BtaINT0031251 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000010230 | CAPN1
Description
Bos taurus calpain 1, (mu/I) large subunit (CAPN1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_174259]
Coordinates
chr29:44069249-44081619:+
Coord C1 exon
chr29:44069249-44069409
Coord A exon
chr29:44069410-44081437
Coord C2 exon
chr29:44081438-44081619
Length
12028 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGACC
5' ss Score
6.54
3' ss Seq
TGCCTCTCTACCTCCTGCAGCCA
3' ss Score
8.55
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGTCCTTCCGAGACTTCATGCGTGAATTCACCCGCCTGGAGATCTGCAACCTGACACCCGACGCGCTCAAGAGCCAGAGGTTCCGCAACTGGAACACCACCCTGTACGAGGGCACCTGGCGGCGGGGGAGCACCGCGGGGGGCTGCCGCAACTACCCAG
Seq A exon
GTGACCGGGGGGCAGGGGAGCACCGTGGGGGGCTGCCGCAACTACCCAGGTGACCTGGGGGTGGGGGGAGCACCGTGGGGGGCTGCCGCAACTACCCAGGTGACCTGGGGAGTGGGGTCCTGGGCCCTGCTGCCCTGGACAAGACATATCTTCTCTCTGAGCCTGTTTCCTCACCTGTAAGATAGGGGTAGTTGTACTTGTTTTGCAAATTTGCTTTGAGGATGAAAAAGTGTGAATTCCCAAGAGCCACCTTTGACTGCCTTGCTGGAGCCTGAGCTCAGGGTGCGGACAGAGGAGACTTCCTTGCTGTCCGGCCACCTCCTGTCACTCCTCCTTCCGGGCCTTCCTCCTGGCCCGTTGTCTCCCTCCTTGGTCCTTCTGTCGCCTTTCCCTGGGGTCCATGGGCATCCTTCCTCTCCCACCCTGCCTTCTCTTCTTAACAGGTTTAGCATCCTCATCCTCCCCAGGTTGGAGTCAGCATTTTAATGCTGTCCCTGCAAACACTCAAGTTTCTTGGCTCCTAGCTCCCTCTGGTCCTCTTACCTGGCACAACCATAATCCTAATTGAACCCTCTCGACCGGCTTCAGAGCCGCTGACTGGGCCTGGAGAGAGAACACACACTTCGGGCAGTATTCGGAGGAGGCAATGGCACCCCACTGCAGTACTCTTGCCTGGAAAATCCCATGGACGGAGGAGCCTGGAAGGCTGCAGTCCATGGGGTCACTGAGGGTCGGAGACGACTGAGCGACTTCACTTTCGCTTTTCACTTTCATGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGACAGGGGAGCCTGGTGGGCTGCCGTCTATGGGGTCGCACAGAGTCGGACATGACTGACGCGACTTAGCAGCAGCAGCAGCAGTCTCTCCTCAGACGTGCCGCCACTGTCACTGTTTTCCGACCTCACAGGACACCCATCGTAGTCCCACCTCCAAGGCCCCCAGCCTGTCTGGACCTGTGCCCGTCTTTGCTGCCTTCCTGCCTGAGACAGTGGCGGAACTGTCCCCACTCAGGGGCACCGCGCCCCCCACCTCTGCTCTAGACCCCGTTCTCCCTCGGGCTCCTTCACCCGTCGCCTCTCACTCCGGGGCACAAGGGAGAATTGCCTGCCTCTGGAACCCACTTCCCCGCTCATTTCTCTGCTCCCCTTCAAAGTCAAGTTTCTCAAGATGGCCAGCCTCCCCCTTTCCTTCCTCACTAAGTTCAGTGCTTAACCCGCTCCAGTCCACCTTGCGTCCCCACCATGCTGCTGCGGCTGCTCCTTGTCCGCTTTGGTTTTGCCAAATCCACCACCGCTGCTCTCTTCGCATGTCCTGCCTCCTCCAGCAGTTCTCAGCCTGGCTCCCAGCCCTCTGTGTTCAAGCATTCTTCTCCCTCACAGGAATCTCATTTCAGTTCTTCCCCAGATGACCACTGTTCGCGGTACCGTTTTCTGAGAAGCCTGTCCTTTCCCTGCAGGTCCAGCTCTGTCATAGAGTTCCCACGTAGCTGGGTCCGTTTCTGAGTTGCCTTTCTGTCCCTCGGCCTATCTCTTTGCTACTGCCGCGTTGGTTTAGTTGCTATGGATTTGTACATCCTGCGGACTTTGCTGTGGTCCAGTGGTTAAGACTCTGCTTCCAGTGTAGGGAGTGCATGTTTGATTCCTGGCTGTGGAACTGAGATTTATAAATCCTGCAATTGGACGGGATGAATTCCTTCTTCAAGCGTCTCTTAGCTCCTCTTGCTCTTTGCTTCTGGTTTTCTTTTTTTGGTTTTATCTGTGTGAATTTTAGGATCAGTTTACCAAGTCCTACAAAAAGCCCTTTTGAGATTTTAATTTGGAATTGCATAGACTATATAGACCAATTTGGGGAGAATTGACATCTTTCCAATTTTATTCTTCTTATCCAAGAATGTGCTATGTCTCTTTATTTTGGTCTTTAGTGTCTTTCAATAAAATTTTATAATTTTCATTGTAAAGGGCTTATACCTCTGTTGAGATTTGTTCCTAGATACTCTTATCATCTTGTTGCTGTTGTAAATGGTATCTCTTTTTAAATGACATCTGCCAGGTCATTGCTGATACTGTAGTATGCAGCTGACCTTTTAAGTTTATTCTACATCTGGCAAGCTTGTTAAACTGTAATGAATTTAACTCATTTTTCTGTATTCTTTTTGGTTTTCTAACTGACAGTATAGCATCTGCCAATAATGATAAATTTGTTTCTTTTCCAATGCTTATAACTTTTGTTGCATATTCATTCTTGTTTAATGTGCTGGCCAGGCTTGCTGCATGCCCACTAGCACTCACTATGTTCTGGTCTTACCCTTCTCTCAAAAGGAAAAGTTTTTACTATTAAACGTTGACTGTAGATTTCATCACTAAAAACTTTTCTACTCTAGGTTCTTTTTGTGTGTGTGTATGCACCTTTTATCTGAGTAATGAAACTTAATGTTATGAAATAACTTTATTATTAGAATTAGCTGTTTTAAATTACCTGTTAAAACAATAAGTTACATTGATCACTTTTCTCATATTAAATTAACCTTACATTCCTGAGATAAAACAACAGAGTAATGATATAAATTTTTTATACAATAATTTTACATCCACGTTCATGAGTGAGGTCTGCCAGTAGTTTTCTTTTCTCATGCTTACTTTATCTAGTTTTGATATGGGTGCTATATTTGGCTGGCAAAGTGAACTGGGAAATGTTCTGTCTTTTCCTGTTTTTCTGGAAGAGTTTGCATAAGATGGGGATGATTTCTTGCTTGAATGTTCGGTGGAACAGGTCTAGAAAACTACCAGGCCTGCTCTTTTATTTAAAGATTAACTTTTGATATTGAGTATCTTTTATGGTCATTAAATTTTTCAGATCTTCTACTTCCTCTTGAAAATATTTTGAGGAGTTTTATTTTCTAGGAGTTCATCCTTTGCATCTGGTTTTCTCCATTATTAACATGAAGTTATCCTTAATATACTATACCTCATCTGTAATGATAACATCTCTTTTATTCATTGTCTCTTTTGTCTTTATTAATCCTGTGAGGGGTTTGTCAATATAAGTCTTTAAAATAAAATGATTTTTTACTTTATTCTTTATAGTATTTTTTTTTCCATATTATGAATCTTTCTTGCTTGTTGTTTCATTCATCTGCTTTCTTTGGATTTATTTTTAGAATTTATTTTATGACGTTTTTTCCTTCCAGTTTTATTGTGATATATTGACATTCAGCATTGTATAAGATGTACAGCATAAATAATGATTTAGTTTACATACATCATAAAACAACGGCCACAATAAGTTTAGTGAATATCCATCATATCATATAGATACAATATTAAAGAAATAGAAAAAAATGTATTTTTTCCTTATGATGAGAACTCTTAGGCTCTTAGAATGTACTCTCTTAGCAACTTTGAGATCTAACATACAGCAGTGCTCTATTTATCATGTTATACATTGTATCCCTAGTATTTATTCATTTTATATCTGGAGATGTGTACCTTTTGACCCACCTTCATCCAATTGTCTCTGCCTCTACCCCTCGCCACTGATTACCAGGAATGTGATCTCCTGTGAGTTTCTCCCATTCAGTAGGCAGTCTTTTTATTTTGTTGCTAGTTTCCTTTGCTGTGCAGAAACTTTTCAGTTTGATGTAGTCCCTTTTGTTTATTTTTGCTTTTGTTTCCCTTGCCTGAGGAGGCGGATCCAAAATAATATTACTAAGACCGATGTCGAAGAGTGTATTATCTACGGCTTCTTCTAGAAGTTTTATAGTTTCAGGTCTTACATTTAAATCTTTATTCCATTTTGAGTTTATTTTTGTATATGGTGTGAGAAAATAGTTGCGTTTTGTTTTTTTTGCATGTAGCTCTCCAGATTTCCTAACATCATCTATTGAAGAGGCTGTCTTTTCCTCATTGTGTATTCTTGACTCCTTTGTCATAGATTAATTGCCCATATAGGTGTGGGTTCATTTCTTGGCTCTCTGTTCTGTTCCGTTGATCTGTGTGTCTGTTTTTATACCAGTATCATATTGTTTGTTTGTTTTTTTAAAGAACTCAATAAATCCTTTATTCTTATGAGCGGTTTTCTCTATTTTTTTGGCTGACAATTCACGGTGTCCAAAGTGGGATACAAAGCAACCCGTGCATACTGTTTTGATTACTGTAGCTTTGTAGTATAGCTTGAAGTAAGACAGTGTGCTACCTCCAGTTTGGTTCTTCTTTCTTAATATTGTTTTGGCTATTCAAGATCTTTGTGTTTCCACATGAATCTTAGAATTATTTGTTCTAGGCCAGTGAAAAATACCATTAGTATTTTAATAAGGGTTGCATTGAATCTGTTCGATTGTCTTGGGTAGTATGGTCATTTTAACAGTATTAATTCTTCCAGTCCACGAGCATGGTATAGCTTTCCATTTGTTTGTGTCCTCTTCAATTTCTTTCATCAGTGTCTTGCAGTTTTCCGAGAATAGGTCTTTTACCTTCTTAGTCAGATTTATTCCTAGGTATTTTATTCTTTTTGATGTAATTGTCATTCTATAACTTCTTAAATCAGATTCTTACTTCATTAATTTTTTTCTGTATGTACCTTTGAGTTATACAATTTTAATATATAATGTTTTTAAGAATTGTAATATAATTTGCATTCTATAAAATTTACACTTTTAATGGGTACAATTCAGTGGTTTTTTAATATATTGACAATGCTGTATAATCATCACCATTACCTAACTCCAGAACATTTTCACTACCTGCAAAAGAAATCTTATATCCATTAGTAGTCACTCCCTAACCTTCTCATTCACCAACCCCTGGTGACCACTAATTTAATTTTGTCTTTATAGATTTGCTGTTCTGGACATTTCATAAAAATGGAATCATGCAATATGTGGCCTTTGGTGCCTAGCTTTTTCCCCTGAGCACTGTGTTTTCAAAGGTCATCCATGTTGCAGCATGATCA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Seq C2 exon
CCACTTTCTGGGTGAACCCCCAGTTCAAGATCCGGCTGGAGGAGACGGATGACCCGGACCCCGACGACTACGGGGGTCGCGAGTCAGGCTGCAGCTTCCTGCTCGCCCTCATGCAGAAGCACCGCCGTCGGGAGCGCCGTTTCGGCCGTGACATGGAGACCATAGGCTTCGCTGTCTACGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000010230:ENSBTAT00000011678:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.164
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064816=Peptidase_C2=PD(6.3=34.5),PF0106717=Calpain_III=PU(15.0=43.6)
A:
NA
C2:
PF0106717=Calpain_III=FE(37.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]