MmuINT0024345 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000028121 | Bcar3
Description
breast cancer anti-estrogen resistance 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1352501]
Coordinates
chr3:122455053-122505055:+
Coord C1 exon
chr3:122455053-122455092
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr3:122504927-122505055
Length
49834 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
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8.34
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TTCTCCAAGGAGAGGCACATCATGGACAGGACCCCTGAGAGGCTGAAAAAGGAATTGGAGGAGGAGCTGCTGCTGAGCAGCGAAGACCTACGCAGCCACGCCTGGTACCACGGCCGGATCCCCCGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000028121:ENSMUST00000029766:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.078
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0001719=SH2=PU(9.9=18.6)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types