BtaINT0000492 @ bosTau6
Intron Retention
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:F1MLX8]
Coordinates
chr19:33603297-33608271:-
Coord C1 exon
chr19:33608129-33608271
Coord A exon
chr19:33603419-33608128
Coord C2 exon
chr19:33603297-33603418
Length
4710 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAGGT
5' ss Score
6.84
3' ss Seq
GTCGCTCTGTTCCCTTCCAGGGA
3' ss Score
10.83
Exon sequences
Seq C1 exon
ACGCTCAACGGCCACGAGGGGGCCGTGAAGTGTCTATACTTCGACCAGTGGCATCTCCTGTCAGGAAGCACTGATGGCCTGGTCATGGCCTGGAGCATGGTGGGAAAGTACGAGCGGTGCCTCATGGCCTTCAAACATCCAAA
Seq A exon
GTAGGTACTCAGGACACCCTGGCCAGGTCCCTGCCCCTGATCCCAATTTTCCCAACAGAACCTAGACTTCACTCTTTAGTGAAGTCTTCATTAAGTAGGGACTTCACTGTCCCTACTGCTCTCTGCTGACCCTCTCGCCTCTGCTCCTCACCCATTTCCACTTTCCTCTTCTTCCACCTGTTGCCCAATATAGTCACCCCCTCTCCTGCCCTCCCTTGTCTCTCTTAAGAAACAATAATACTATGTGGAGATTTTGAGAAGTTACTGAAAATTTACACTTAAGGCACATGTAATAAATTTTATCTGTTACCTACCAAACTTAGGAATATTGGCGGAACTGTCCCTCTGTGATGCCAATTCCAGTAAACTTAAGTTCTTGGAATTTTGTGGTTGTGAAAGCTTAAAATGACCCAGGTGCCAAAGGTTTAAAAATAAGGAAGGGCTTAAAGAAGGCTCTCCCTTAAAGCCTGGGGGCTCAATTCTATTCCGGGACAGCAAATGGATTTCATTTTGCATTTCCAATCCCAGTTTAGTGATGGTGCGTGCTTGGATCCAATTAAGAAGTACTCTGAGGTTATCTAAGCTTATTTGTAAAGGGCATTGTGGTCAGTTAATGGTTCTGCCATAATTGTGGGTTTTACAAACTGCTCTATGCCACTCTTGTACTGCACAAATATTGCTTCTTCCCCTGAGTGCATTATAAGAGACGCCAGGAAGCTAAGTGCTATCCTAATTCATTGAGAGAGGGTCTTCCAGGAGGATCTGTCAAGGAGAGTTATTTAATGAAAAATGGTCCTAGATTTCCTTGTACCCTCACAGGAACCTCTTTTTTTTTTTAAATTAATTTTTAAATTTTTAAGAAAGGTTTTATATTGGAGTATAGTTGGGTAACAATATTGTGATAGTTCCAGGTGCACAGCAAAGGGACTCAGCTGTACATATATATGTACCCACTCTCTCCCAAACTCCCTTCCCATCCAGGCTACCACATAACATTGAGCAGAGTTCCTTGTGCTATACAATACAATAGGCCCTTTTTGGTTATCCACAGAAACTTCTTGAGCAGGCAGACTGGCTTTGTGGGCAGTAGAGGGGGATATGGGCCTATATGTGTATGTTCTCTATCTGGGGTGTAACTGCATTGTTGACAGGTGGGTAGTATCAGGAAGGGCCAGTGTTCAGTGATTTAGTTAAGCCTTGGGTGATTATCGATAAACCTTACAGCATTGATCATCTGGCTTGTCCAAACTTGACCTCAAGGAGGGACTCAAACTTTGTGATATCACATTAAAATGGTAACGCTACATTTTTAAAACCTTCCAAGCATGATTCAGTAGGATTTAATTTAGTTATTGGAAGATAATTGTTTCCAGCAAACTTAGCAGTATGTTCACCATTTCATCAAACCCATTCTATTAATACCTCAGCTTTGGGATCTTCTTAAACCATTCCTACTTCCACTGAATGACAGCCCAACACACCATCCACACTGGCTCTTGATGCCTTGCACACTTACTGCCTTGCACACTTACAGCAAATCCATAGACAGTTATAGTACATTTGGAGGACATGGGCAGTGTTCTCATTTGTAGGGCCCTTTCTCCCACTCATCTGAAGCAGTACTGTGTATATATAAGTGCTTGATTGTTGTTGTTCAGTTGCTAAGTTGTGTTTCACTCTTTGTGATCCCATGGACTGCGGCAAGTCAGCCTTCCCTGTCCTTCACCATCTCCCAGAGTTTGCTCAAACTCATGTCCATTGAGTCAGTCCAGTCATCTCGTCCTCTGTTGTCCCCTTGTCCTCCTGCCCTCAACCTTTCCCAGCTCTAGGGTCTTTTCCAGTGACTCAGTTCTTTGCATCAGGTGGCCAAAGGATTGGAGCTTCAGTTTCAGCATCAGTCCTTCCAATGAATATTGAGGGTTGATTTCTTTTAGGATTGACTGGTTTGATCTTGCTGGGCAGTTTGATCTCCTTTGTGGGTAGTTTAGCTGGACATAGTGAAGTGTTGAGAAAGCAAATTTATGCTATTGATTTGTACAAAGAAGCCAAATTATTCATTTACTGCAAGAAATATGACTATCAAGTACACTGAACACCTTCATTCCATTTAATGTATACATTGTATATTTATATATATTATATAATATATTTAATACATTAAATATATATTTATATACTATATATAACATTTTAATATATATTAAGTAAATTGAATATATATATTTACAACTTAAAAATTAAGATAATTCACATGACACAAAATTCACCGTTTCATGATGTACAATTGAATGTTTTTTAGTATATCCATAATGTTATGTGGCGATTCCCACTATCTAATTACACAATATTTCCATCAGTCAGTAGTAATGTCCTCCGTTTCATTTCTGATTTTAGTAATTTGAATTTTATCTCTTATTTTTTGGGGGCAGTCTAAGCAAAAATTTTATAATTGTTATATATCCTTGGTAAATTCATTCTTTTACCATTATTATGTAATGTTCTTTTTTTGTCTCTATTAACAATTTTGTCTAAAAGTCTATTTTGTGTGGTATTTGTGTAGACACTCTGGTGCTCCTTTGGCAAGGAGTATCTTTTTTTCCCACTCTTTCACTTTCAACATATTTGTGTCTTTGAATCTACAGTGAGCCTCCTGTAGGCAGCATTTAGTTGGATTGTGTTTTTAATCGTTTCTCCCAATGTCTGCCTTTTAATGGAAGAATTTAATCTATTTACATTAAGTGTAAAACAAACTTAACTCTACCATTTGGCTTTTTGTTTTTCTATAGTCTTATATATATTTTGTTTGTTTGTTTCATTTCTCAAGTTTTCTATTGTGGTCTTTTTGGGTGTTGAACAGATATTTAGATATTAACAGTGTACCATTTTAATTCTGTCATCACATTTTTACTATGTATTTTTGAATTACTTTATTAGTGGTTTCCCTTGGGTTGCTGCAAGCCTTTGGTTATTTTCCAGAGTTGCATCTCTCCCAGTGTGGATCGCCATAGGTGGACTGAGGTGCACTTAGGGCGCCAGTAAAGTCATTGCATTTTCATCTTGGGAAAAAATGAGAATTTTGTTGAACTTTCTTACATGTATTTTATACCTTACATTTATTATCTATCTATCCATCTGTCCATCTAGCCATGTGTTCATCACATGATACATCAAGCCGCATTGACTTCTTTGCTGTTCTTTGAATGTCTTCTGCGTTTCAAAGTCTTTGTTATTTTTGTTTTGCTAGTTGTTGGAGCCTTGAAAAGTCTCAGTATGACTCTGGTACCTAGGTCACCTTGGAATCTGACCAAGTCCAGATGATATGTGGTGGATGTCATTCTTTTAACTTTTTATTTTATATTGAAGGATAAGAGTCAGACATGACTTAGCAACTAAACAACAACAAAAACACAGCTGATTAGCAATGTTGAGATGGTTTCAGGTGCACAACAGAGCAACTCAGCCATATACAGAGAACACATATACATGTGTTCTTCCCCCAGACTCCCCTCCCACCCAGGCTGCCACATAACGTTGAGCAAAGCTCCCTGTGCTATATGGTAGGTCCTTGTTGGTTATCCATTTTAAATAGAGCAGTGTGTACTTGCCCATCCCAACTCCCTATGTTGGATGTCATTGTTTTAACATACCTTAGCAATGATCATACACTGAAACGTGAGCCAACGTTCACTTTTGTAATAAATATTTATTGAGGACCTGCTGCAGGGCTGGGCCATGTGCTGGGTGCTGAGTGTGCAAAGGTGGATAAGACAGGTGCTGTACCCAAGAGGATCTGACAATATACCAGAAGTCTATGTATATGAGTAGGGTGAGAGGAGAAGTGGAGATGAGAGGTGGCTTTATGGAGAAAGTAACATATGAATGTGGCCATGGATGGACTTGGATGGGTGGAGGTGGCAGAGGTCGATGGACCTGCTTTGCACACAAGGTCTAAAAAATTGGTGACATCAAGTTCCATTTTTCAGTAGCATGAATAGCAGTAGGGTAATGGCACTTCTCAGATCTGAATACTCCACTTATCTGGAGCCCAGCTAGGACCCAACTGTTGTCAGGGGGATTTTGTTAGAGGCATTTATATAAATCTTCTCCCGATCCCCCCCTCTCTTCCCCTGCTGGTAATCACAAAAGAGAGCTCAAAAATCTCAGCTGGTGGATACAGTTTTCCTATGGGATGTTTCACTGAAAGAATGAAAGCCACTAATTTAAGGACCAAGAGAACCTGCTCAAATACCAGGTTTTTGCTTCTTACAAAGATAACCATTTTCCCGTCTGTTTTCTTTCATTTATATAATAATGCTACTTTTAAAAAGATTAAAAATGTCAAATGATTCTGAGCATGACATTTGTAGAAGTCTGATAGCTAGAAATCAAATTGTAAGAGAGAAGCACAGTCATCTATATATCTGACCAAAAAAAAAAAAAATCTTGACGTAAGCCCTTTTGTTTTTCTGCCTTGTGGCACTGTGACCAAGTTGTAGGAACAGTAACTGCAGAGTCAGGGGAGAGAGTACAGCTGCGTCTTGAGGGTTAATGGTTTACATCCAGAATCACAAAATGATGGCAAACGTTGCTTCAGGGACAGTCCATGAGCCCCCCACCCACTTCCAACCACACACCAAAGTCCCTGACTGCAGACACATCCGAGTGGTTCACCGGAAGGTGGGTACTGCCCGTCGCTCTGTTCCCTTCCAG
Seq C2 exon
GGAGGTTCTCCACGTGGCCCTTCTCTTCCTCCGGGTCATCAGTGCTTGTGCCGATGGCAAGATCCGCATTTACAATTTCCTCAACGGGAACTGTCTGAAGGTGATGAAAGCCAATGGCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002605:ENSBTAT00000003367:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0040027=WD40=PD(83.8=66.0)
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]