RnoINT0028932 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000020935 | Capn1
Description
calpain 1 [Source:RGD Symbol;Acc:2267]
Coordinates
chr1:221355120-221363139:-
Coord C1 exon
chr1:221362979-221363139
Coord A exon
chr1:221355296-221362978
Coord C2 exon
chr1:221355120-221355295
Length
7683 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
CCTCCTCTCCTGTCCTGCAGCTA
3' ss Score
11.56
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGTCCTTCCGGGACTTCATACGTGAGTTCACCAAACTGGAAATCTGCAACCTTACACCTGACGCCCTTAAGAGCAGAACCCTCCGGAACTGGAATACCACATTTTACGAGGGCACCTGGCGCCGGGGAAGCACTGCTGGAGGCTGCAGGAACTACCCAG
Seq A exon
GTGAGTGGTTGGGAGACAGGGTAGGGGTGTGAGCAGGGCCACCTGGCTGAGCCTGTTTTGTCCCTTGGGAGACAGACAGTTGTGATTGGATGTTCCTTAGATTATCTTTAAGGATGGCAATAAAGGTCATGCTAGACTGTCTGGGGCCTGGGTAAGAAAACCTCATTGTTATCCAAACATCTACTGGTGACTTCATTTCCAGCACCTTCTTACCCACTGACCGCCTGTCCTCTTACCATCCCTTCTTATCCACTGACCGCCTGTCCTCTTATCATCCTTTCTCACGGTGGAATGGCCTCTCTATGTCCCCCACCCCTTTCTCACGGTCATGACTGTTGTGGAATGGCCTCTCTGTGTCCCCCACCCCAGCTCCTTGACATCAACTTTTTTCTCTACTCCTGCTCTACCCTGCCCCCACCAAAGAGCATTCTGGGCCTTGCAGTCACTACTTACTTCCCTGGGAATGGCCCCTGCCCGGGCCTCAGTCTCACGGAATTAACTGACCCTGCTGACTCCCGTTTTAATTACTCTCTCATTTTGCCCTCGCTTTCTTCCTCTGTCTCTCCCTTTATTTCTCCCTCTGTTTCTCTTGTTATCCCTTTTTTGGTTTGTTTTGATTTTTAAAATTTTTTTGAGTCAGGGTCTCCTGTAACCCAAGCTAATCTTAACTTGATATGTAGAAAGGATGACTTTGATCTTCTGATCCTCCTGCCTCCACGTCCAGAATGTTGGTATTACAGGTGGACATTACAACACCTGGTTTATGTGGTACTAGGGGTGGAACCCAGGGCTTTGCAGATGGTAGACAGGCTCTCTACCAGTTGAGCTACAGCCCCAGTCCCATTACCAAATCACCAATCATCATTTTTAACGTTGTTAAAAGTCTTACATTTATATATTTACAGTGTGTGCGTGTGGAGGTCAGAGGACAATTTTTTTTTTTTTTTGGTTCTTTTTTTTCCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGTGCTTCCTAGGTAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAGCCCCCAGAGGACAATTTTTAAGGCTAGTTCTCACCTTCCACCATGTAGGTCCTGGAGATCTAACTGAGGTCGTGAGACTTGCTGGCGAGTGCCTTTATCCACTGAGCCATCCTGCCGGCCCTCTCTGTTTTTATCTTGACCTTACAAACATCTGCTTCCCTGGTTTCTCCCTCCGTCACCCAGCACAACCACAATCCCCACTGAACTCAGAACTGACTCAGAGCCACTAAATGAGGCTGGAGAGAAATCACACCACGGAGGCTGCTTTCCTTGTAAATTCACAACCACAAACCTCTAATAAGCAGTTTGTGAGCCCCGCCATTATTCTAGGAACCCTCCTCTCTGCTCCACCTCTCTGTCTACTGTGGCTGCCATCTAAAGACCTTGTACTTCATTGAAAAGAAGCTGGGCCTCCAGTCACAGCTCACACCTGTCACTGAGGTGCTTGGGAGGTAGAGGGAGCATTGGGAGCTGGAAGCCAACTTTGGCTGGATAGCAAGTCTGAAGCCAGCCCAGGCTGCTTGAGGTCCTGTCAGAAAAGAGGAAGAGAGAGGAGTGAAGCAGGGAAGAGAAGAGGGGAGAGAGGCATTGTTACGTAGGACACCTCAGGTCCCCACCTCTGCCTCCCCTGTCTGTCTCCGATGCACGTATGTCTGTACCTGTGTATGATGCACCTGTGTCTGCACTGGTTCCTCACCTGGGACAGAAGTGGTCCCATGGCAGAAGTGTCCATGCTACTGGAGAGGCCTATCATTCCCAGATCCTGTTCTCTCTTCCCTGAAAGCACTTTGCTTCCTCAAACTCCCCTCTCATCCTGTGTCTTTATGGAAAAATCCTATCTTAAAATATGTGGCCCTCTCTTGACCTCCCCTACCTCCCTTCTCTGCTCGGGGATTGGTTACTAAGCTGCCCTTTCCTTCCTGGTGGCATTGGCTGGGCAGATTAATGGCTCTGCTGGGCTCCTGCCTGCATTCTCACCATTGTTTTTCCTGAAGCATTCTTCTTCCCACTTCAACTTTTCTCCAAACCAGTTAGAACCAGTTTCCTGTACCGCAACAGAGAGGCCTATGCTTCCCTCTGTGGCCTAGTCATGTGTGTGTACAGTTCCTGTGTCTTTTGGGTATTTCCGGCCCTAGTCTAAGCTTCTATCAATTGCTCACTGATATAATTGTCATGGATATATTTATTTATTTGTTTGTGGTTTTCTTTTTTTTTTTTTAAAGATTTATTTATTTATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACATCAGAAGAGGGCATCAGATGCTTGTGAGCCACCATGTGGTGCTGGAAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAATGCTCTTAACTGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCCTTGTTTGTGGTTTTCAAGACAAGGTTTCCCTGTGTAGCCTTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAGATCCACCTACCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCACCACTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTATTTGTATTTTGAGACTGGGTTTCTCCGTGTAGCTGTGCCTGCCCTGTAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGACCTTGAATTTAGAGGTTTTCCTGCCTCTGCCTACTGAGTGCTGGGATTAAAAGCATATGGCACTAACGCCCAGGCAACCTGTGGGTTTTGCAGTGTGGGTTCTGGGAGTTGAACTCATGTCCTATGCTTTCAGGGCAAGCACTGTGCCAACTGAGCTGTCTTCCCAGCCCTTTACTCTGACCTTTAATGGCTTTTTAAAGAATATAATGTTTAAAGGGTCACTACATCTTTTAGGATTTAGTGTTTGGCACACCATCCTTCTACTGTAAGCAGACTGATTTACCAAAGTGCTTGTACCAGAAGTGGCTCAAGAGTTTAGATGATTTTGGATTTTGACATATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTATTTTTATTTTATGTGCATGAATGTTTTCCTGTATCTATTTCTGTGCACCAAATGCATACTGGGTCTGTGGAGACCAGAAGAAGGCATTTGTTTTCCTGGGATTGGAGTTACAGACTCAATCATGTAAGGTGCTGGGAATTGAACCCAGATCTTCTGAAAGAACAGTCATCATTCTTAACCACTGAGCCAGTTCTCCACGTCCAAAATATCTTTTAATCAGTATATGTGTGCATATGGTGTATATGCCATGGGCATACATGTAATAGGTCAGAGGACAATCTGCAGGAGTCCCTTCCTTCTACTATGTGAGTTCTCGGATCAAACTCAAGATGTGGGATTTGGTGGCAAACTCCTTTACCCACAGGGTTCAGCCCAGTGTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTTTTCTTTTTTTCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGTGGTTGCTAGGCAAGTGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCCCCAGTGTTTCCTTTAAAATCTCATTTCTCCCCCTGTGTGGTGTTTACTCCTTTGATCCCAGCCCTTGGGAAGCAGAGACAGGTGGCCTCTGAGTTCCAAGTCAGCCTGAGCTACAGAGTAAGTTCCGCAACAGAGAGGATTCACAGAGAAACCCTGTCAGGAAAACAAAACAAAACAAAATAAAACAAAAGGAACAAACACAGTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTCTTTTTTTTCCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGTAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAGCCCCACAAACACAGTTTCTTACCTCTTGGATGATACTTATGGTACAATAATGCACAGTTGCCCTCCCCCCCCCTTTTTTTAAAGATTTAGTTATTATATTTAAGCACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACTATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTCTAAGAGAAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAACCATCTCTCCAGCCCAACACAGTTCCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTCGGAGCTGAGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTGCTAGGCAAGCACTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAATCCCACAGTTCCCTTTTTAAATGAATACATTGTATCCAGACTCATCTCTTCCTAGAATCTTTGTAGTTTGCTAATTGGCAATCAAATGATAATTCACTGGTTTCTTCCTGTCCTGTTCTTCTTCCAATTATTGTTACTTTTATTACTTTTTCCTTCAGACACTGGCTAGACGAGTAGAACAATTAGGAGCCTCCATTAAGAGAGTCCTGGTTCTCCTTGTCTTTTTGTTGCTTAATTTGTATAATATTTATTTACACAAGCCAGGGGCTCACACACAAGGTCATAGTACATGGCTCTCTTCTTTCCCCCATGTGGAACTTGGGGATCGAACTCAGATCGTCATGCTTGATAGCATGCACCTGTGGACCATCTCCCCAGCCCCAGTAATAAATATTTGTTGTAGGCTTCATTATTGTAAACTTTTGAGGAGTTGGGGAGTAAAGGGCAAGTGTGGTTCTGTTGTTCTGTGGTGACAGAGGTTGAATCTAGGGATTTATATGTGCTAAGCAAGTGATCTGCCACAGAGCCACATCCCTACCTCCCTATCATTCCTCCCCTGGGTTTTTGTTTGCTTAAAAAAACGTTTCTGAGGCCTGGGATTCATGGCTGTCCTTCTTTTGCCTTCCAAGATCCAAGTCATAGGTTGTGCATTGCCATGCATGGTTTATCAGGTGTGGAGGGTGGGACCCAGTGCTTTGCGCCGTGGGTGTTCTAGGAGGTAAACACTTCACCAACTGAGCTACATCCCCACCTCAATAAAAGTTTTCTTTTAGTTCTATATTTTGTG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Seq C2 exon
CTACCTTCTGGGTAAACCCCCAGTTCAAGATCCGGCTGGAGGAGGTGGATGACGCAGACGACTATGACAGTCGAGAGTCCGGCTGCAGCTTCTTGTTGGCCCTCATGCAGAAGCATCGCCGCAGGGAGCGTCGCTTTGGCCGGGACATGGAGACCATTGGTTTTGCAGTGTACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000020935:ENSRNOT00000028431:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064816=Peptidase_C2=PD(6.3=34.5),PF0106717=Calpain_III=PU(15.3=43.6)
A:
NA
C2:
PF0106717=Calpain_III=FE(36.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]