DreINT0037034 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000016981 | bcar3
Description
breast cancer anti-estrogen resistance 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080513-4]
Coordinates
chr8:15071040-15112359:-
Coord C1 exon
chr8:15112320-15112359
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr8:15071040-15071168
Length
41151 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TTCTCAAGAGACAAGTACATCTTGGATGGACCGCCGGAGAAACTTCGGAGGGAGTTGGAGGAAGAACTGAAACTAAGCAGTGAGGAACCGAGGAGCCATGCCTGGTATCACGGAGCCATTCCTAGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000016981:ENSDART00000138855:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.533 A=NA C2=0.153
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0001719=SH2=PU(9.9=18.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]