BtaINT0020562 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000004190 | ARHGAP29
Description
Bos taurus Rho GTPase activating protein 29 (ARHGAP29), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001102485]
Coordinates
chr3:49441996-49455734:+
Coord C1 exon
chr3:49441996-49442133
Coord A exon
chr3:49442134-49455576
Coord C2 exon
chr3:49455577-49455734
Length
13443 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCTGTAAGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
TGTTTTGTTTGTGACCATAGGTA
3' ss Score
7.84
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAGAAGAAGCAAATGAACTCTACAAAGTGTGTGTGACAAATGTTGAAGAAAGACGAAATGATCTAGAAAATACCAAAAGAGAAATTTTAACACAACTCCGTAAACTTGTTTTCCAGTGTGATCTTACCCTTAAAGCT
Seq A exon
GTAAGTAATTTCTTCAGTATTTTAAAGAGAAAAAGTCTGTACATCTGTAGATATACAGACTGTATAACCTCTAGAATGCTTGATGAGTTGCAATTCTTAAAGGATTTAATTTCTGAGATTATAGGAAAGTTTAGAGTTTGAAAATTGGAAAAGGAAATGGCAGCCCACTCCGGTATTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGATTGGGGAGCCTAGTGGGCTGCAGTCTGTGAGATTGCACAGAGTTGGACATGACTGAAGCGACTTAGCAGCAGCAGCAGAGTTTGAAAGTTGACTCTCAGTTTTTAATTCTAGTATGTGATTTGAGCTTTTTATCTATTCTCTTCTCCATGGATTGATGATTTGTTTGGTTAAAATTGAAGGGTGAGTGTTTGAAATTGCCTCTAAGCCACTCTTTCTTGGGTTGACTAACAAAATGGATTTAATCCCTGAAACTTCTATCAGTACGATGAGATCTGTTCTCCAGAATTTGAGAAAACTAAATATTGAAATTGAACCCAATGGTTTATTTGAAGACAAGGCATTCATGTATCTCTTTAAAATGGTTTTTATTAAAAATTTATGTGCAAAATACAGTGAACTTTCCATATTCACGGGTTCTACATTAGTGGATTCAACCAACTGTGGCTTGAGAGTATTCAGGGGAAAAAATATTTCCAGAAACTTCCAAAAAAGCAAAACTTGAATTTGTCTGCATTGGTAACTATTTACATAGCATTTAATTATATTTAATAGCTGTTTACATAGCTTTAGGTATTATAAATAATCGAGAGATGATTTAAAGTCTATAGAAGGTTATGCCTAATTTACATGCAAATACAGTGCCATTTTATATAAAGGACTTATGCATCCATGGGTTTTTGCTATCCATGAGTGGTCCTGGAAACAGTTCTCTTAGATACTGAGGGATGACTGCACTTGTTTTTGGCGTACGTTTCACAAATTTTAAAGCATATATAAATTTCTGTAATCACTACCATCACAGTTAGGACTCGAAATAATTGTATCACTCCAATAAAATTTCCTCATGGTACCCATTTATAGTCACACTCTCCACCTATCCCTTATCCCTGGCAAGTATTGATCTGTACTCCATCTCTGTAGTTTGATCTTTTCCACAGTGTCACATAAATTGAATTATAATATGTATGTTTTGAAGACTGGCTTCTTTTACTCAGCATAATGCTTTTGCGATTCATCAATGTTATGCATGTATCAATAATTCATTTCTTTGTATTGCTGATTAGTATTCCACTGTGTGAATATACCACAGTGTTTATCCATTCACCACTTGGACAATTGCAGTTTGGGGTAATAAAGAATAGAGTTACTATGAATATTCATTTACAGTTTTTGTGTGAATATAAGTTTTACATTTCTGGGGTAAACGCCTAGGAGTGAGATTACTGGGTGGTATGGTAGATGTTTAATTTTGTAAGAAATTGCCAAACAGTTTTTTAGAGTTTTTTCATTGTTATTAGCAATGTGTGAGAGTTCCAGTTGTTCTGCATCCTTCACAACACTTGTCAGTTGTTGGTTTTTATATTTTAGCTGTTCTTAGGTATGTAGTGGTAGTGATTTTGTTTTGAGAATGACTTATGATATAGAGCATCTTTTAAAGGGTAAGTTTGCAATCTCCGTTTTGCCTGTTCTTTTGGATTGAGATATTTTCTTATTGTTGAGCTTGCATATATTGTTTACCAGTTTGAAGCTTCTCTTTATTCTTTTAGCAGAGTCAGGGAACAAAAGTTTTAATTTTGATGGAATCTTACTTAACAATTTCTGCTTTATGAGTCATGCTCTTGGATGATACCTAAGAGTGCTTCATCTAACCCAAGATCTCAAAGACTTCTTTGGTTTTCTATAAAAAATTTATAGTTTGATATTGAGAAATGATCGATTTTGAGTTAATTTTTTATAAAGTGAAGTATAACTTGAAGTTCATTTTTTGCATATGGATGTTACGTGAAAATTATACTCATGGAACTTTATGTTATAGTGGTGACTGAATGTTGGCATGGAGAGGTCAGTGTCATTGAAAAATGAATTACCTAGATTTCCTGAGAGAAGGTACCAGGATTGGTGAAGCAGAAGCACGAGGGAGAGGAGAGGCAAATATGAAACCTTTATTGGGGTTTCTGAGGGAAAATCTAGGTAGGACAGGATAAGCAATATAGGATTGTCTAGTTTGGGCTTTGGGGAATAAGGATGGCCTGAAACAGGGAATAGGAATTGGTACCTGACCTGGGATGATTTTAGGGCAGGGGAAAATACTGGCTTGATGTGTGAGAGAGATGGTTGGAGTTGCATGTAAAAGACATGTGTGTCCCCCAGCTAAGAATTGGCTAGCATTCAGAGGAATAGAAGTCCCCAGTCAGCAAGTTTTTAAAGATATTAAATCATCATAAAATACAGAAAATAAAAAAGGGTGATTAATACTTGTTTGCTTGTTCTGATACCATTTGTTGAAGACATTGTAGCATCACCATTGAATCATCACCATTGAATTGCTTTTGCATCTTTGTCAAAACTCAATTGACCATATTTTTATAGTTCTATTTCTAGATTTTTTATTTTGTTCTGTGGATATATAATACATATGTATCTATCCTTTTGTCAGAACACTACTATATTGATTACTGGTATTGTCTAGCAAAGTCTTAAAATCAGGTACTATAAGTCTTCCAATTTTATTCTTTTCAGAATTGTTTTGAGTATTTAAGATCCTTTAACATTTATAAAAATGTTAGAATCAGTGTGTCTGTGTCTACAAAAAAAAAAAAATCTTGCTAACATTTGAATTGGAATTACATTAAATTCAGCTTAGGGAGAATTGACTATGTAGGTATCATCCTAACTATAAATAGAGTTCTCCAATCCATGAACACAGTATGTGTCTTCATTTATTTAGGGCTATGTTACTTTTAATCAGCACTTTGTAGTTTTTAACATTTCTTTCCCATGTTTTGTTAAATTTAAACCTCTGTATGTATGTATGTATTTATTTGGGGGGTTCATTGTGTCTGATATAAATAAATACATACACGATATTTGTGTACATGTGTATATGTATCTATGCATACACACATGCTTATTTAATTTCAAATTAAGTTGTTCATTGTTAATGTTGAAAAATACGAGTTATTTTCATATCTTGATCTTGTATTTTGCAACCATGCTAAACTCACTTATTACTTTTAGGAGCTTTTTTTTTAGCAGAATCATAGGGTTTTCTTACATAAAAAATCACATTTTCTGCAAATAGGGACAGTTTTCTTTCTTTCCAAACTCTGTTCCTTTTTTTTTTTTTTCTTATTACACTGGCTAGATATTAAAATTGATTGTTGAATAGAAGTGGTGAGATAAGACATCTTTGTCTTAATCTTAGGAAGAAAGCACTAAGTCTCTCACCATTAAACATGATAGCTGTAGGGTTTTTAAAAATATTTGTTTTTAATTAATTTATTTGGCTGCGCAGGGTCCTAGTTGCAGCATGAGGGATCCTCAGTCTTTGTTGTGGTGTGGTGGTGTTCAGTTGCTAAGTCATGTCTGACTGTGACCCCATGGACTGCAGCACGCCAGGCTTCCCTGTCTTTCACTGTCTCCCACAGTTTGTTCAAATTCATGTCCATTAAGTCAGTGAGGCTGTCTAACCATCTCATCTTCTGCCGCCCTCTTCTCCTTATGCCTTCAGTCATGAGGTATCTTTAGCTGTGGCGTGTGAACTCTTAGTTGCGGCAGGTGGGAAATGGTTCCCCGACCAGGGAGCAGACCCAGGCCCCCTGCATTGGCAATGCAGAGTCTTAGCCACTGGGCCACCAGAGAAGTCCCTGTAAGGTTTGTTATTTTTTGAAGATACATTTTATCATGTTAAAGAATTTCTAGTTTTTTCTAATTGTTGAGAATTTTGTCATAAAAATATTGGGTTTTTGTCATATGATTTTTGTTTTTTTGCATCACTAGATGTGATAATAGAGTTTTTCTTCTTCAGTCTGTTAATATGATGAGTTGCTTCATAATACTAACATTGATATTTAAGTGTTGATCCACCCTTGCATTCTTGGGATAAACCACTCTTGTTTGTGACACATTGTTCCTTTTATGAATTGCTGGATTCAATTTGCTGATATTTTGTTGAATATTTTTTTCTTCTCTGTTTATGAAAGATATTGGTATTATGTTTTTGTTTACTTTTCATGTTCTTATACTGCCTTTATCTGATTTTGGAATCAGGGTAATTCTGACCTCGTAAAATAAGTTGGGAAGTGTTGCTTCCTATTTTATTTTCTGGAAGAGATTGTATAGAATTGGTATTGTTTCTTTAAATGTTTTGTGGCATTTCCTGGTGAAAGCAGTTGGCTTGGAGTTTTCATTTTTTTGGAAAATCTTTCCCTGTGTATTCAGTTTCTTTTGATATAGGCCTGTTTGAATTAGTTCTTTTTATGTGAACTTTGGTAGTTTGCAGAATTAGTTCCACCCTTTCATCTAAGTTATTGTGTTTATGTGCATAGTGTTGTTTATAACTCTTAACCTCTCAGTGTCTCATTGAGCTGTAGTGATATCCTCTCTTTCCTCCCTGATGTTGGTAATTTGTGCCTTCTCTTTCACTTCCTTTCTCTTTGGTTAGTCTGGCTAGAGGTTTATAAATTTTGTTGATCTTTTCTGAGAGACAGCTTTTGATTTCATTGGTTTTTCTCTACTTTTCTTTTTAAATTTTTTTTCTGCTTTTTATTGTTCCTTTCTGCTTACTTTAGGTTTATTTTGCTTTTCCTTTTAGTTTCTTAAAGGTAGAAACTTAGATTGTTCATCAAGACCTCTCTACTTTTTTAATATGAATAGTTGATGATTTTAATTTCTCTCTAAGCACTGCTTATCTACATCCCACAAATTTTGAATTTGGATTTTCATTTTTATACAATTCAAAATATTTTCTAATTTTCCTCAACACTTTGATTTTACCTGTGGATATTGTAGAAGCTTGTT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Seq C2 exon
GTAACAGTTAACCTCTTCCAGATGCAGCAGCTGCAGGCTGCCTCCCTCTCAAGCAACTTACAATCTCTCTGTGATAGTGCCAAACTCTATGACCCAGGCCAAGAGTACAGTGAGTTTGTCAGGGCCACAAATTCAGCTGAAGAGGAGAAAGTTGATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000004190:ENSBTAT00000005488:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.109 A=NA C2=0.302
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]