Special

GgaINT0035715 @ galGal3

Intron Retention

Gene
Description
NA
Coordinates
chr8:14526248-14552209:+
Coord C1 exon
chr8:14526248-14526287
Coord A exon
chr8:14526288-14552080
Coord C2 exon
chr8:14552081-14552209
Length
25793 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
CTTTTAATCTTTTATTGCAGTTT
3' ss Score
8.77
Exon sequences
Seq C1 exon
AGATCAGAATATTCCAGATCCTACTTTGGAGTATGTTAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TTTTCTAAGGAGCGGCAAGTTATGGACAACAGCCCAGAAAAACTGAAGAAAGAGTTAGAGGAAGAGCTGCAGCTAAGCAGTGAAGATCTGCGTAGCCATGCCTGGTACCACGGACGTATTCCTCGGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000005816:ENSGALT00000009337:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.429 A=NA C2=0.209
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0001719=SH2=PU(9.9=18.6)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]