BtaINT0006505 @ bosTau6
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr23:4058315-4067555:+
Coord C1 exon
chr23:4058315-4058398
Coord A exon
chr23:4058399-4067498
Coord C2 exon
chr23:4067499-4067555
Length
9100 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
GCTTTTTTTTTCCTCTCTAGGGT
3' ss Score
12.35
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCCTCAACGGTCCCAGTGATGTAGGTTCAACCGCAGCTCCCTGCATTTGTCCTCCAGGAAAACCAGGACTACAAGGGCCCAAG
Seq A exon
GTGAGTAACACCTAACTTGCTTTATTTGTTAAATCAGACAAACTAAAGCTGAGCAAGCACGAAATTCCTAATCACCATTGAGCCTGTTGTGAATATTCTGCCTAATATCTTAGAAGAGTTTAAATGGTGAGTTTTAGTGATTTTTTAAAAAAAGTGTATCCTAATCTGTAATTGGCTTTGAACCTTAAATTGATCCCACAATAAAGTGGGGGAGAATATTATTTTGTTTGCTTGCTTGTCCATTTGTGTTTTTTCTTCTTAATGCTGCTACTGTATCCCAAGAATGATACTTTCTTACAACCAGGTAGAAAATGAAGAAAGATATGTTCTAAATTCTTAAATGTCTAAATGCTTAATCTGTCAAGATGATTTTCAGATAGAAAAATGAAATAAAAACTTGAAAATTGGTTTGAGTGTTGTGTTTGATGTCCAGGTCTAAAAAGAGAGTCAAAGGTGTGCATATGTACTCATTTATTTTTTTTACTTATCATGCAATAATTATTTTTAGAAAGTATATTCTTTTAGTCATTTTCATACATGCGTATCTCTCAGTTGCATTTACATATTTATTTGCATGTGTATCTGTATATATATTATTTGTGTGCATATGTATTTTTTCTGTATATTTGTATAAACATATTCATTTGTGTACACATTTGTATATGATTGGAAGTATGATGTGCATACTATTTTATAACTAGTTACTTTTTACATAATATTCCGAATCTGTTTCTATCTATTAAATATGAATGGCTGAATTTTTTAAGTAGGTTGATACGGATTGTGGCATCACTTAGACATAGCCTAAGATACTGAGAGTTGAGTGGTTTGTCCACTGTAGATAAGTCTTATTTGTGCTGCTGTGCTGTGCTTAGTTGCTCAGCCATGTCCGACTCTTTGTGATAGCATGCACTATAGCCCGCCAGGCTCCTCTGTCCATGGGATTCTCCAGGCAAGAATACTGGAGTGGGTATCCTATCCCTTCTCCAGGGGATCTTCCCGATCCAGGAATCGAACTGCAGTCTCCTGCATTGCAGGCAAATTCTTTACTAACTGAGCTAACAAGGAAAACCAAATCTTGTTTACTTAATATTATTTAAAAATATCATCTAGATAAAAATGTCTAACTTGAAAACAAGTATGACTTCTTAGCTAGAGAGAATGTTTTGAGTATTAATCATTTATTACCTGAAGTGACCATAATAAATTTTGCTAAATATGAATTGTAATATTCATTTAGATGGAATTTTTTGATAAGTTTTAATCATCACAACTAAAAGATTTCAGATTTTAGATTGGTTATCTGAGAGCATTGAATACTGGTCTTTTGTGTGTGTTTCCCCATCCATTTTCAGGTGATAGTTTATGACCCACTTCAAACCTAGCTTGAAATTAAGAAAGAAACACAGTTTAAGAAATAAAAGGGTAAATTCAAAATAAACCTGTTTGGCTTGGAATTTGATTTCAGTCCTTTATAATCGGTTATTGTGAACAATTTTTAGATTGCATTTAGATAGATTAATTCAAGTGTTCTTCTGATAAACTAGCCATGTTATTTAGGATGTTTTGACCCAAAGGAAAAATACCTGCAGTATGCTTCTCAAACAATTTACCTTGCAAGGCAGCATGGTATGACCTACCTACCAGCCATACCTATGCGATATACCTACCAATATATCTTTTGAAATATATTTATACAACTTTATTTAACTTGGAATATTTTACATTGAAATGATTTGGTCTGCAAGAGATACCTTGTGGAAGTCAGAGTTCCATGACACTGACCTCTCTAAGCCCAGAGGACCTTCCGCCTGCTCAGGTTGCCCCCCGGGGCCTCTAAGGGGCTGTCTACTCTGCAGGCCCCCAGGGCCTCCTGATGTATCCTGATCTTCATCAGTGGTCCATTAGACATCTTGAAGTAATACCAGTTTTTATGCACATATGTTCCTGCAGCAAACTTTTAGCACACGCTTTGTCTTATCTGTGAAAGCCTCTGATTCTCAGTATTTTCAAGTTTCATGTGTTCCTCATTTTCGTTCTCTCTTAGTCATCATCTCACCCCTTTGCCACCTACCACTTTAAGTGAAATTGCAGTTTTCCACTGATCTTCAAGTTGGCGTGCTTTCTTAATCTGCTTTCCATTTTCTTCAGAAAAGCTGGCAGGAGGACAGGAACACACACACACTCTTCCATCCTTTTAGGGCTCTTTCCCCTGGAGGTGGTTCCTTACTCACATCAGGGACCTGTATGTGAAAAACAGAATCCATAGCAACACCCTGAGGTTTTCTTCCCTTGGAGAACTTCTGGCCTGGAAAATTGATAGGTTTTTAATTAGTCCAACAGAATCAGAACTAAAACAGATGAAGCGATTTTACTATACATCCAGCTGAGATGTATTGGTCGTTTTTGTTAGATGTTCTCTGGAACGCTTTACAGATTTCCATCAGGCAGACTTATCTGTACAGGAGAATCTAGTCTTCCCAGTAGCGAGAAATTGGGTTCTGGGAGCTGAGAGTTAAGTCATGAAACTGAAAGAGGAGAAATTCACATGTGGATGGGTGAGTAAGTGCTGATTCTAAGATAAAGTCAGTCATCTGCTTCAAGTTTTCTGAACTTCCAATGAATATGACAACCCTTTTGTAAAACCAGGTTAATTTAACTATGATGACCTGGGCTTCTCTGGTAGCTCATCTACTAAAGAATCTTTCTGCAATGTAGGAGACCTCGGTTTAATTCCTGGTTCAGGAAGATCCTCTGGAGAAGGGATAGGCTATTCACTCCAGTATTCTTGGGCTTCCCTGGTGGCTCAGATGGTAAAGAATCTGCCTGCAGTGTGGGAGATCTGGGTTCGATCCCTGGGGTGGGAATATTCCCTTTAGGAGGGCATGGCAAACCACTCCAGTATTCTTGCCTGAAGAATCCCCATGGACAGAGGAGCCTGGTGGGCTGCAAGTCATTGGGATGGCAGAGTCAGACACGACTGAGCAACTAAGCACAGCACAGCCCATACTTGGACTCTTCACTAAGCATAGAGAAATATATCTGCTAAGCATAGAGAAGTCCCTGAATGAGGCTGGCTTATTCATTCTGTCTCCCTACTGCAAAGGGAGTGACTAAATTAATGACGCTCTGGGAATGATTTTTATATGGAAGCACCTCACAGTGAAGGTTAGTTCAGTTCTCCTTTGGAATTTCAGTGTCTAGAGTAGTGCTTAATAGTGATATTTTTTATTTAATGAATTATAAAATGATTGAAAAAGTAAGATTCATCTGTCCCCCAGTTAACCCATGTGGAATGCGTTTGTTCTATATGAAAGATCCAGGCAATCTCCGGTTTAAAAATAAATCCCTTCCAAAAGACCTGTCCATGCAACGGCAGCTTCTTCCTCCACTTCGTAGCTAAAGGGACATTTGTGGGGACAAACTCCCCACATTTGGTCTAATCTTTAGAATCTGCCTGTCAGTGCAGGAGATGCAAGAGAAGTGGATCCCATCACTGAGTCGGGAAGATATCCTAGