BtaINT0025107 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000020654 | BAZ2B
Description
bromodomain adjacent to zinc finger domain, 2B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:963]
Coordinates
chr2:37133495-37136962:+
Coord C1 exon
chr2:37133495-37133630
Coord A exon
chr2:37133631-37136815
Coord C2 exon
chr2:37136816-37136962
Length
3185 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTTGTAAGT
5' ss Score
8.3
3' ss Seq
TGATTTTTCATGTATTATAGTAC
3' ss Score
6.31
Exon sequences
Seq C1 exon
AATTGAAGAGGATATTGCTCCAGGGCTCAGGGTATGGAGAAGGGCATTATCAGAAGCTCGCAGTGCTGCACAGGTAGCTCTGTGCATTCAGCAGTTACAGAAATCAATAGCATGGGAAAAATCAATTATGAAAGTT
Seq A exon
GTAAGTGTTTTTATTTAAGAAATACTATAACTAATTTACTTTGTCCTGTTTTTTTTCCAATCTTCAGATATTTCTTAGTTATACTTTATTGTCAAAATAATGTATGCTGTATTTGAGAATTTGCTTAATTTTTAAATACTGTATAATTTGATACTTTTCTCCTTATTTTGAGCTTTTTGAAGGAGTCTATCAAGTGTTATCTTTTGTTTTTAAGATCTTCTTTTTCTCTCCTTTAATACTGTTTGTAGCTCCAACTGAAGTTGTCTTCTGCATTTTGTCAACATAATAGTTGTTAAGTTAAATGTTTTGAAGGGTCTTTCAATCTTGTAAACATTCCAGTTGCTAACATTACCTGCTATATACATTCACTGCACTCCTGAAATGTCTTTACATTTGTATCAATTTTCTTTTTGTAATGCTAAAAATACTTGGATAAGTAAATGAAATAAACAGAGACCTCTTCCTTTATGCACTTTTGATAAAGTGTTCGATATTGCTGGCATTAAGGATAGATATTTTCATCTGTCCTCTGACAGTTAAAACTATTTCTTCACCTTCTTTGTTCAAGCCCGGTTAGTTATCACACAGTGGCCTCTACTTTGTTCTAGGCAACAAATGCTATACATTCAAATAAAAGCTGTATTTCTTACATTTCCCACAGATATATTTATTTTAAATCATATATGTGTTCCTTTTCCTTTTATTTATTATAGAAATATCTTTTATATGTTGACTTTTATGAATTATTTTAACAGTTGCTTTTGAATTGCTGATTAGCTTTAAAATTCAAACACTTGAGTTTTGTTTTCATGAATAAGGGTAAAATTCCTTTATTTAAATAGTTGTTCCCCAAATAAAAGAAGTGATCCTTAAATAATTAGCATTCTTTCCTTCCTTTTTACCTCTATGCCTAGACTACTCAAGACTTTACTCATTGTTTACAAATAAATTTGATTTCTTCTATGGTTTTTCACTTCTTTCTAAAATGTCCATAGAATAATGAATCTACAATTTATATATAACCTATACAAAGAAACCCAAGACTTGTACCAAAATCTGCCTTTATATTAGTATAATTACTTTCTGCCATCTTAAGTTTTATTTCAGATTTTTGCAAATTCCTTTTCCATTGTTATTAATAAATTAATGTGCATCCATCATTATTTAACTCCATCTCTCATAATTTTCATTTCTTTTTTAATGTTTAATAATGCTATTTTTGCTATAAAAAAACACTTCTTTATAAACAAGGCAGAGTTTTTTATTCAAAGATTAATAAGCTCTTTGTAACCTTTAATTAGAAATATAACAGGACCTATAAGAATCCTCATAATAAGCTGTATCAGAAAGTTAAAGTGCTCAATATCTTTAGAAATATCCTCTTTGCCAGAAACCAAGCTTACTAAGAAAGAAGGAGCTGCCATAATTTGCCCTTAGGTACTTCTCAGTCCCCTATCTACTTTCTGTTGTTATTAATGTTAAGTAGTCAGCAACATCCACTGTGGCATTCACTGTTTTGTTTTTATTGTGGTAGCAAAGTGGTTAAAACCAAAATGCTCTAACACATTGTGAGCTATTACTGTGATTTTCCAAAAATGCTGTAAGTTCAATATATGTTACCCTTTCTTAGAAAGTGTCAGAAAAGAATTTTAAAGTAAGAATTTTAAAGTCATAAATGTGAGATGTAAGATGGATTTTTTAGTATTTTTACCTATCTATTGTAGAAGATTGTGAGAATTTACTTAATGTTCATGAACCTGATTTTTAAATTTTGTCATTATAGGGAATTAAATATAGCCTTCAAAATGTTATTTCTCAATGAATATTCTTATAATAGAAGTTTTAAAGAAATAACTCAGATATGGAGAAATAGTACCATATTAAAGTATTTAGTGATGTGGTTATTAGGAAAGGTCATAAAATAAATACTTACTGTCAGAATATTAAACTCTACTGCTTTCTCTTCTAGTACGCATGCCAATTTTAGTATTATGTGTATATTACATATATTTGATAGCTATTTATTAAGGTGAATAGCATGTATCTGCTGTTTTGGTAAGATTCTTAAGCTATCATTGGTGTGCATGTTGAGTTATGAAAGACTATTTTGGACCTTCCCAGATTAAGATTTAATGTTTTCTTGAAATTAAACAAATTGAATTTGAACAATTAAGCTTTTTTGGTTTTAAGAGTATTTAAATACATAACTTAAAATGAGTATAAATGCTATAAAATTTAAATGTTTTAATTATTTTAAATTGAAAAATAGTAATGTTTTCAGATTTAGAATATTGATTACAGGACATTTTCTACTGCTACTGGAAATAAACATTAAATGTCAAAATATAATGTTAGTACTTACTGTTCTTTAAAGCCATCTTTGAAGTTTTTATTTGTCTAATCATCCTTCTTTCCTTTGTGAAACTTGTTATACAGAATATGTGTGCGTGAGAAAAAAATCTTCTCTCTATAGATTTAAAAATTCTTAATGGTATTAGAAGTTTTTCCACAGAGAAGAAATTATTTTTACTCCTAGAAAGTAAATAATGACCTCTAAATTCTTTAATTTATTTTAACAGTTTTTTTCCCTTAGAATTCATTTTGTAGGATCCATTTTCTACATTTGTGACACATGTTTGATTTGGGTTGATTTTTGAAGTTTCCTGGTTTAGACATAGTCAAAATATAGGAACATCTTATTATTATTATTTACTATTCTGAATCTACAAGTTTCCTAATTTTGACCTTAAAAATTACTCTAACTCTTACTTATTTCTTTCTTAGGATATCATGAGGATGCTAAGATAAGCAAACAATGAAATATATTAAAAAATTAAAGTGCCATGTATTAAGGCTATTCATTGCTTTATGTGCTCTAATGTCATGTTAATTATTTCATATGTTAATGTGTACATGCTTCTGAAGTGTGTGCAGGCATTCAACCTCTAGCTTTGTTCTTTGCAGTGTACTTGAAATGTGCATTTACCCCAATTGAACTGCTCACCCTGTCATGTGGTCCATATCTGTGTAACGAGAGATACATAGATGTGTATGGCTACTGTTTATTTGTTAGCAAGCGGAATGTTCATTACTAATATGAATTAGGAATTATGGTGTGTTTAATATCCCAATAACTACGATTCATAGCAGAGTCTTAACTTTAAATGATTTTTCATGTATTATAG
Seq C2 exon
TACTGCCAGATATGTCGAAAGGGAGATAATGAAGAACTGCTCCTCCTTTGTGATGGCTGTGACAAAGGCTGTCATACATACTGCCACAGACCCAAGATTACAACTATACCAGATGGGGATTGGTTTTGTCCAGCTTGCATTGCTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000020654:ENSBTAT00000027534:39
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.016 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0062824=PHD=WD(100=100.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]