BtaINT0006670 @ bosTau6
Intron Retention
Description
uncharacterized protein LOC777692 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001071620]
Coordinates
chr25:1838866-1854539:+
Coord C1 exon
chr25:1838866-1839113
Coord A exon
chr25:1839114-1854453
Coord C2 exon
chr25:1854454-1854539
Length
15340 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAATG
5' ss Score
1.16
3' ss Seq
TCTCCCCATTTGTCTCCCAGCTA
3' ss Score
8.45
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTCGCTGAGGGCTGGCCACTCGGCTCCTGACTGCCCGGGTCGTGAGCGCGGCCAGCGGCGCGTCGATTCCGAGGATCCTCCCGCGGCCCGACGTCCGCCTGCCGCCGGCTGCCTGGCTGCCCTTGGCCGGGCCTCGGGCGGCTCCTGGCAGAGGGCGCTGGGCCGGGACGCCGCTTGCTGACCAGCCGGGCTCCTGCCTACTCGGAGTGCTCCCCTGGGATGAGGACACGACCCTCTGAACCGTAAA
Seq A exon
GTAATGACCCGTGGCGGGAGCTTACTTCTGCCCCCAGACTCCTAATGGATTAGCGATGGAGCATCACAGAGCCCTGAGTCTTTACTTTGGAACTTATTTCACTCTCTGAAGTGGTGTTATTTACTTGTTTGCTGTTCTTCTGTCTCTCTCACCAGAAGATGGGCTCCAAGAGGGACGTTGTTTAGTTCACAGCGACATCCTAGGGTTCGGGCACAGAGGAGGCATTTGATAAATATTGAATGAAAAAGCCACAAAGACCTGGCTTCAGATCTTGCCCGGATTCCCTAACTAGTGCAGGCCTGGCACTTAAAGTTCGTGAACCTTAATTTCCTATTCCTGCAATTAAAATGATAATACCAACTCAAAGGTATTTAGTATTTCAAAATGAAATGGGAAAAACCATAAGCGCTGATTGCAATGCCCTGGCACCTACAAGCAGAATATAACTAGGGATTTAATCTAGACTGGTTTGTGTAATGAGTATTCCAAAAAAAAAGTTGAAGGCAATTACTGAATAAGTGGATTATTAATAACACAAACATCTTAAAAATTGTCTCTCCCATCTTGTATACTAGGCCCCTTCCCTCACAATGAAAGTATTGGAAAAACTCTGTGAACCTGGATGACTGGTCCTTCTCTTCACCCTGCTTCTCTTCATTAATCTTTTTTTATTTCAAGAACCAATCCTTCCCATTTCTAACTTAAGTTGGTTACACCATGAGTTTTTTCAAACCCTTTCTAAACCTGATCACAGTTTTGCCTAACCAAGTCCAGAAACAGAACTGGCTGACTCAGAATTTCCCTTTTATGCTTGGGGCTACAAGAAGAAGAATGATCTTGCGGATCAAGGCAGACAACTGCAGAGTTCTATATCTTTGTTCTTAATCATGTTAGGGTGCCTGCTATTGTAATTATTATCAATTTTCATAGTCATGAACTGGGACGGTGTGAAGGTCACTGGCAAAGGCATATTGTCACATGTAAAGGTTCCAGGCTCTGGACTCCCAGTTTGCAAGCAGCTGCCAACAGTGAACTGGACTCTTTTGACTCACTTCAACTATCACTGAGGGCTTCCCAGGTGGCGCTAGAGGTAAAGAATCCATTTGCTAATGCGGGAGACGCAGACCAGGACTCAATTCCTGGGCTGGGAAGATCCCCCAGAGGAGGAAATATTGGCAACCACTCCGGTATTCTTGCCTGGAAAATTCCAGGTACAGTGGAGCCTGGAGGGCTACAGTCCATGGGGTCACAGAGTTGGACACAGCTGAGCCTGCATGTGCATGTGCACATACACACACATCCCCCAGTCACTGAAAAATCCACCAACCTTCTGCAGAAGGTCCACTACTTAAAAGCAAGGCAAACCTAAATGCGCCATCTAGTCTTCGTCCGTTGGGAGATCCATATAATGGTCATCAAAGTACACAATAGAGCTGAGACCAGAACCCAGGTGTTCAGATTCTTGAGCTCTTTAATACACTCTGGTATGTGAATTAGTCTCATTCATATACCATGGATATATGCCTAAAAGTTATATGATAAACTTCTTTGGGTTTGCATGGCTCAGACATTTATCAAGATTGATGGAAAATCCTAAAGTGGATAGTGACACTCATAATCAAATCTTGTGGCTTTACAAGCATCAGTAAGCCTAGTCATCATAATAGTTGGCTGACAAATGGTGGGGCTTCCCAGGTGGCTCAGTGGAAAATAATTTGCCTGCCAGTGTAGGAGACAGAGATGCAAATTTGATCCCTGAGTCGGGAAGATCCCTGGAGGAAGAAATGGCAACCCACTCCAGTATTCTTGCCTGGAAAATCCTGTGGACAGAGGAGCCTGGCAGGCTATAGTTCATAGAGTTGCAAAGAGTTGGACAGGACTGAGTGAGCATGCACGCAGGACATATATAGTAACGTGTATATATACTGTATACATTTTTAAAATGAAAGCAGTATTGTAGCTCTATTTCTTTTGAGGGGCACAAATAGTATCTATATATCTGCATATGCTTACATATATGTCTTTTTATACAGTAGTTCAGTTCAATTTAGTTCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACTCCCCAAATCCACCCAAACCAATGTCCGTTGAGTTGGTGATGCCATCCAACCATCTCATCCTCTGTTGTCCCCTTCTCCTCCTGCCCTCAATCTTTCCCAGCATCAGGGTCTTCAAATGAGTCAGCTCTTTGCATCAGGTGGCCAAAGTATTGGAGTTTCACCTTCAACATCAGTCCTTCCAATGAACATCCAGGACCGATCTCCTTTAGGATGGACTGGTTGGATCTCCTTGCAGACCAAGGGACTCTCAAGAGTCTTCTCCAACACCACAGTTCAAAAGCATCAATTCTTCAGCCCTCAGCTTGCTTTATAGTCCAACTCTCACATCCATACATGACCACTGGAAAAACCATAGTCTTGACTAGATGGACCTTTGTTGACAAAGTAATGTCCTTGTTTTTTAATATGCTGTCTAGGTTGGTCATAACTTTCCTTCCAAGGAGTAAGCGTCTTTTAATTTCATGGCTGCAATCACCATCTGCAATGATCTTGGAGCCCAGAAATATAAAGTCTGACACTGTTTCCACTGATTCCCTATCTATTTGCCATGAAGTGATGGAACCAGATGCCATGATCTTAGTTTTCTGAATGTTGAGCTTTAAGCCAACTTTTTCACTTTCCTCTTTCACTTTCATCAAGAGGCTTTTTAGTTCTTCTTCACTTTTTACCATAAGGGTGGTGTCATCTGCATATCTGAGGTTATTGATGTTTCTCCCAGCAATCTTGATTCCAGCTTGTGCTTCCTCCAGCCCAGCGTTTCTCCATAGAAGTTAAATAAGCAGGGTGACAATATACAGCCTTGACGTACTTCTTTTCCTATTTGGAACCAGTCTGTTGTTCCATGTCCAGTTCTAACTGTTACTTCCTGACCTGCATACAGGTTTCTCAAGAGGCAGGTCAGGTGGTCTGGTATTCCCGTCTCTTTCAGAATTTTCCAGTTTATTGTGATGCACACAGAGGCTTTGGCATAGTCAATAAAGCAGAAATAGATGTTTTTCTGGAACTCGCTTGCTTTTTCGATGATCCAGTGGATGTTGGCAATTTGATCTCTAGTTCCTCTGCGTTTTCTAAAACCAGCTTGAACATCTGGAAGTTCAAGGTTCACGTATTGCTGAAGCCTGGCTTGGAGAATTTTGAACGTTACTTTACTAGCATATACAGTAGTTACTGATATTCAATGCGGAATTTTAGAATAGGGCTTCTCCAGTTGTTTCCAGAGGACTATGTTATAATTGGGGGATGCCTTCTAGACCAAGGGCTGTACACATAGTCCTTCATTCAGTGATTGAGAGGCATTCATTTGTAGTGGTTAAAACCGGTTATGGGCTCTGGCCACACAGTGTTGAACTGAAGCCCAGATCTTAATGTCTTAACTCTTCTCTGCCTTGATTTCCATGTATAAAATGAGGATGATATAGTACCCACTTCAAAGGATCGTTATGAGTATTCAATGTATCAAAACATATAAAATACTTTAAAAAGTGCTTTATAGCTCAGTTTCCAATTTTGGGGAGATTATGAGTAAAGCCTTTTATAATCATTTGTGACAGGTTCTTGTGTCAAAAGAAAATTTTTACATTTGAAAATAAATATTTTCATTTTGGGGGGTAAAAACTTAAGAATGGGATTATTGGATTGCATGGAAGTGTGTGTTTAGCTTTATAAAAAAAACCACCAAAGTATTTTCCCAAGTGGCTCTACCAATTTGCATTGACACTGGCTCTGTGTAAGAGTTCAGTTGTTCTGTGACTTTGCCAGCTCTTAAAATTTTTTAGCCATTTTAGTAGCTGTGTAGTAGTATTTTATTATGGTTTAAATTTGCATTTCCCTCATGACTGATGATGTTGGCGTCTTTTCATGGGCTTGTTTGCCATGCATGCATGCATGCTAAGTTGCTTCAGTCGTGTCCGACTCTGTGCGACCCTATGGACAGCAGCCCACCAGGTTCCTCTGACCATGGGATTCTCTAGGCAAGAATACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCATTGTTTGCCATACATGTATCTTTTCTGGGGTGAAGCATCTTCAGTGTTTTTGCTCATTTTAAAAAATTGGGTTGTTTGTTTTCTTATTATTGAGTTTTGAGAGTTTTATGTATTCTGGATACAGCTCCTTTGTCAGTAAGCAATTTACACACATTCTCTCCCCAGTCTGTGATTTGTCTTTTTATTCTGTTTACAGTCTTTTGCAGAGAAAAAGTTTTTAATTTTGGTGAAGTCCAGTTTATTAGTTTTTCTTTTATGACTTTGGTGTCATAGCTAAGACTGTTTTCCTTAATCCAAGGTCACAAAGATGTTCTGTTTTTTTCTATTAGGTTTTTTTTTTTTTACAAAAATATTTTCCTTTAATAAAGATTTTCTCATCATGTTTAATGGGAAACAACGAAATATCATGGAAACGGTCCAGTAGAGAAACTTTTCCTATTAGGTTTTGAGTTTAGGTTTGTGTTCTATTTGAAATTAATTTCATTTAATGGATTGAAGTATAGATCAAAGTGGGTTTATTTTTTCCTGTATGGATTCCACTTGCTCCACCACTTGTTAAAAAGATTACTCTTTTTTCATTGAATTGGTCCGTTGTAAAAAAAAATTGACCTTATTTGTGTAGGTCTATTTCTGGACTCTTCTGTTCTGTTGATCTGTGTGTATATGATATTTTAGCCCAGAATTTGGAAAATTTTCTGTGAAGGGTGAGATAGCAAATTTTTTTGACTTTCCATGCCAAGAGGCAGAGTTGAAAATATCATATGGCTACTTGTTACATGAGACAAAGCAAATTTCCATAAAGTTTTTATTAGTGGGATTCAGTATAATAATTGAATGTGGTTTTTTTCAAAACATATATCTACTAGTGAGAAGAATGGAATTCTTTTTTATGGGATAGCATACTGTGTAGCTGTG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Seq C2 exon
CTAGCGGCGATCACTCCTCTTCAGCTAGAAAAATGGCGATGTTCAGGAACTTAAAACTTCTTCTCTGGAAGAATTTCATTTTAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000034643:ENSBTAT00000037495:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]