BtaINT0017827 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000014051 | ANGPT1
Description
angiopoietin-1 precursor [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001070265]
Coordinates
chr14:59320387-59338127:+
Coord C1 exon
chr14:59320387-59320542
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr14:59338006-59338127
Length
17463 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
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Exon sequences
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Seq C2 exon
GTACTAAATCAAACATCTCGACTTGAAATACAACTGCTGGAGAATTCATTATCAACCTACAAGCTAGAGAAACAACTTCTTCAACAGACAAATGAAATCTTAAAGATTCATGAGAAAAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000014051:ENSBTAT00000018675:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.250 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development