BtaINT0001061 @ bosTau6
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr2:31654301-31678362:+
Coord C1 exon
chr2:31654301-31654537
Coord A exon
chr2:31654538-31678208
Coord C2 exon
chr2:31678209-31678362
Length
23671 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTATGT
5' ss Score
9.81
3' ss Seq
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3' ss Score
7.98
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
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C2:
NO
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NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]