HsaINT0038531 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000124749 | COL21A1
Description
collagen type XXI alpha 1 chain [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17025]
Coordinates
chr6:56156887-56164506:-
Coord C1 exon
chr6:56164423-56164506
Coord A exon
chr6:56156950-56164422
Coord C2 exon
chr6:56156887-56156949
Length
7473 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTGGGT
5' ss Score
3.99
3' ss Seq
TTTGTTTGCTTCCTGCTTAGGGT
3' ss Score
8.94
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCCTTAATGGTCCCAGTGATGTAGGTTCAACTCCAGCTCCCTGTATTTGTCCTCCGGGAAAACCAGGACTTCAAGGCCCCAAA
Seq A exon
GTGGGTAACACCTAACTTGCTGTTTTTGTTAAAACACACAAACAAGAGCTGGGTAAACCATACAATTCCTAATCACCATTGATCCTGTTGAGAAATTTCTATCTGATTTCTTATAGAGTTTAAAACCTCAGTTTTAGTCATTTTTTTTCTAGAAAAACAAGTGTATTCTAGCCTAGATTAGGATACCTTTTGAACCCAAAACTGTATCTGTCATCCACATTAAACTGAGACAGTATTATTTGTTTGGTTGTTTTTTTCCCCCAAATACTGCTGCTAGATCCCAAGAACAATACTTCCTTACAATCTGGTAAAAAATGAAGAAAGGGCATTTGTGAAGACATGGTCTGAATTCTTAAATGTCTCAGTTCTTAATTTGTCAAAATAATTTTTGGATGGAAAAAATGAAGTAAGAAATTTCAAATTGATTTTATTATTGTGAGTTTGATATCTAGTTCAAAAATAGAGCCACATACATTTATTTCACTTAATCATGTACTTTTGGGGAGAATATTCTTTTAGTCATTTCCATATTTCTATATATGCGCTTGTTCCAGTTACATTTACATATTGATTTGTATACAAATGTACATATACATTTTTATATGATCGGAGCCATTGTGTGCGTACTACTTTATAACCGGTTGTTTTATACATAATATGTTCTGAATATTTTTCTATGCAATTTAATATTAATGACTAAATTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGCCTTGCTCTATCGCCAGCTGGAGTGCAGTGGCGCAATCTGGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTTCCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTAGGATTACAGGCGATCACCACTGCGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTGGCAAGGATCGTCTCGATCTCTTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCCACCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCAGCAAATGGCTAAATTTTTAAGTAAGTTGTGCTTCTTGTGGCATCACTTAGACACAGCCTAAGTAAGACACTAAGAAGTGTAGTGGTTTGTCCATGATATATAAATCTTGTTTACTTAACATTATATTAAAATATCACCTAAATAAAATAATGTGTAACTTGAAAGCAAGTATGTTTCCCTAAGCAAAAAGATAATGTTTATGTGTATTGATCACCTCTTACTTGAAGCGACCATAATCATTTTTGTTAAATATGAATCGTAATGTTCATTTAGACTGAATTTTCTGATTAGCGAATTTTCTGAATTTTCTGCTGGTCCAAGATAATTTAATTCTTTCTATCTTTTATGTATGTTTTTCTATTCATTTTCAGGCCTAACCATTAAAATAAAGAAAGATATGGAATTTAAGAAGTATACATTTGATCTGTCATTCAAAGTAAATCTCTGTCTGGCTTTAAATTTGAATGCCATACATGATAATCAGTGTATTATTGTGAATTATTTTTAGATAGCATTTAGAAGAGTTAATTCAAATCATCTTTAAAGTAACCGTCTATTATTTTAGATGCCTTGACATAAAGGAGAAATACTTATAAAATTCTCCTGGGAGAATATAACCTGGAAGACACCTTGGTGTGTCCTACCAGTAGATTCTTTTAAAAATATATATGTTCATATAATTTATTCACCTTGGAATATTATACATAAAAGTAATTTGACCTGCATGAGATATAATGTAGAAATTAGAGACCCATGCTGTCTGACCTATCAAAGCCTAGAGTGCTTTTCTGACTCTCAGTGAGGTTCAAGCCACCTCTACCATCTCCAGGGTCTCCAAGGGGCTGTTCACTTTTGGGAGGCACCTGAAGCCTCTGCTGTTTTCTGATTGTCATTTGTGGTCCAATAGATGTCTTGTAGTGTCACCTATTTTTACTCATGTACTTTCTACACGAAATTTTTAGCACACCCATTGTCTTATCTGATGAAGCCTCTAATTTTTTAATATTTCCAAGTTTCATGTGTTTCTCATTTTCATTTTCTTTTCTTAGTCATAATCTAGCCCTATTGCCACCTACTACTCTAAGTGAAATTGCAGTTTTCCACCAATCTTCAAGTTGGCGTGCCTTTTTGATCTGCTTTCCATTTTCTTCAGAAAATCTGGCAGGAGGACAGGAACACACACACACTCTTCCATCCATTTAGGACTCTTTATCCTGGAAGTGGTTCCTTACCCAGAACATGGACCTGTATGTAAAAAACAGAATCCCTAGCAACACTCTAAGTTGCACTTCTTTTCTGGCTTTGAAAGTTGATAGGGTTTTAATTAGTTCAACAGAACCTGAATTAAAACAGATGAGACAAGTTTACTTTAGGTTCCACTGAGGCTTATTGGCCATTTTTGTTATATGCTTTCTGGAAAGGTTTGCAGAAGTCCATCAAATCGAGTGACCTGTAAAGAACAGATCTAGCTTTTCTATTAACCAGAAATAGAGTTTTAGGAGATGAGTGCGGGGTCGAGACTGAAACAGAGGAGAAATTTTTGTGTTGATAAATGGGGAAGTGCTGATTCTAAGATAGTTATTTTTTTTAAAGTTCTTTAGATTTCTGGAAAATATGACAACACTGTTGCAAAACCAGGTCAAAATGACAAGGTACACCACACTTAGACTTATCATTGTCATTGTAACTCTTTATCAGGCATCAAAAAATTATCTGTCACTAGACTGTAATCTCCTGGAAGAATGGCTTATTTTTTATCCCTAATGATAAACATAGGGAATGATTAATGAATCCGTTGGAATCATTTGTATATGCAAGCCCTTCTTTTGTTCACAATAAAGGTTAATAAAAAGAAAATTCTCCTTTGGCACTCCAGTCTGGCACAGTGCTTAATAGTAATACTTTTTGTTAAAGGAATTGTGAAATTGTCAAAACAATAAGATCCACCCCTCCCCCCATTTAACCTATATGGAACGCGCTTCTGTTCTGCGAGAAAGATCCAGGTCCACCCCAGCTTGCAGATAACTTCCTTTCAAATGACCCGTGCATGCAAATAACAGCTTCTTCCCCTGCTTCAGTAGCCAGAGGAACAGTTGTGGTAACAAACTCCTACATTTGCTCTAACCTGAAACGTTAGATGTATTAGGTCAGAAGTGGAAAGAAGACATTTTTGTCTTTTTTAGGTTAGGACAATTTTTTAATAACTTCTTTGCTCTGAGATACCATTTTACTATAGCCATATCTCTGTTGATAGCCTTTGTTACACCCTAGTAATTTTGCCAATTAGAGATTCATTGGGACTATCAAGGTACCCTCTGTCTAAACACAAAAGCCTTTGGAAAATTTCAAGGGCCAAGGGCATTTACATTTTTATGTTAAAATTTTTCAGACTGAGTAGAGTCCTCCTAGATTCAGGGAGTGGTACTTGGGTTCTGAGGGAGGAAAGAGGTTGATTTTCGAGAATGGAATAGGTCTTAGGTCAGATGCTCTTGTGGAGACCAGAGGGGTAGCATGAAGGCGTAAGGTTTTTTGAAATGAAGGCTTACAAACGTCGTATTTGGACTTATATGAAGTATTCCAAAGTTTTGCCTTGGATGAACAACTTAAAATATTAGCTTATTTTTATAAACATAACTTTTTCTTACTTTATTTATATTTACATTACTTAAGAGACCATATTCAGAGATGTTTTAGTTTAGTCCATGACATTTCCACTCCTGTCAACAACTTAAAAATCCTGTGGCACAAATTCAAACAAACATAAATAGATACTGCTTTTCAGCTGAGTACATATTTTTGAAAACTCAAAATGTACAATTGTTTCAACTAAATTAGAATAAGGTGGATTGGGAATTTAGTCACAGTTTTATAATAATAAGTCATGTGTCTAATTTAATGTATTGGGGAATTTTTTTTTCCATATTAAATTTTCTAGCATTCTTCAGTCTGGTTCTGATCAGTGTATTATTGTGGACAGGAATGGTAGTGTTTAGGAGCTTGGACCCTGGAGTGGAACTGGTTGGATTTGAATCCCATCTCTATCACTGCTGTGTGACCTCAGGCAACTTACCTAACTTTCCTGGCCCTCAGTTTTCCTACACAGAAAATGGGAATAATAAAAGTATCTGCTTCATAGGATTATTACGAGAATTCGCTAACTCAATATATGCAAATCTGTTGGACCAGTGCTTAGCACATAACAGTCAATAAAGGTTGAGTGTCAGCTTTTATTAACAGTAATAAAATTGGCTTTCTCTCCAGTCAGCTAAATTAATTAGGATTTTACTTTATTCTTCCAGTTTTATAGGAACAATACCAAACCTACCTGAGTTTTTGCGAATAACTTAGTGACAGCAATAATCAAAATAACCAGTAAAATCTAACAGCAATAGCAGAACCTACAAGAAATTATTTTCTTCTTGGGGCTGTTGACCAGTGTCATAAAGACTGTTGACCAGTCTTTATGAAGTCACATTGGATTTATCTTGTGGGTAATTTTTTCATTTGGGAACTTAATTTTGATTAACTGAAAACATTATTATTAAATATCTTTTTTATAATTGTATGCAGCATAAAAAGCACAAGTCCCTTTTCCGTGCCAAATTTTTATTTCAGCCTGATGATGATAGAGATTAAACCCTGTCAAATCCTTTTGATATCTTAGGTTTTGCTGATAATTGATATTCTACAAATGAGTGGGTAAATGACAGATTGTATTTGAAGCATATCAGACAAAAAGTAGTTATTGAATCTCTACTTGATACCCAGCATTGTACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTAAGGCCAGGCATGGTGGCTTACACCTGTAATCCCAACACTTTGGGAGGCAGAGGTGGATGGATCATGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGCGAAACCCTGTCTCTACTAAAATTATAAAAATTAGCTGAGCATGGTGGCGCATGCCTGTAATCCCAGCTGCTTGGGAGGGTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGCG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Seq C2 exon
GGTGACCCTGGACTGCCTGGGAACCCTGGCTACCCTGGACAACCTGGTCAAGATGGTAAGCCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000124749:ENST00000244728:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.816 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=PU(19.6=39.3)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=FE(35.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development