BtaINT0002107 @ bosTau6
Intron Retention
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:E1BFL1]
Coordinates
chr3:86619917-86634292:+
Coord C1 exon
chr3:86619917-86620093
Coord A exon
chr3:86620094-86634150
Coord C2 exon
chr3:86634151-86634292
Length
14057 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTAGG
5' ss Score
6.06
3' ss Seq
ATAATCGCTGTATTTTTTAGCAT
3' ss Score
7.99
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCTACAATGTTTTTCCAAGGATAATGAATTTCCTTCCGGGTCCGCACCAAGCACTCTTTAGTAATATGGAGAAAATGAAGATGTTTGTTGCCCGTATGATTGAAAACCACAAGAGAGACTGGAATCCTGCTGAAGCAAGAGACTTCATTGATGCTTATCTCCAGGAAATAGAAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CATAAGGGTGATGCTACTTCAAGTTTCCAGGAAGAAAACCTCATCTACAACACCCTGGACCTCTTCCTTGCTGGAACAGAGACGACTTCAACCAGCCTGCGCTGGGGGCTGCTCTTCATGGCCCTTAACCCCGAAATCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000010033:ENSBTAT00000000323:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(12.7=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(10.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]