HsaINT0000563 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000238098 | ABCA17P
Description
ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 17, pseudogene [Source:HGNC Symbol;Acc:32972]
Coordinates
chr16:2390923-2411201:+
Coord C1 exon
chr16:2390923-2391374
Coord A exon
chr16:2391375-2411116
Coord C2 exon
chr16:2411117-2411201
Length
19742 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAGGA
5' ss Score
7.22
3' ss Seq
CTCATTTGTTTCCTGACTAGTGA
3' ss Score
6.08
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TGATGAGCCCTCCTCTTCAGCTAGGAAAATGACGGTGTTCAGAAAGTTAAAACTTCTTCGCTGGAAGGATTTCATCTTAAAGTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000238098-ABCA17P:NR_003574:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)