCACAGGGCCTCTCTGCCCATCGATGCTAGATAAGGCCATCCTCTGCTACATATGCAGCTGAAGTCATGGGTCCCTTCGTGTGTACTCATTGGTTGGTGGTTTAGTCACTGGGGGATCTGGTTGATTGACATTGTTGTTCTTCCTATGGGGCTGCAAAACCCTTCAGCTCCTTCAGTCATTCCCCTAACTCCTGTATTGGGGTCCCCATGCTCAATCGGATGATTGACTGCAAGCATCCGTATCTGTTTTGGTCAGGCTCTGGCAGAGACTCTCAGGAGACTACTATATCAGGCTCCTGTCAGGAAACACTTCTTGGAATCAGCAATAGTGTCTGGGTCTGGTGTCTATATGTGGGATGGATCCCAAGGTGGGGCAGTCTCTGATGGCCTTTCCTTCAGTCTCAGCTCCACTCTTTGTCCCTGTATACCCTTTTGACAGGAGAAATTTTGGATTAAAATATTGGAGATGGGTGAGTGGCCCCATTCCTCAATCGTGGGCCATGCCTTACTTACTTACCATTTCTCTTTCCCCTTTATTGGGCATTTCAGCTAATGTCATCACCATTGGGTCCTGGGAGCCTCTTGCTATCCTGGCGTCTAGGATTGGCTGGGGGCTACCCCCAAGTTCCCTATGCCACACCTCTGTTCAAATTCCTGACCTTCCATATATCATCCATATTTCCTTCCCCTCCCCCTCATCCCTACCTCCCAAGTCCCTCCCACCCTCTACCTCCTGTGATTATTTTGTTCCCTTTCATTTCTAAGTAGACTGAAGCATCCCATTTTGAGTCTTCCTTCTTGGATGTCAATGTATGGTCTGTTGGAATTGTATACTCTTTGCTAATATTCACTTATCAGTGAGGTATATAGCTGTATGTGTGTTTGTTGGGCAATCTCACTCGCTCCAGGGATGATATTTTCTAGTTCTTCATTTGCCTAAGAATTCTGAAGTCATTTTTTAATAGTGAGACGTCTCCATTTGTGGATATGTACACATTTTCTGTGTGTCTATCTCCCTCTGGTTGAGGGCAGCCACCATCTGATGTGTCCTTCCACCTATTTCTGAGGTCCTATAGTGTATAAAATAAAGTGCTGGTGCCACACCTGAGTGCTGTGTTTGTTATTTTGGAGCTCTTTGTATAGTGCCCCTGATGTAGGAGTGTGCTGCTAATTTTCTTCACCCACCAGGGCCATTGCTAATGCTCAATATTTACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACTAGTAGTCCATTCTGTAAATGTACCACATTTTCTGTGTCCATTCCTCTGTTGAGGGACATCTGGGTTCTTTCCACCTTCTGGCTATTATAAATAAAGCTGCTATGAACATAGTGGAGCACGTGTCCTTGTTATATTTTGGAGCATCTTTTGAGTATATGCCCAGGAGAGGTATAGCTGGGTAATCAGCTATGTCCAATTTTCTGAGGAACTGCCAGACAAATTTCCAGAAAGGTTGTACCAGCTTACAATCCCACCAACAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCATATCCTCACCAGCATCTGCTATCACCTGAGTTTTTTATGTTGGCCATTCTGACTGGTGTGGAATCTCAGGGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATGACTAAGGATGTTGAACATTTCTTTAGGTGCTTCTCAGCCATTCAATACTCCTCAGTTGAGAATTCTTTGTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTAATAGAGTTATTTGGGTCTCTGGAGTCTAACTTCTTGAGTTCTTTGTTTCTTAATATTGGATATTAGCCCTCTATCAGATTCAGTATTGGTAAAGATCTTTTCCTAGTCTGTTGGTTGTCGGTTTTGTCCTTTTGACAGTGTCCTTTTCCTTACAGAAGATTTTCAATTTTATGAGATCCCATTTATTAATTGTTGATCTTAGAGCATAAGCCACTGGTGTTCTGTTCAGGAAATTTTCCCCTGTGCCCATGTGTTTGAGGCTGTTCCACACTTTTTCTTCTATTAGATTCAATATATCTGGTTTGATGTGGAGGTCCTTGATCCACTTGGACATGTTAAAAATGCTGGGAGGGGGTACTTTTTTAACAGAGGGTGGTTTTAGCTCCTTTGAAAAAGCACTAGTGACCATAAATGTGTGGGTTCATTTCTGGGTCTTCAATTCTATTCCACTGGTCTATCTGACTGTCTCTATACCAATACCATACAGTTTTTATCTCTATTGCTCTGTAATACAGCTTGAGGCGAGAGATGGTGATTCCCCCAGAAGTTCTTTTATCATTGAGAAAAGTTTTCTCTGTCCTGGGTTTTTTGTTATTACAAATGGATTTGAGAATTGAGAATTTGAGAATTTCTAGCTCTATGAAGAATTGAGTTGGAATTTTGATGGTAATTGCATTGATTCTGTATATTTCTTTTGGCAAAATGGCCATTTTTAATGCATTAATCCTGTCAATCCATGAGCATGGGAGGTCTTTCCATCTTCTGAGATCTTCTTCAATTTCTTTCTTCAGAGACTTGAAGTTCTTGTCCTACAGATCTTTCACTTGGTTGGTTAGAATCATACCGAGGTATTTTATGTAATTTGTGACTATTGTGAAGGGTGTCATTCCCCTAATTTCTTTCTCAGCATGTTTATCCTTTGAGTAGAGGAGGGCTACTGATTTGTTTAATATTTTATCCAGCCACTTTGCTGAAGTTACTTATCAGGTGTACAAATTCTTTGGTGGAATTTTTGTGGTCACTTAAGTATACTATCATATCATCTGGAAATAGTGATATTTTTACTTCTTCCTTATCAATTTGTATCCCTTTGACCTCCTTTTGTTGTCTGATTGCTCTGGCTAGGACTTCAAGTACTATATTCAATAGATAGTGAGAGAGTGGGCAGCCTTGTCTTGTCCCTGATTTTAGTGGGATAGCTTCATTTCTCTCCATTTAGTTTGATGTTGGCTATTGGCTTGCTGTATATTGCTTTTACTGTGTATAGGTATGGGCCTTGAATTCCCAAGACTTTTACCATGAAGGGGTGTTGAATTCTGTCAAAGGCTTTTTTAGCATCTTATGCGATGATCATGTGGTTTTTTTTTTTCTTTGAGTTTGTTCATATAATGGATTAAGTTGATGAATTTTTCATAGATCGAACCATCCTGCATCCCTGAGATGAAGCCTACTTGATCATGGTGAATGATCATTTTGATGTGTTCTTGGATTCAGTTCGTGAGAATCTTATTGAGTATTTTTGCATTAATATTCATGACAGAAATTGGTCAGAAGTTCTCTTTCTTTTTTGGGTCTTTGTGTGGTTTAGGTAATGGCATAACTGTGGCTTCATAGAATGAATTAGGTAGTGTTCTTTCTGTTTTTATTTTCTGGAATAGTTTGAAGAGTATTACGCCTTCTTTGAAGGGCTGATAGAAATCTTCATTAAAACCATCTGGTCCTGGGTTAGAAAACTTTTAGTGAGTGCTCCTATTTCTTTAGAGGTACTGGGACTGTTTAGATGGTTTATCTGATACTGATTTATCTTTGGTGCCTGGTATCTGTCTAGAAAATTATCCATTTCATCCAGATTTTCCAGTTTTATTGAAATAGGCTTTTGTAGTAGGATCTGGTGATTTTTTGAATTTCCTCAGTTTCTATAGTTCTGTCTCCCTTTTCATTTCTGATTTTGTTAATTGGGATACTCTCTGTGTACCCTCTGGTTAGTCTAGCTAAGGGTTTATCTATCTTGACTTTTTTTTTCAAAGAACCAGCTCCTGGTTTTCTTGATTCTTTGTATAATTCTCTTTGTTTCTAATTGGTTGATTTCAGCCCCGAGTTTGATTATTTGCTGCTGTCTTCTCCTCTTGGTATATTTGCTTCTTTTTGTTCAGGTGTGCTGTCAAGCTGCTAATGTATGTTCTCTCGTTTCTTTCTTTCTTTTTCTTTTTATTTTTTTGAGGCACTCAGTGCTATGAGTTTTCCTCTTATCACTGCTTTCATTGTATTCGATAATTTGGGTATGTTGTACCTTCATTTTCATTAAATTCTAAAGTCTTTAATTTTTTCCTTTATTTCTTCTCTGACCAAGTTATCATTGAATAGAGAGTTGTTCAGCTTCCATGTGTACGTGGGCTTTCTGTTGCTTTTGTTATTGAAGACCAGCCTTAGTATGTGGTGATCTGATAGGATGCAAGGGATTATTTCAATCTTCTTGTATCTGTTGAGGCTTGATTTGTGACCAATTATATGGTCAATTTTGGAGAAGGTAGTATAAGGTGCTGAGAAGAAGATATATTCTTTAGGATGAAATGTTCTATAAATATCTGTTAAATCCATTTGGTTCATAACTTCTGTTAGTTTCACTGTGTCTCTGTTTAGTTTCTGTTTCCATGATCTTGACATTTGTGAGAGTGGGGTGTTGAAGTCTCTCACTATTATTGTGTGAGGTGCAATGTGTACTTTGAACTTTAGTAAAGTTTCTTTTATGAATGATGGTACCTTTGCATTTGGAGCTTAGTTGTTCAGAATTGAGAGCTCATCTTGGTAGATTTTTCCTTTGAGTATAAAGTGTCCTTCCTCATCTTTTTTGATAACTTTTTGTTGAAAGTTGATTTTATTCAATATTTATCCCAGTTTGTTTCTTCGGACCATTTGCTTGGAAAAATTTTATCCAGCCTTTTACTTTGAAGTTGTGTCTGTCTTTGTCACTGAGGTGAGTTTCCTGCATGCAGCAAAATGCTGGGTCCTATTTACATATCTAGTCTATTAGTCTATGTCTTTTTATTGGGTAATTAAGTCCATTGATATTAAGAGATATTGAGGATAAGTGATTGTTGCTTCCTGTTATTTTTGTTGTTAGAGGTGGAGTAATGTTTGTATGGCTATCTTCTTTTGGGTTTGTTGAAAGAAGGTTAATTTCTTGCTTTTTCTTGGATGTAGTTTCCCTCCTTTCGTTGGAGTTTTCCATGTATTATCCTTTGTAGGGCTGGATTTGTGGAAAGATATTGTTTAAATTTGGTTTTGTCATGGAATATCTTGGTTTCTCCATCTATGTTAATTGAGAGTTTTGTTGGGTATAGTAGCCTGGGCTGGCATTTGTATTCTCTTAGGGTCTGTATGACATCTGCCCAGGATCTTCTTTTAGAGTCTCTGTTGAGAAGTCTGCTGTAATTCTAATCGGCCTTTATGTTACTTGACCTTTTTCCCTTACTGCTTTTAATATTCTTTGTTTTGTGGATTTGGTGTTTTGATTATTATGTGATGGGAGGAGTTTCTTTTCTGGTCCAATCTATTTGGAGTTCTGTAGGCTTCTTATGTTTATAGTCATCTCTTTCTTTAGGTTAAGGAAGTTTCCTTCTTTAGTTTTGTTGAAGATATTTACTGGCTCTTTGAGTTGGGAATCTTTGCTCTCTTCTATACCTATTATCCTTAGGTTTGGTCTTCTCATTGTGTCCTGGATTTCCTGGATGTTTGGGGTTAGGAGCTTTTTGCATTTTGCATTTTCTTTGACTGTTGTGTCACTGTTTTCTATGGTGTCTTCTGCCCCTGAGATTCTTCTACCTCTTGAATTCTGTTGGTGATGCTTGCATCTGTGACTCCTGATCTCTTTCTTAGGTTTTTCTATCTCCAGAGTTGTCTTCCTTTGTGATTTCTTTATTGTTTCTAATTCCATTTTAGATCCTGGATGGTTTTGCTCAATTCCTTCACCAGTTTGATTGTGTTTTCCTCTATTTCTTTATGGGATTTATGTGTTTCTTCTTTAAGGGCTTCTACCTATTTGCCTGTGTTCTCCTGTATTTCTTTAAGGAAGTTATTGATGTCCCTCTTAAAGTCCTCTATCATCATCATGAGATGTGATTTTAAATCAGAATCTTGCTTTTTCAGTGAGTTGGGGTATTCAGGGCTTGCTGTGGTGGGAGAACTGGGTTCTGATGATGCCAAGTAGCCTTGGTTTCTGTTGCTTATGTTCTTGC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Seq C2 exon
AATCTTCCTAAATACTATGATGACTGCCCCTTTTTCTTTTGGTTTCATACATCTTTTATTCGAAATAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000024837:ENSRNOT00000034670:26
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF104094=PTEN_C2=FE(22.2=100)
A:
NA
C2:
PF104094=PTEN_C2=FE(17.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]