RnoINT0158225 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000046151 | Tubb1
Description
tubulin, beta 1 class VI [Source:RGD Symbol;Acc:1589557]
Coordinates
chr3:172550258-172555908:+
Coord C1 exon
chr3:172550258-172550434
Coord A exon
chr3:172550435-172555799
Coord C2 exon
chr3:172555800-172555908
Length
5365 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
TTTATTCTCTCTGCCTGCAGTTC
3' ss Score
10.36
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGGGAGAGCAGCTGGGTGGGCTGGTCCCACCAAGACCATGAAACTGCACCCAGCTCTCACTGGTGACCCAGGCTCTTCCAGACTCTTCGACCTAACTGACCCTTGGGTTCAAGGCTAGGATGCGGGAAATCGTGCACATTCAGATTGGCCAGTGTGGCAACCAGATCGGAGCCAAG
Seq A exon
GTAAGTAAGGGCAGAGCAAACCAGCTTGGTGCCCAACCAACATACACTCAGGTCCCTGGGAGGAAGCTGGGCCTCTCAGGTTTGCAAATACTTGCTAAATGGGTGGCTTATTAAAGAAGGTCTTTTAGCAAAACTATTAGAGTTAGAGTGTTAATTAATGTTAATCTTGCCTGTAATTACACATGTAAATGGGTATAGGAGCCATTTTGCTTTTAGTGTTTTAAAATGAGCTTTCCTCATCTAAACCCAGTAATTTGTTTCAAGCATTTTCTGAAGCTTTTTGGGAAATTTTCTTAATTTAAATTGTGTTTATTATAATTGTGTGTGTGACTATGTATGTTTGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGTGCGCACACACTCGCTTGCTCATGCACTCCTGCAGGTATGGCATCCCAGCATACATTTGGAAGTCAGAAGACAATTTTCCCAGGTGGTCCTTTCCTTCCACTGTGGGTCCCTGAGATTCGACTCAGGTCATTAGGTTTGACCACAAGCTTCTTTTCCTTGTTAACCATCAGCAGAAGCAGGGCTTTAAAATGTTTTTCTTAATTTGAATTATTTATTAGAGAGTGTGGGTGCCAGTTGTGTATTTATGGTGATCACTGCACAGCCTGCTGGAGCTGGTTCTCTCTTTGCATTATAAAGAATTGAACTCAGGTCTTTAAAGATTGCTGGCCAGCTCCCTTTCCCTGCTGAGCCATCTCCTCAGCCTTACCAGAAGGTTTTTCTGTTTGTTTGTTTTTGTTTTTTGTTTGTCTGCTATGTCACTGTGTTGTCTTTCATCCCCAAAGTTCCTCTAAAAACTCATTCTTTGGCAATTTTACACATACTTATTGCTTAGATCCACCAGGACTATCTACCTCCTACCAGTTTCCCTAGACAGTCTCTCTAATACATCCATATCCTCCTCTTCCTCTTCTCCTTCTTCTCCTTCTTTGTCTCTCTGTCTTTCTCTGTTCTGTCTGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTTTATAATTCATGGAGTCCCCTCAGTGCTGCCTGCTGGACTACTGAGGAATCTTGGCTTGAGCCGGTACAGGCAGCCACAGATTCTGTAAATTATTGAGTGCCATGGTCAGCCCATGTCTGGAAGACGTCTCCCAGCACTCCCCCAAGTCTCCGCCTCTCGAATCTTTCTGCTCCCTCTTCCTCACTGTTCAGTGAGCCATGATGGGTCAGGTAGAGTCTACGCTTATGGTACAAAGAAACTTAATATGCGATAGAAAATTAAAGTGACAAATACAGAGATAAGTAATTAAAACATTCTGGTATACGCATAAGTTCTCCTCTTTACTTCCTTTCTCCTGCTGCAATTCTGAGTGAGGCTCTTGACTCCTTCCCCTGTGCAAAGCCAGGAAGGCAGGGCCTGGAAGCTAGGATCTGCACTCCTAATTTTAAGACCAACAATGGATTTGAAGCATCTGTGGAGAGAGCTCACTGTGCTAATTGGAAATTATTTTTATGTGTATGAATTATGTGTTTAAAAACACCACCATTAGAGACCTTTGTTTCTTCATACCACCCTCACGAACACAGTCAAAAGGGTGGGAGGACCAGGGCCCGCGAGATAGTTCAGTGGGTAAAGAAACTTGCTGCCAAACCTTAGGACCTGAGTGTGACCCTCAAGACCCGTATGGTAAGAGAGCATAGACTCCTACAAACTACTCTCTGACCTCCACTTTTGTGCTGTGGCACGTGTGTGCTCTCCACCCGCATACATAAATCAACGTACAAGACACATTTTTAAAGGGAAGGAATCTCCAAATACCTACAGGGATTCACCTGACGTGCACATATATGAACACAGTTGTGTCCTGTTCGTTATGAATTCAGTGAACTATCATGTAGCTCTAAAAAGAAAGATACAATGAAAAACTTTTGGGCACAGTAAAATGTATGCTACATGAAGCTTTCCCTGTCGTTCTTTGCGTGCAAATTCAGTAGTAGTGAGTATGTTGTATAAACCCCCCCCCATCGAAATAAACGGCATACTGCAAAATAAACGTATGAACTGCAAACTCTGCCCCGCTCACACAACTGTATCTTTCACTGTCTTCCCTGACAACCGCCTTTCCACCTCAGGTCTTTGTGCACGGCTGCCCTTCCAGGCACCTTGAGGGGATCCATGTGCTAGCAGGGGCAAACCCCGCCCCTCATTTTGAGTTGGGCAGTAGCTGTAGCTCACTGTGTGTTCGGACCACATAGTGTTTGACCCAGGGATGGACGCTGGCCTCCTCTACTGTAGGGAATGCAGCTGGGAAAACCTGAGGGCCTTTCCACTCTCCTAATTTTCTTGTCTACGATTACATCGTTAACCAAATCTGTGCTGTATCTTTAGTACGTTCCTTCACACCAAGTCCCTATTACCCTTTTACTCCCCCACTTTTATCTTGTATATGCATACGTTATTCTATATGACTATATACACAAATGGGGGAAAACATATTTGTCTTTCGGAGACTGGCTCAGTCCTCACAATTATCTCCGGCTTCGACCATTTTCCAGTAAGTGACAAAACTTGGTTCTTTGAGGCTGAAAAATAAAAACCCCACTGTGTATAGTCGTGTTTCCTATCCGATACTTCACTTGGGAGACTGCAGAGTAAGTTCCATTCCTTAGCTCTGACCAACGGTGTACAATCTACACGGATGCGCAAGTGTCTCTGTGCTGTGTTGACTTGGAGGCCTTTGGGTGAGTGAACACCCGGGAGAGCGAGGGCTGGGTTGCCTTGAACTGCAGGTTTTGGAGTCTAGGGCAAACACTATTGCTGCCTGAAAAGCATCAGTCACCCTTACGTACCACAGGAGTCCGGTCAGACCTTTGTAATCACCAGAGTAGTGGGGGTGGGGAGGGCTAGGGAGACTGCGCTGACCTTAGGTGATAAGGTGGGGAGAGGCCTGGCGGAGGAAATGAACGGAAAGATATGGGATGGTCCGCTCCTGCAGCCTTCCGGGTTGTACCATCTGGTGGGTGGAGTCCCAGCAATGAATTCCTCTGGTGGGCGGAGTCCCAGCAATGACTTCCTCTGGTAGGCGGGGTCCCAGCATTGACTTCCTGTTGTGCCTTTAAGAATCGCAAGAAATGGGGCTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGCGCTTACCTAGGAAGGGCAAGGCCCTGGGTTCGGTCCCCAGCTCCGAAAAAAAGAACCCCCCCCCCAAAAAAAAAAGAATCTCAAGAAATATTGTAGGCTGAAGAGATGGCTTACCTGAAAGAACTCTTGCCTTGGAAGCATGAAGACCTGAGTTTAAATCCCAAACACCCATATCGGGGAGTGGGGGCAGGTTAACGGTCACAGGTTTGGATCAAAATCAATGAACTCCAGTTCAGTGAGCAACTCGGTCTTTAAAAGTAAGGGTAAGGGTGACGGAGGAAACCACCGGGCCTCGACCTCTGACCTTCACGCGCACGTCCTAGCAAGTGTATGTGCACCTACAGGCATGAGTGCACACAGTCATGTGCACATACATAAGACACATTTCATCTCCATCATCTCATAACTTCCTCGAACTTCCTCCCCCGCTCTGTAAAGCCCATTCTAGCACAGTGCATTCTTATCCAGAGGTGTGGCCGAAGCAGAGGTGCTGCTCACAGAGTAGGCTTGGGGAGTTTATTACCCTTGGAGGTTTTGGACTCGAGGGGATGTGTTTTCCATTGTGCTTTAATATGAGAGCTTTTCTGAATGGCCTAATGAGACCATTCCAGTAGTTCCCTATGTTAATAGATGCTGTGGGCTGGCAAGATGGCTCAGCTGGTAAAGGTGCCACCGAGACTTGAGCTCCATCCTGGGGGCCTACCTGGTTGAGAGGCCTCACTACCACTGATTGTTTTTGCACACATCAGCCAACACACATGGAAAAGTAATGAATGAATGCAAAAATAATGAAATGCTTTTTTAAAGTATAGAATAGAGTTTATTCAGGGCATGGAGAGGGGAGTTAAGTAGTGGGGGGGGAGAGAGAGAGAGAGGAAGAAGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGTAGAGGTGTAGAGACCAGCCATGAGCATGTGGAGAGAAGGGGGGAAGGGAATGGGGAGAGNNAAAGTGGGTGGGGTAAGAGGGGAAGAGCAAGAGTAAAATGCTTTCTTTACTCAGCAGGGTATGATGGCACATCCCTTTTAAGCCAGCACGCAGGAGGCAGAGTCAGATCTCTGTGAGTTTGTCAGCCTGGTCTACATGACAAGTTGCAAACCAGCCAGGGACACACAGTAAGAGTCTATCTCAAAAAAAAAAAATGCTGTATGCATGATTGGAAACGTAGACTATTCCAAGACAACACTATACCTAATTCTGAATTGGAATTAGGTTGGATGGTCAAAACACAATACGTCAAATTGTGCAGAAGGGCCCTGGTTGAGGGCTTTTGGAGTGAATTTCATGAAGGAAAACTTCCCAAAGCGGAGAGGAGACACTGTTGTGAAATAAATAAGAATTCAGTTTGTTCTCATTTCCTGAGATCAACACTTCTCCAGCTCAGACTGAGGCAAGGTGAAGTTCCAGCTCCCTCAACTGAAGTGAGATTCTAAAAGGACCTGCTCTAACGAACTGGGGTTAACAGCAAAATTCAATGTAATGCTATGTGTGTCTGATGTTTCACTTCAGGAGCTCAGATGGATCTAGCACAGCCTTCTTAGTCACACACAGTGAAAGAGGACGTGTTGGGCAGGATCAGGTAGCCTCCAGGCCACCCATTCCCTCACAGGGGCCAACTCTCCCTTTCAATGACTTTTCTTCTCACTACATCTATCTGTCTGTCTGCCTATCAATCATCTATTGATCTATCTATCTATGTATGTATCTATCACCTATCTCTGTATCTCTGTATCTCTGTATCTATGTATCTATCTATGTATCTATGTATCTATCTATGTATCTATCTATGTATCTATCTATGTATCTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGTGTGTTGGTGTGCATGCCCATGCAAAAGGGTGTACACATGCTGTGGTGTAAGTGTGGTGGTCAGTGGACAATTTGGGGGTAGTTGGTTCTCTCCTGCCACCACGTGGGGTCACAGGGATCAAACCTAGGTGGTCAGCCTTGGTGGCAAACACCTTTCCTGGCTCAGCTCTTCAGCCTGTGGACTGACTTTATTCTCTCTGCCTGCAG
Seq C2 exon
TTCTGGGAGGTGATCGGGGAAGAACATGGGATTGACTGCGCTGGGAGCTACTGCGGGACTTCAGCCCTTCAGCTGGAGAGAATCAGCGTTTACTACAACGAAGCCTACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000046151:ENSRNOT00000075148:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0009120=Tubulin=PU(7.2=84.2)
A:
NA
C2:
PF0009120=Tubulin=FE(16.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]