BtaINT0007900 @ bosTau6
Intron Retention
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:E1BHD5]
Coordinates
chr7:8516590-8528460:+
Coord C1 exon
chr7:8516590-8516860
Coord A exon
chr7:8516861-8528393
Coord C2 exon
chr7:8528394-8528460
Length
11533 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGGGC
5' ss Score
7.93
3' ss Seq
GAATCTTGCTTTCTCTCCAGGAT
3' ss Score
9.48
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGCCCAGTGACTATATCGCTGCCATCTTGGAGCTCAGTGCCCTTGTGGCAAAACGATATCAACAGATCTTCCTGCACATGGACTTCCTGTACTACCTCACCCCTGATGGGTGGCGCTTCCGCAGGGCCTGCCGCCTAGTGCACGACTTCACAGGTGCTGTCATCCAGGAGCGGCGCCGCACCCTCCCCAAGGAAGATATTGATGACTTCCTCAAGGCCAAGGAGAAGACCAAGACTTTGGACTTTATTGATGTACTCCTGCTGACCAAG
Seq A exon
GTGGGCTCCTCTGGGATCTGAATTCAAGAAGCAGTATAGGCCTTGGGAACTTGATTTAATCAAACTTAAACTGGATTGAACTGGATGCAGAGGGTGCTGGGGAGCCATGTGAGATTCTTGTTGAAGGAAGGGCTGGGTTAGGGGTAAGTTTTAAAGATGACCATGTGGAATGCACAGGGCTTCCCTGGTGGCTCACACAGTCAAGAATCCACCTCCAGTGCAGGAAGCCCAAGTTCGATCCCTAGGTCAGGAAGATCCCCTGAAGTAGGAAATGGCTCCTACTCCAGTATTCTTGCCTAGAGAATTCCATGGACAGAAGAGCCTGGTGGGTTTCAGTCCATGGGGCTGCAAAGAGTCAGACAGAACTGAGTGACTAACACACACACACGTGGGGTGCAGCCTGCAGGGGACTACTAAGTCTGAAATTGTGAAGGCCTGAGATTTTACTCTCCTTCCCAATTAGTAAGTTAGTCTACTGCAGAAATAGACTGTATATATCCATGTATACATACAGAATACTGGATCTTAAGAATCCATTTATTACTTATAGCAGTAACAGTAACCAGAGTAGAATGGTATCTCTGCTCCCCCATTCCCAAATTCCTCTGAGATCTCCATGATTTCTTTATCTTCCCATGTAGCCATACTTGACATTACAGAAAAAAATACCTTCAGTTTTCTTTTATTTTTTTTATTTTTAATTAATTAATTTATTTTAATTGGAGGCTAATTACTTTACAATATTGTACTGGTTTTTGCCATACATTCACATGAATCAGCCATGGGTGTACAGGTGTTCCCCATCCTGAACCCCCCTCCCACCTCCCACCCATCCCATCCCTCTGGGTCATCCCAGTGCATCAGCCCTGAGCACCCTGTCTCATGCATCAAACCTGGACTGGCAATCTATTTCACATATGGTGATATACATGTTTCAGTGCTATTTTCTAAAATCATCCCACCCTCACCTTCTCCCACAGAGTCCAAAAAGTCTGTTCTTCACATCTGTGTCTCTTTTGCTGTCTTGTATATAGGGTCACCGTTACCATCTTTCTAAATTCCATAAATATGCATTAATATACTGTATTGGTGTTTTTCATTCTGACTTACTTCACTCTGTATAAAAGGCTCCAGTTTCATCCACCTCATTAAAACTGATTCAAATGCATTCTTTTTAATAGCTAAGTAATATTCCATTGTGTATATGTACCACAGCTTTCTTATCCATTCATCTGCTGATGGACATCTAGGTTGATTCCATGTCCTAGCTACTGTAAACAGTGCTGCGATGAACATTGGGGTACACGTGTTTCTTTCACTTCTGGATTCCTCAGTGTGTATGCCCAGCAGTGGGATTGCTGGGTCATATGGCAATTAAAAGACCCTTACTCCTTGGAAGAAAAGTTATGACCAACCTAGATAGCATATTAAAAAGCAGAGATATTACTTTGCCAACAAAGGTCCGTCTAGTCAAGGCTATGGTATTTCCAGGGGGCATGTATGGATATGAGAGTTGGACTGTGAAGAAAGCTGAGCACCGAAGAATTGATGATTTTGAACTGTGGTGTTGGAGAAGACTCTTGAGAGTCCCTTGGTCTACAGGAGATCCAACCAGTCCATTATAAAGGAGAACAGTCCTGGGTGTTCATTAGAAGGACTGATGCTAAAGCTGAAACTCCAATACTTTGGCCACCTCATGCGAAGAGTTGACTCATTGGAAAAGACCCTGATGCTGGGAGAGATTGGGGGCAGAAGAAAAAGGGGACGACAGAGGATGAGATGGCTGGATGGCATCACTGACTTGATGGACATGAGTTTGAGTAAACTCCAGGAGTTGGTGATGGTGTGCTGTGATTTATGGGGTTGCAGAGTCAGACACGACTGAGTGACTAAACTGAACTGAACTAAATGGCAGTTCTGTTTCCAGGTTTTTAAGGAACCGCCTCACTGTTCTCTATAGAGGTTGTACTAGTTTGCATTCCCACCAACAGAGTAGCAGGGTCCCCTTTTCTCCGCACCCTCTCCAGGATCTATTGTTTGTAGACTTTTGGATAGCAGGCATTCTGACCGGCGTGAAATAGTACCACATTGTGGTTTTGATTTGCGTTTCTCTGATAATGAGTGATGTTGAGCGTCTTTTCATGTGTTTGTTAGCCATCTGTATGTCTCCTTTGGAGAAATGTCTGTTTAGATCTTTGGCCCATTTCTGATTGGGTCGTTTATTTGCCTCGAATTGAGCTGCAGAAGTTGCTTGTATATTTTTGAGATTAATTCTTTGTCAGCTGTTTCATCTGCTATTATTTTCTCCCATTCTGAAGGCTTTTCACCTTGCTTATAGTTTCCTTCGTTGTGCAGAAGCTTTTAATTTTAATTAGGTCCCATTTGTTTATTTTTGCTTTTATTTCCAATATTCTGGGAGGTGGGTCATAGAGGATCCCGCTGTGATTTATGTCGGAGAGTGTTTTGCTTATGTTTTCCTCTAGGAGTTTTATAGTTTCTGGTCTTACATTTAGATCTTTAATCCATTTTGAGTTTATTTTTGTGTATGGTATTAGAAAGTGTTCTAGTTTCATTCTTTTACAAGTGGTTGACCAGTTTTCCCAGCACCACTTGTTAAAGAGATTGTCTTTTCTCCATTATATATTCTTGCCTACTTTGTCAAAGATAAGGTGTCCATGGGTATGTAGATTTCTGTCTGGAGTTTCTATTTTGTTCCATTGATCTATATTTCTGTCTTTGTGCCAGTACCATACTGTCTTGATGACTGTGGCTTTGCAGTAGAGCCTGAAGTCAGGCAGGTTGATTCCTCCAGTTCCCTTCTTCTTTCTCAAAATTGCTTTGGCTATTCAAGGTTTTTTGTATTTCCATACAAATTGTGAAATTATTTGTTCTAGCTCTGTGAAAAATACCATTGGTAACTTCACAGGGATTGCATTGAATCTATAGATTGCTTTGGGCAGTATACCCACTATCACTATATTGATTCTTCCAACCCATGAACACATTATATTTCTCCATCTGTTAGTGCTCTCTTTGATTTCTTTCACCAGTGTTTTATAGTTTTCTATATATAGGTCTTTTGTTTCTTTAGGTAGATTTATTCCTAAGTATTTTATTCTTTTCGTTGCAATGGTGAATGAAATTGTTTCCTTAATTTCTCTTTCTGTTTTCTCATTGTTAGTGTATAGGAATGCAAGAGATTTCTCTGTGTTAATTTTATACCTGCAACTTTACTATATTCATTGATTAGCTCTAGTAATTTTCTGGTGGAGTCTTTAGGGTTTTCTATATAAAGGATCATGTCATCTGTGAACAGTGAGAGTCTTACTTCTTCTTTTCCAATCTGGATTCCTTTCATTTCTTTTTCTGCTCTGACTGCTGTGGCAAAAACTTCCAAAACTATGTTGAATAGTAGTGGTGAGAGTGGGCACCCTTGTCGTGGTCCTGACTTTAGGGGAAATTATTTCAGTTATTCACCATTGAGGATAATGTTTGCTGAGGGTTTGTCACATATAGCTTTTATTATGTTGAGGTATGTTCCTTCTATTCCTGCTTTCTGGAGGGTCTTTATCATACATGGATATTGAATTTTGTCAAAGGCTTTCTCTGCATCTATTGAAATAATCATATGGCTTTTATTTTTTCAATTTGTTAATGTGGTGTATTACATTGATTGATTTGTGAATATTGAAGAATTCTTGCATCCCTGGGATAAAGCCCACTTGGTCATGATGTATGATCTTTTTAATATGTTGTTGGATTCTGTTTCCTAGAATTTGGTTAAGGATTTTTGCATCTATGTTCATCAGTGATACTGGCCTGTAGTTTTTTTGGGTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTTGGTGGCATCTTTGTCAGGTTTTGGTATTAGGGTGATGGTGGCCTCATAGAATGAGTTTGGAAGTTTACCTTCCTCTGCAATATTCTGGAAGAGTTTGAGTAGGATAGGTGTTAGCTCTTCTCTAAATTTTTGGTAGAATTCAACTGTGAAGCCGTCTGGTCCTGGGCTTTTGTTTGCTGGAAGATTTCTGATTAGTTTCAATTTCCATGCTTGTGATGGGTCTGTTAAGATTTTCTATTTCTTCCTGGTTCAGTTTTGGAAACTTATGCTTTTTCTAAGAATTTGTCCACTTCTTCCAAGTTATCCATTTTATTGGCATATAGTTGCTGATAGTAGTCTCTTATGATCCTTTGTATTTCTGTGTTGTCTGTTGTGATCTCTCCATTTTCATTTCTAATTTATTGATTTGATTTTTCTCCCTTTGTGTTTTGATGAGTCTGGCTAATGGTTTGTCAATTTTATTTATCTTCTCAAAGAACCAGCTTTTGCTTTGTTGATTTTTGCTATGGTCTCTTTTGTTTCTTTTGCATTTATTTCTGCCCTAATTGTTAAGATTTCTTTCCTTCTACTAACCCTAGGGTTCTTCATTTCTTCCTTTTCTAGTTGCTTTAGGTATAGAGTTAGGCTTTTATTTGACTTTTTTATTGTTTCTTGAGGTATGCCTGTATTGCTATGAACCTTCCCCTTAGCACTGCTTTTACAGTGTCTCACAGGTTTTGCATTCTGGTGTTTTCATTTTCATTCATTTCTATGCATATTCTGATTTCTTTTTTGATTTGTTCTGTGATTTGTTGGTTATTCAGCAGCGTGTTGTTCAGCCTCCATATGTTGGAATTTTTAATAGTTTTTCTCCTGTAATTGACATCTACTATTACTGCATTGTGCTCAGAAAAGATGCTTGAAATGATTTCAATTTTTTTGAATTCACCAAGGCTAGATTTATGGCCCAGGATGTGATCTATCCTGGAGAAGGTTCTGTGTGCACTTGAGAAAAAGGTGAAATTCATTCTTTGGGGGTGAAATGTCTTATAGATATCAATTAGGTCTAACTGGTCTATTGTATCTTTTAAAGTTTGTGTTTCCTTGTTAATTTTCTGTTTAGTTGATCTATCCTTAGATGTGCATGGGGTATTAAAGTC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Seq C2 exon
GATGAAGATGGGAAGGGATTATCAGACGAAGACATCCGAGCTGAAGCTGACACCTTCATGTTTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000039319:ENSBTAT00000036382:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(19.4=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(4.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]