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGGATTCTTGCCTGGAAAATTCCATGGACAGGAAGCCTGGTGGGCTCGTCTGTGGGTTCCCAAAGAGTCGGACACAACTGAGCACACACACATACAGAGTGAAAATGTGGAAAAAAAGCAATTTTTTTTCAACTTTTTTTAAGGAAGAAGCAATTTCTTAATAACTTATTTTCTCTGAAATACCATTCTTTCTACAAGTTTATTGGTGCCCTTTGTTTTACCCTGATAATTCTACTGAGTAGCGTTTCCTTTGGGTTATCAAGGTAACCTCAGGCTAAAATACAAAAGCCTTTGGGAAATTTCAGGAACCACTGGGCGTTCACATATTTATGCTAATTTCCCCAAACTAAGTGGATTCCTTCTAGCTGAAGAGAATTAGTATTTGAGTTTTGAGGGAGAGAAGAGGTTGGTTTTGGTGAAAACCAAAGGAATTGGTCTTAGGTCAGATACTTCTGTGGAGGGCAGTGGGTAGTCTCAAGGCACAGGGGTTTTGAGAAGAGAGCTTTAAAACACGGGATGCAGGCCTAAGCGACCTTTGTTTTAGATGAATAACTTAAAAGAATTAGCTTACTTTTGCAAGCGCAATTGTTTCTCACTTTGTTCGTATTTGCACACTTGCAAGGCCATGTGCAGGGATGTTTCAACTTAGTCCATGATGTTCCCATCCCTGGCAGCAACTCAGAAATTCTATGGCACAAAATCAATTCATCATAAGTAAGAATTGCTTTTCAGCTGAATACTTATTTTTTGAAATTGCACATGTTTCAACTAAAGTACAAGAAAGTAGATTGAGAATTTAGTCACAGTTGTGTAATTATATGTCATATGTCTAATTTAATATATTTGGAAAATCGTTTCCACGTTAAGGTTGCTAGCCTTCCCTGGGTTGGTTTCTGATCAGTTTGCATTTTGATGTGGGCAGAGAGAGGGGCATTTAGGAGCATGGTGTCTAAAGTTCAGTTAGCTGAGTTCCCGTCTCCACTGCTGCCTCGTGACCTTGGACAAGTTACCTAACCTTCTTGGGCCTCAGTTTTCTTATATATAAAGTGGGAACAGTAAAATTACCCGCTTCATGGGATTCTTATGAGGATTAAGAAATTGAATACAGGTAAATCTCACAGGGGGCTTCCCTGGTCGCTCAACTATAAAGAACCCTTTTGCCAATGCAGAGGACATACGAGATGCTGGTTCAATCCCCGGGTCTGAAAGATCCGCTGGAGAAGGAAATGGCAATCCACTCCAGTATTCTTACCTGGAAAATTCCGTGGACAGAGGAGACTGGTGGGCTACAGTCAATGGGGTCCTCAAAGAGTCAGACGTGACTTAGCAACCCAACAACAGCAAATCTTGTGGAGCAGTACTTAGCATGTAGTAAGCAATCAGTAAAGGTTGGTGTCAGCTTTTACTACAGTAGTAAAATTGAATTTTTATTCTAATTGGCCTTTTCTTCAAAAATCAG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Seq C2 exon
GGTGACCCCGGACAGCCTGGGAATCCTGGCTACCCCGGACGGCCTGGTCAAGATGGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000033515:ENSBTAT00000001189:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.536 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0000822=EGF=FE(56.2=100),PF0139113=Collagen=PU(39.4=46.4)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=FE(54.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]