GgaINT0035715 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000005816 | BCAR3
Description
breast cancer anti-estrogen resistance 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:973]
Coordinates
chr8:12775927-12801886:+
Coord C1 exon
chr8:12775927-12775966
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr8:12801758-12801886
Length
25791 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
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10.51
3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000005816:ENSGALT00000009337:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.429 A=NA C2=0.264
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0001719=SH2=PU(9.9=18.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]