HsaINT1005087 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000137936 | BCAR3
Description
breast cancer anti-estrogen resistance 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:973]
Coordinates
chr1:93592265-93642343:-
Coord C1 exon
chr1:93642304-93642343
Coord A exon
chr1:93592394-93642303
Coord C2 exon
chr1:93592265-93592393
Length
49910 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
TGGTTGACTCTGTGTTGCAGTTC
3' ss Score
6.94
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TTCTCCAAGGAGAGGCACATCATGGACAGGACCCCCGAGAAACTGAAGAAGGAGCTGGAGGAGGAGCTGCTCCTGAGCAGCGAGGACCTGCGCAGCCATGCCTGGTACCACGGCCGCATCCCCCGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000137936:ENST00000260502:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.071 A=NA C2=0.205
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0001719=SH2=PU(9.9=18.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains