Special

BtaINT0025276 @ bosTau6

Intron Retention

Gene
Description
Bos taurus breast cancer anti-estrogen resistance 3 (BCAR3), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001024483]
Coordinates
chr3:49980147-50040622:+
Coord C1 exon
chr3:49980147-49980186
Coord A exon
chr3:49980187-50040493
Coord C2 exon
chr3:50040494-50040622
Length
60307 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
CTGGGGTCCCTGTGTTGCAGTTC
3' ss Score
7
Exon sequences
Seq C1 exon
GGATCAGCATCTCCTGGACCCAACTCTGGAATATGTGAAG
Seq A exon
GTAGGAAGCCGGGATTTCACATGTGGTAGGGACCCTGTGGTAACAGGCTTCCCATTTCTAGCACAATGTCATCCTCTGGCTTGTGTAGGAAGCTGGTTAGATTGAAACCACCAGGACGTAATTTGATTCTCTTGGGCCTTTAGTAGTCTTTGCAGGGCTCTTATGTCACCCTGTTATATATTTATAAACTTTCCCCCTTGTCTGAAGCCCTGGGAACCAGATGTGTTTTAAAAATTTGGAGTTTTTTAGAAAGGTAATATGGTACATATATCTAACCTCTAAAGGGGGCTAGAGTCAATGAAACTCATTACTACAACAGTTTAAGGATATTCACACAAAGTGAGATGAATAGACTACAGATGATTTTGTGTAAATCACATTATGTTTTTGTCACCAAATGAGCTAGGGTTTGTTGTGCTGCCGAATGAGTTATTTAAAATTTTTCAGTTTTCAGAGTTTGGGGATTTTGGAATGGTAGACAAGGAACTGTGAACCTGTGTTTGTCTTCAGTGGAGGACTGAAGGGTCTCTATGAGACTTTATTTTACTCATTTATTTTTGGCTGTGCTGGGTCTTCATTGCGGCACTCCGGCGTTTCTCTAATTGCAGTGAGTCGGGGCTACTCTGTAGTTGCGATGTGCAGGCTTTTCACTGTGGTGGCTTCTCTCGTTGTGAAACACCGGCTCTGGGGCACCAGGTTCAGTAGTTGCCACTCCCGGGCTCCAGAGCACAGGTCAGAAGTTGGGGCGCATGGGCTTAGTTGCTCTGCAGCATGTGGGATCTTCCCAGATCAGGGATCGAACCTGTGTCTCCTGCCTTGGCAGGTGGATTCTTCACCACTGAGCCACTAGGGAGCCTTTCTGAGCCATCCCCTCCACCTCAGTAGCCACCCTCTTGTTCGGTGGCTAGTTGGTACCTGTGAGCAGTGTAATTCTTTTACTTTCCGGTGGACTGACATTCAATGTATCTGAATACTCAATACTGCTAAACAAGTTTTAAAATGCCTTTCACTTCCTGCTTCTGCCACACACACCCAGTTTTCAGGTGTGTATGTTTGTTTGGTTTTATTTTATTTTTGAGAACTGTAATTGTGTCCAGCACCTACTACAGAAAAGAGAATTCTCATCGAAATCATGGCACAAGTTAGGACTTAAAGTTCTTGCCCCCTAGGAGCCATACTTCGTCTTTATTTTTCAAAGGTCAGTCTCCAGGTTTCAGAGCGTTTAAGCCTATTCTTGCTTTTCTGTGTGCCCGTGACTGTGCCTGCCCCTGGGTTTCGGCATTTCTTCCTTTTAGACCGGAGGGTGGAGGGTTTAAAGCTTCTGCTGGAGGAGAAGACTCTAGTAGAACCATGTGGTCACTTGAGGCAGTCATAATGGAGTTTGTTGGAATGGAGATGGGAATTGTGTTTCCCGTCTCTCCTACCGAGGCTGTGCCTGAGTTGCAGCTTGACTGCAGCAAATGTGTAATCCTAAACCAACAGCCAGCGAGTCCGAATCTGGTCAGGACTTTATGAGTGGTGTGTCTGTGTCCCTCCTGGTGCATCGCGTGTGCTTTTGTGCGGGTTGTGCACTGCAGGGAATTAGGGGCACTGTCATGCTCTGATCTGACTTGACCCTAACATAAAAGAGTGTGTCCTAGAATTCTCCAGTGTGTTAATCACAGCAGCCCTTTAGAACTCACTCTGTTCCATGTCCCAGAAACTGGCTCTCTCCTGCTGCTGGCTCATTCAGGCTGTGCTCACTTCCCTCCTCGCTACTCCACAGCTCAGTTTTTCTCTTTTACTAAAGTCCCAGCCTTTAAGATAATCCAGTGATGAATTCTAAACCTAAGCAGAGACTTTGGGAAGAATTCGTTTTAATATTAATATTTTCTAAGCTATTGCATCTCATTCGTGAATTGGTCATTGCAAGTTGTCATGTTGACTCAGAAGAGGTATTGGCTACCGTATATATAATAGATAGCCAGTGGAAATTTGCTGTATGACTCAGGGAACTCAAACCGGGACTCTGTGACAATATAGAGGGGTGGGAGGGAGGCTCAAGAGGGAGGAAACATATGTATAGCTATGGCTGATTCATGTTGATGTGTGGCAGAAACCAACACAATATTATAAAGCAATTATCCTTCAATTAAAAATAAATAATTTTAAAAAGAGCAGTGAACATCAACTCAATCAGAAGTATAGACTTCAAGAGGCAAATACAAGATACTATTAAAAATTGGGACTAAAAGAAGAGGTGTTGGTGGTGTTGGTGCTTCTGTCTGCCCGGCTCCCCACTTTCCCTGGCGGTGATAGGACTGCTCCTGGTAGTAGCTCAAGGAGTCCCCTTTTCTGGGACTCACTGAGGTCTTCTGAAGCTTAACGTTTTGCTATCAACCTTGTCTGAATCTGGTCAGAACTTTAGAGATGACATTTCTGTGTCCCTTATCACATTGTTTTTTTTTTTTTCTTTCTCATTTTGCCCTTGGTTTGGAGATATGGCTTGGGGACTTAATGAGCAAATATAAGGGATTTTCATTTATCTCCATGGGCACTAAAGCTCTGAAAACACTTCCACAGAGGCCTTGGGCCTCAAGGTCTGAATGGACCCATGAGTCAGTTGTCTTGGGCCAGTGCAGTCGCATCCTAGCATTTCTCAAACTTAGCCACCCTCTCGAGCGCTTCTGACCAATCCATGCCTCAGAGGCCTCGTAAACTGGTGCCAGCTGGTGCCTAGAGCCTGGAGGGTGGCTGAAGATGATTGAGGGAGGTGAGAGATGTAGATAAGGTGAATGCAGTTTGGCCCCCTGACTTTGAGCTTTCTTCCCTATCATCCCTTTGTATACATAATATGTCTCCGGTGTGGAGAAAAGTAGCGGTTCTGTATAAATTATGTTGCATCATGTAGAGCCTTTCTGAGAGTTGGGGTTTTAGAGGTTCTTCGTGACCTGAGAATGGGGGAGGGCAGGGAGCAGATCTCTGACCGAGTCCATCTTGCAGTAGAAGCACTGGTGGTGGCCAGCCGACCGCCGTTCTTATCCTGATGGGAGTCACAGTCCCAGGTCTCCCTTAACCTGGGAGACTTTCTAACCATCTTCACCTGGTTTTTCCAGTTCCCAGATTAAGAGAGAAAGGTCTGGGGCCACCCTTGCCTCCTCGTGTCTAGAGGAGAGGAGACACTGAGGCTGACCCCATAACGCACGGGGTGATGGGGCTGCTGTGTTGCGGCAGGAGAGAGCTGGGTGGAGAAGGAATCCACTGAGGCTGACCCCTTAACGCACGGGGTGATGGGGCTGCTGTGTTGCGGCAGGAGAGAGCTGGGTGGAGAAGGAATCCACTGTGCGGTTCTGTCCAGTTTGCACTGTGTCCTCCCAGCACTCCCCGCAGCTGGCACTGCTGCACATCAATACGGAGGCATGCCAGGGGACCTGCGGGGTGGTTGCCAGGCTATGAGGAGCACCTCTGTGAGAACTGGAGAGAAGAGTGCTTGGCAGGGAAGCTCTAGAACTGTTTGGTAGTCTTTCATTTCTTCAGCAGGCTGACCTCCTGCTGGGGCCTCCCAAGGACACCTTGTTACCCTAAGTGGTGAATTCCCTATTTTGATGTGATAAGAAAATTTGAGTAGATCCAAAGAACCCCACTCCAGTACTCTTGCCTGGAAAATCCCATGGACAGAGGAGCCTAGTAGGCTGCAGTCCATGGGGTCGCTAAGAGTCGGATATGACTGAGTGACTTCACTTTCACTTTTCACTTTCCTACATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCTAGAGAATCCTAGGGACAGGGGAGCCTGGTGGGCTACCGTCTCTGGGGTGGCACAGGGTCGGACACGACTGAAGCGACTTAGCAGCAGCAGCAGCAAAGAACCCCCGGGAATTTTGGAATCTTTATTCTCCTCTGTTTCTGTCTCTACTTTTCTGACCACCAGAGAGGGGAGCTTTTTCTTTTTCTACCTTTTCCTTGTGTCCCCATCCCCCTCCTTCTCTCCACATCCCCCCAAGCCAGGAGCCTAAAACATGATGATCATCTTCGAGGTCTGATTTTAACTGTGAAATATAGTCATGAGATACTTTTCTGTAATCACATATAATTGATTCTCTTTCACTGTATCTGAACAACACCCTTCTTGTGGATTGGAAAACAGAAACCTCCATGCAGCTGCGCCTTCCTCCTGCTCTTAAGGTAGTGACTTTGGTTAGTGGTATAAGCTCTGGAATTTTCCTGTGCGTACCTAGCATTCCTTACCCTAGATAAAACTAATTTTTTTTTTAAACAGAGGAAATAGCTTTTAGAGGAAATAGCCCTAGGCAAAACTGTGTAGTAGAGTTTCTCTTCTGGGTTGCTTTACCTGCTTGAAAGTGAAAAAGTGAAAGTGTTAGTCACTCAGTCGTGTCCAACTCTTTGCCACCCTAAGGACTGCAGCCTGCCAGGCTCCTCTGTCCATGGAATTCTCCAAGAAAGAATACTGGAGTGGGCAGCCATTCCCTTCTCCAGGGGATCTTCGTGACCCAGAGATCGAACCCAGGTCTCCTGCATTGCAGGCAGGTTCTTTACCATCTGAGCCACCAGGGAAGCCCTGCTTACTGCTCCTGTTTATTTTTTGCCATATGTTTACTGCCTTCAGTATTTACTCTGTGTCTAGTTTCCTAGATCTGTGTCAGGTAAGTGTTTAGAACATTTGATAAAAATAATTGTACTGAAATATGAATACATGGTAATAGTTCAGTGTGTTGTCCTTCCCAGATAGCATTCCAATAGGAGACTCCAAGTTACGTAGCTCCTAAGATCTCCAGGGAGGGGAGCCTGTTTCACATTCTTGTCTAATTAGCAGCATGACCTTGGACTTACCCCCTTTGCCCTATGGCTTCTGAGGCAGGAGATAGATGGGCCCCAGGCTAAGCAACTGGAGTTTGTCCCCTGTGGGGCACAGGAGGAAAGACAGCACTTGAGCCCTGCCCAGATAAGATAGTACAGAGACCCCGTA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Seq C2 exon
TTCTCCAAGGAGAGGCACGTCATGGACAGGACCCCCGAGAGGCTGAAGAAGGAGCTGGAGGAGGAGCTGCTGCTGAGCAGTGAGGATCTGCGCAGCCACGCCTGGTACCACGGCCGCATCCCCCGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000003245:ENSBTAT00000063777:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.093
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0001719=SH2=PU(9.9=18.6)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]