DreINT0032307 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000026329 | arhgap29a
Description
Rho GTPase activating protein 29a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-9510]
Coordinates
chr24:28453085-28457971:+
Coord C1 exon
chr24:28453085-28453255
Coord A exon
chr24:28453256-28457780
Coord C2 exon
chr24:28457781-28457971
Length
4525 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCAGA
5' ss Score
6.8
3' ss Seq
GTTGATTGTGTTGTTTTCAGGTA
3' ss Score
9.29
Exon sequences
Seq C1 exon
CATGAAGCCGACTCTGCACTGAGGAAAGCTCGTCTCCTTCAGGCTCAGCGGCAGGAGGAGTATGAAAAGGCTCGCAGCTCCACCAGCCGAGTAGAAGAGGAGCAGATCAGCGGTGCTGGGGGAAAACAGCTGGAGAAGAGACGCAAGCTGGAGGAGGAGGCTCTGCTGAAG
Seq A exon
GTCAGACACGCACAAAACATTACTTTTATCAGGCTTTTTCTCAAACATGCTGCCCTGCCCTGCCCTGCCCTGCCCTGCACTGCCATGCATCTTGTAGTCTGTGCCGGAGAGTGAATAGGTAACAGAACAGCTGATAGAACACACACACAAAAAGAAAATTCATCCACCAATTTGTTTTTATATATCATCTTTATATATTTGTATATATTGTCTTTATATATTAGTTTATGTATACTATTTGCTGTCTATACAAGATCATATTTTAGTTTTTATTGTTTTTAATTCATTTTTAGTATATATTTTTTTGTTTTTATAAGGATTATCGAGATACTATTTTAGTTTTTAGCATTTCAATTAGTTTATAGTAGATTTGAATTGGTTTTAAGAAGTATTATTGAGACACTATTTTAGTTTTTATCAGTTTTAATTTGTTTTTAATATATTTTAATTAGTTTTTTTGTATTATTGAGATACTATTTTGGTTTTTAACATAATTTAGTTTTTATCAGTTTTAATATATTTTAATTTGTGTTTATAAGTATTATTAAGATACTATTTTGGTTTTTAACATTGTTAAATCATTTGTAGTATATTTTCATTTGTTTTTTTTAAAAAAGAATTATCGAGATACTATTTTAGTTTTTAGCATTTCAATTAGTTTATAGTAGATTTGAATTGGTTTTAAGAAGTATTATTGAGACACTATTTTAGTTTTTATCAGTTTTAATTTGTTTTTAATATATTTTAATTAGTTTTTTTGTATTATTGAGATACTATTTTGGTTTTTAACATAATTTAGTTTTTATCAGTTTTAATATATTTTAATTTGTGTTTATAAGTATTATTAAGATACTATTTTGGTTTTTAACATTGTTAAATCATTTGTAGTATATTTTTATTTGTTTTTTAAAAGAATTATCGGGATACTGTTTTAGTTTTTAGCCTTTTTAAATCCTTTTTAGTAAATTTTTATTTGTTTTTATAAATAACATCAAAATGCTATTTTAGTTTTTAGCATTTTGAATTAGTTTTTAGTATATTATAATTCGTTTTTAGATGTATTATAAAGATAATATTTGAGTTTTTTTTCATTTTTAATTAGCTTTTAGCATATTTTAATTTGTATTTAGAAGTATTTTTGAAATACCATTAGTTTTTTATCATTTTAACTAGTTTTTTGTGTATTTTAATTAGCTTTTGTAAGTATTTTTGAGCTACTAATTAAGTTTTTTCATTTTAATATATTTTACTTAGTTTTTATTAATATTATTGAGATAAAATTTTTGTTTTTATATATTTATATATTTTTAAATATAAAATTTTTAGTTTTAGTATAATTTAATTAGTTTTTAGTTTTATCAAGATACTATTCTAGTTTGTTTCATCTTTATTTATTTTTCATTTGTTTTTATCATATTTTAAATAGTTTTTTATAATATTGTGGAGATGCTATTTTAGTTTTTATAATTATAATTCGTTTTTAATATATTTTCGTTCATTTTTATACATTTTTTCTTTTAAAACTTTTTTTGACATTGATAATTCATAATTATATTGATATTTTCCAATGCACAGTGTTCATAAATCACTTTGTTGATGTTGTTCATAAGTCACTTTGTTTAATTAAATTACATTTTTGCATCCTTTACCTTTATTGTGTTCAGTTGTTTTAATCACTTTAAAAATATTCCCTGGATAATTTAAATCAGCGGTCTTTAATAAAATAGTATTCAATAAAGAGCATTCAATCAAGAAAAAGAATTAAAAAAACAACTTTTATCTGCCAACGCTAAAAAAATCAACTCTGTCAATCTGTCATAATATATTTTTGATATACTTATTAAGATATTTTAAAATATCATAAATAGTTTGTATGATATAATGCAATAAAATTCACTTTTAAGTCGCTTCATTGTTGTTTTATTTGTAACTAGCATAGCTAACTTCCCCAGAAATGCATCAAAGTCACAACTCAATTCTCTTGTGGCTTTGCAAACTATTCTCAAATGTACTATCCCCAAATAATCTGCAGTTTTATGATTTGGTCCTGAAATGGGAGAAACAGGAAATGTGCCGCTCTAAATATACTGCTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTTGATAGGCAGAGGAAGCTCAAGATCATTATAAGCTCTGCGTCACAGACGTCGGGGTGAAGAGAGTCGATCTCGCAAAAACCAAGAGCGAGATCCTGACGCAGATACGAGAGCTTGTGTTTCAGTGCGATCTGACCCTCAAAGCAGTGAGTAAAACACTCTCAGTTAGATACAATCTGACGTATATCTGCTCATTCAGACAAAGTTGCACACCTGGCTGTGTGTCATTGTTTGACCTCACTTTAAAGAACAACCCTGAGGCTACAGATATTATTTTTCACCTTTTTTATTTTCATTTCACCTTTAATTGACAAAAAATGCGGGGTTTCACACGATTCATTCAGGTTGTTCCAACCCAAAGCGATTAAGTTAACTTAATAAATTTAAGTGGATTGAACACTTAAGTTGTCTGAAAAAATCTCAAAAATTGTGTTAAGCTTATTTGACATAGTTTGAACAAGCAGCAAAATCATTTTTGAGTGTTTTCTTTTATTTATTTTGGTATTATATTGCCACTAATATTTATATTGTCACTAATATTACATTAATAATGTGTGTCAATGGTTTGAATATTTATTTTTCTATAATTTTATATTTTAAATCAACATCATGTGCTTTTGAGATTTCTTTATTATAATAAGTTTTACATAATAATTATATGATTACATTACATTATATTGTCTTTTTTAAGTATAGTTTTTAAGTAATAGTTTAGTTTCAGCCAATGGTAACAAATCTGAATATCATTAGACCAAAATTTAGTTCCACTTAACGTTTTACAGTCAGGTCCATAAATATTGTGACATCAACAAAATTAAAACAAATTTGGCTCTATACACCAACACAATGGATTTGAAAGGAAATGAAGTGGAACGTTATGCAATGGCCAAGTCAATCACCTGATTTGAATCTGATTGAGCATGCGTTTCATGTGCTGAGGACAAAACTGCAGGGAAAATGCCCCAAGAACAATCAGGAACTGAAGACAGTTGCAGTAGAGGCCTTGCAGAGCATCACCAGGGATGAAACCTAGCATCTGGGGATGTCTATGCATTCCACACTTCAGGCTGTAATTGACTGCAAAGGATTTGCAACCAAATATTAAGTGAAGTTTATTCATAAACAAATTTCGAGAGGATCACGTGCTTATGATTGTTCGCACCTGTTCCAACTTTAGCTAATGACTGATTATCCTATCAGACGATTCTTAACTCACTATAAATAACCAGACTTTTCTCATCTCAATATCTTCGTCTCGAAGAAACCCCCCCCCCCCCCCCCCACCCAACCCTACGTTCCCTCCTTTCAAACGGGCGTCACGGTGGCCAGTGATTAGCGCTGTTGCCTCACAGCAAGAATGCCCCTGGTTTAATTCCTTTCCAAACCAGATGGCATTTCTGTGCGGAGTTTGCTTGTTCTCCCCGTGGTCGCGTGGGTTTTCCCCGGGTCCTCCGGTTTCCTCCCACAGTTCAAAAACAAGCACTCTAAATAATTAATCAAAATACATTAGCTAACCTCTGAGTACACCTTTCAGTATACATATCTGACACTTAGCTACAACAAGCAAGAAGGGGAGTCATCGAGATCTACCTGAGCTCAAACTCCCCTCTCGCCTTGCAACGGGAGGGAGCCCAGGGCTCGAGGATCTTATAAGCTCAGGGCTCTCTCCTGGGACAGCACGCCAAACTAGCTTTACTATCAATCATCAGCTAAGTGTGAACTCTTGAAATAGTGAAAGTTTGATTTATGATTATTATTCTGTCCCATTACTTTTGGTCCCTTAACAAGTGGAATATTTCAAGAAACATGGAGCGATAGAAGGTGTCTGGTGCATACAGACAGAAGAGAGTGTGCCCTACAGGTACAGGTGGTTTGTCAAGCCCATAAAATTGTGTGAAGCACACTTTGTATTGCACAGTATTTCAAGAAACATGGAGCGATGGAAGGTGTCTGGTGCATGCGGAGAGGAGAGCGGAGAGGAGAGAGTTACTTTTGGTCCCTTAACAAGTTGGAGGCACATATGCAAACTGTTGTAATTCCTACACCGTTTACCTGATGTGGATGTAAATACACTCAAATTAAAGCTGACAGTCTGTTGTTAAAGCGTATGTTGTTTGTTTCATTTTAAATCCCTTGTGTTGGTGATTAGAGCCAAATATGTTAGAATTGTGCCAATGTCCCAATATTTATGGAGCTGACTGTAAATTTTAAAAAGTACATATAGTTATCATCACCGGAATATCCTGATATCCTGAACATCTGACTAGTAACATTTTTACAACATATTGTAGTATTTGCTCCTGATCTTTTGAAATGATAAAACAAAAGAGAGTTTTGACCAGGGGTTTTGTCAATGGCCTCATTTGTAGTCATTTCATAATTAATAATAGTTGATTGTGTTGTTTTCAG
Seq C2 exon
GTAACGGTGAACTGGTTTCAGATGCAGCAAGCTCAGGTCGCGTCTCTGCCCATCAACTTCCAGTCACTATGTGAAAACTCCAAACTGTATGAACCGGGTCTGTGTTACACTGAATTTGTGAAGAGTCTGCCCTCTGACAGGTCCAGGGTCGAATCCTTCTCCTTCGACATCTCCAGCACACACAACACAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000026329:ENSDART00000154077:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.427 A=NA C2=0.016
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF052626=Borrelia_P83=PD(30.1=92.6)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]