BtaINT0038840 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000019781 | CLASP1
Description
cytoplasmic linker associated protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17088]
Coordinates
chr2:73574718-73586915:-
Coord C1 exon
chr2:73586745-73586915
Coord A exon
chr2:73574826-73586744
Coord C2 exon
chr2:73574718-73574825
Length
11919 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAACC
5' ss Score
6.66
3' ss Seq
GTGTTTGCTGTGTCCTCCAGGTC
3' ss Score
11.72
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTCCACGGTCAGCACCAAGTCTGCATCCACCGCGGGGTCCCTGCAGCGGTCTCGAAGCGACATCGATGTGAATGCAGCTGCCAGCGCCAAATCCAAGATCTCCTCGGCTGCCGGCACAGCACCCTTCAGCTCGGCGGCGGCCTTACCTCCGGGCTCGTATGCATCCTTAG
Seq A exon
GTAACCAGACCTCTGAGACCCTTCCCTCCAGGTCTGCCATTCGAGATGACACTTAACCTCAGATTAGATTGATTTACAGAGCAAATGACCAGAAACTGTAAGTGAGGCAGGTCTCGCGGTTGCAGGGCTAATGTTTCAGAGTTAAGTGACCCTGTGTGCTGACTGCTGGTTTACAGCCACCCTTGGGTGAGTGTCCTCTCTGCTGGGGCATCAGTGGTGCGTCCCCCCTGTGTCATGTGTCCCTTCCAGCATCCCAGCCTCCTCCCTTGTGGCCAGAGCTGGGTTTCCTCCCCTCCTGTCCTGGGGTGGGGTGCAGAGCTTGACTGTTGAGTGAGGCTTTGCCTGGAGTGGGCACAGGGAGGGGGTAACAAGGGGCTCCAAAGGAGTGGGAGGACTTTCTGACCAGCATAATGTATCACACAAAAGGGTATTGTCTGTCCCCCTGTGTCACCTTGGGAGAAGCATGCACAGACTCTAAGGATATATCACAAAAGATTTAAAAACTTACTTTCAAAAGAATTAGTGTCTGATAGCATGGTAGACTGAATACCTGTTGTAAGGCTTATAGTTTATTTCAGTTTATTTTTGTTAAAGCAGAGTTGTTCAAAGCCAAAGTCTAGAGACTTAGCATGATTCATTTTATTTGGGATTTTAAGGAAGTGAATGTGATTTAAACTTCATGAAACATCGAGACTTACTGCTCTTGTGGTTTGCAAACTAACCCCAAAGTCAGTTCCACAACTGACATCTAAGATCATGGGAGCAGAGTGAGAGAATACCAAGCAAATTAGTGGGCCTGACGGGCACTTAGTGACCTTGACCAAGCCAAGCAGCTTTGAATCTATTTCCTCCACCCATAAATTAGTTAGGGCTATTAAATAAAAGCCACCTGTTAACACATGTGGTAGGGACAAATGAAATTATATAGAAGTCTTTTGTAAACTATTATCCTATAAGATGAAGGAAACTGTGGCTGTGAGAGGAATGTTATTAATTTAAAAGGTAAGGTTTATAGTGTGGAATGTTGTTAAATCAGTCTTGTCTTCTCTACAGAAGTATCTTACTGAGACTGGGAACATATCCAATAAGAGCTCTCCTTTTATGTTGTTTATTTAACTGTTACACCATCACGTAGGTGTGTTTAGGCTCTTGTGTTGATGTGTGATCACTGAGCAAGACAGAAGTCAGAAGTCTGTCCTCTGTGAAGGCTTTCTGTTCATTTTAGTTCTGTTTGATCCACCTTGAGGATCTATAGTTAGTATTTGCTTCATTGTTTGAAAACAGTAGTCCTTGTTTTTCTGTGCATATTAAAGCTGTTTTAACTTGGACCCTGTGGGCTCCACTTGGAGCTTGTAAAAGCTCTCGGGTCTTCCAGATGATGAGACTGGAGTATTCCCCACTCTCCATCGCCTGAGAGCTTGACCTCAGTTTTCCTGATGTCCAGATCCATAAAAACCAAGCAAAATCAGCCCCGCAGTATAACACAGTCCTTCTGAGAAGCTGTTACAGGTCCTACTGAGGTGGACACACCACATCTGTGCAGGAAGGAGTATAGTGTTAAAGCTGATGATCCTTTTCCCAACTTCTAGAGTCCAAACACATGAGGGGAGACACGGAGCCCCTAGGCCTCGACTCAGGTACCGAGCTGGACCGTGTGGCTGGGCTGGGTGCTGCTATGCCAGCTTCCGGGGCTGCTGACTCACTGCCTCTGCCCTCTGGGTGTCCGTAGTTCCCCCCGTTTTTCTGCTAGTACAATACTTTGTTCCAAGAAAAAGGGACTCTCAGAGGATGAAAGAAAATGAAACTGAAAGTTGCTCAGTTGTGTCCGACTCTTTGCCATCCCATGGACTACACAGTCCATGGAATTCTCCAGGCCAGAATACTGGAGTGGGTAGCCTTTCCCTTCTTCAGGGGATTTTCCCAACCCTGGATCGAACCCAGGTCTCCCGCATTGCAGGTGGATTTTTTACCACCAGGGAAGCCCAAGGAGGATGAGGTTGGCCAAATCAAAAACACAGTCCATCAGCCAAGGCCTGACCCTGGGTTGTCCTTTCGTGTGGTGTTTTCTGAAGGCAAAAAGTACATTCTCCTAAGCTGATTTCAATAGACACTTACTTGCTTCAGACTGTGCTTTGCTGTTGAACTTGTTTCCCTTTTAATTTTATTTTAAATTGTACTTTTGCTTTTTTGGTAGCTAATAATAACATTCTGCTTTTTAATTTTTTTGATGTTACTAACTGTTCCCTGTTATCCCTTCCCTTGTTTTTTTAATTTGCTTAAAGATGGTACTGCCACTAAAGCGGAGGGTAAGCGGTTTGTCTCTGTGAAGAGGTGTGTCCCCACGAGTGTTGCCTGGTGCCCTCGCCCTCCCTGGGGTCCCTGCATGACACGTTGCACGCGTTTCCCTCCACTCTTCCTCCGCCTGTCTCCACCGGGTCTTGCCTTCCCTTTACCTGAACGCTCCCCTCCTTTCTTGTTCAGTCGTTGTGTTTGTGGATTTGGGCTCCAGTGTGCTATCCATAGCGTGTCACTCTGAGCCCACACTGGGAGGAGCATCCCTGTGAACCTCGTAGGTGACTCATCCCAGGTTTTGTCACTCCTGAAGCACCACCTCCACTTGATTCCTCCTCTTCACTTTGTGCTTTTGTGGGCCTTTCAGGATTGACCTTTCCTCTTGTAAACATAAGTTTCAGTGTCAATTGGCAATGCAGGTTAAAGGCTGGTAAAGGTTTTTTAGCAGGTAATTTCTAGACGCTAAAAAAAAAAATTGTTTTCTCTCCCTTGAAGCTACTGAATTATATGATACTGTTTCTGTTTGTCCCACTGATGCCAGCCCCATTCGTTCATTTACTCTCATTCATCCACTCATCAACCTGGGTTAAATGCCTTCTCTGTGCTCTGTTCTCTGGGACACACAGGAATATAACTGGTGGAAGAAATACACATCCCCACATCCACTTTGTTTTCTCTTTGTGTTGATCTCAAGAGGCTCTTTCTGATGTTTGATTCTTTTGAATTTTAGACGGAGCTCTTCCTTTCAGTACAGTTCTTTGATTAGCACATGATAGACATGATCAGTTTTGCAAAGTCTCTAGATAGTAAGCATGATGTTTCAGATAATTGAAATATAGAGTTATCTCATTTGCGTAAGGTAATGGCTTAGATTCAGCAACCCTCAGGATAGTGATTTAACAATTAGGAACTGCTAGATTAAGTTCCTGTGTTACATTTAGCCCCTCTAAAGGCCAGCCAGCAGAGTAGACTGGGTTTTATCTCGAGATGTGCAGCTCACAGTGCTTTTAATTCATATACTACTTTCTAAGAAATTCACAAAGGAGAAATTCAAATGAAATTTTTAAAAGACATGTAGTCTCAAGATCAGTGTTCTTTAATTTTATCTCATCATAAAAATCTAGAATCTTGCTTACAAGAACAGAGTCCTAGGTGCTGCCCCTTGAAAATTCTGATTAAGTTTGGAACAAACAAGGAACCTGAATTTTCAACAAGCTCCACTGACGGTTCTTAGAGTTGGATAAGCTTTTGAAATGAGAAGTTTCCAAAATGAAAAATGGACAAAAGGCCTGTGTCGTGCTAAGCCCGCCATTGTGATAGAAGACTGAGGCTAGGTGTGGTTTTCTTCCAGTTTTTAGTTGAAACAAGTCATTTTATATTTCTTTTTCTCCAAGAAAGAATCTTAAGTATTTCCTCAGGCTAGATGGACAGGGAATAGAGTAGGATACAATAATAATGCAGGTGAGATGGAAAGTTAGAGACATGATGTGGGAATTTCCACATTTTTTTGCAGAGTGCTCTGGTTGATTTCATATATCTGTACGAGAGATTGGAAGTCAGCCTGTTATTCCACCCAGCAGTGGAGATTTTACACTTTTTTTTTTCCTTCAGTTTTCTTTTACCTGTCTTTTACCTTTAGCTTTCTTTTACCTGTTCAGGGTAAGGTCAGAGGGTTGCTTGCTCAGTTATTGTGCTGGAAGCTGAGGACAAGAAGTCTCTTTCTGGTTCTCCTTCTGGTAGGAAAGTGGAGGATGATCTGTGGGCCCTTAATCATACAGAATTCAGAATTAGCCAGAATCCCATGTGGGTCGGCTTTGGTTCCAGGGCCATCCAGACTGTCACAGCGCTGGCCAGTCAGAACCTCCAGCCTTGTGTGATGATGAGATGGAAAATAGAGGCCTTGGGAGCCCTTTCAACTGTCATTTCTCTCTGTTTCACCTGTGAAATTTAGCAGGCTGCTTAGAAAAGCTCCATAACAGCGAATACCACTTAGCATCTTGTCAAGTTTCCTGTCTGAATTTTTAGGATCATTTTGAGTCTTTTGAAAATTTGTTAATATGTGCGTTGACTATCTGTTACGGTAGCTCTTAGGACAAGCACTAGATACTTGCGTCAGGAGGCAGAAATTTAAATCGGTAGTTGGAAGCTCTGAATTCAAAATTCAGACAATACATTTGAAGCCTGGTGACTCCCTTGTTACAGTGATTGAGAAAAATAAATATTCTCTGGAGGTTCCTTATCGCACACATGAAGTAGCTATCCTGACATTTACGACTAATCAGAAAAATGTTTTTTGCGAAGAACTCAAAGCTCAACTTTTGAACAAAAATTTATTTCCAGGTCATCTTTCAGTGTGTTATGTTCAGTGACTTGGAGGATTTGGAAGAAGAAAACATTGATATTATCTGTTTTGCCATTTGTGAGAGAGTTTGTAATCAATCACCACTGACCCTTGAACAGCATGGGTTTGCAGCGTGTGGGCCCACTTGTAGGCTGCTTGTTTTCAGTAAGCATGCAGTCCTGCACGGTCTGCACTCAGTTGCTCTGGGATATGGAGGCAGCTGTGGGACTTGAGCATCTGTGCACTAGCACATCCCAGCAGGCCCTGGAACAGTCCCCGCAGGCACAGAGGCCCTGCAGATACTCAGCTTGTGAAGAAAATGAATGATTCTTATCGCTTGCTTTTTTTTTTTTTTTAATTTAACTGC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CTAGTGGTTTTTACTACTTTCTTCAATTTAAGCCTGAAATTTGCAATAAGGAGCTCATGATCTGAGGCACAATCAGCTCCAGGTCTTGTTTCTGCTGAATGTGTAGAGAGAGCTTCTCCATATTCAACTGCAAAGAATATAATCAATCTGATTTCTGTATTGACCATCTGGTGATAGTCATGTGTAGAGTCATCTCTCGTGTTGTTGGAAGAGGGTGTTCGCTATGACCAGTGCATTCTCTCGGCAAAATTCTTGTTATCCTTTGACCTGCTTCATTTTGTACTCCAAGGCCAAACTTGCCTGTTACTCCAGGTATCTCTGAACATCCTACTTTTCTATTCCAATCCACTAGGATGAAAAAAACACCTTTTGGGGGTGTTAGTTCTAGAAGGTCTTGTAGCTCTTCATAGAAACATTGGACTTCAGCTTCTTTGGAATTAGTGGTTGGGGCATAGACTTGTATTATGTGACGTTAAATGATTTTCCTTGGAAACAAACCGACATCATTCTGTCGTTTTTGAGTCTGCACGCAAGTACTGCATTTTGATCTCTTTTGTTGACTTTGAGGGCTACCCTATTTCTTCTAAGGGATTTTTGCCCACAGTGGTAGATGTTATGGTCATCAGAGTTAAATTCGCCCATTCCTATTCATTTTAGTTCATTGATTTGTAAAGATGTTGATGTTCATTCCTGCCATCTCCTGCTTATGTACGTCCAGTTTACCTTGATTCATGGACCTGGCATTCTAGGTTCCTATGCAGTATTGTTCTTTACAACATCAGACTTTACTTTCTCCACCAGACACATCTATACTAATTTTAATATAGATTCTAGAATTTTTAGGTCTTTCATTCAATTTCTCTTAAAAGTCATTGATTCTTTCTAGCTTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTAAATTAAGTGCCATACTTTATTTTATTGTTCCTTACCTTCATTTCTTGAACCTTTTTCAAGCTTTCGAATTTGTTTTCCTGTATTGCCTTTCTGCAGGTTTCCTCAGTTGATGAGGTCGATGTGCTTTTGAACAACATAAGAAGCCAGTGGGAGTTCAGATTGTTTTGTGTTTTCCCTATCAGTTTGGTATTCTGATTGAATTATGGAAGTTGAGCATTTTGTGTCCCTTTGAAAACAAAGAATCCCTGAATTTAAAAATTAATTTTTAATCATTCTACTCTTACCATCAATGATTGATTGTTTATGAATTCATTTTTATATTGTTTCATGCTTTAATAATTGGCGTTAACACATTGCTTTACATACAGTGTCAAATTTTTTTCGTAAATACTTATGACATTACATTATTTTTAGGTCATTTCTCTAGGTACTCCTAATATTGATTCTTTTAATAAACTTCATCTTTTGTAACCTAGAAACTTGCTGGCATACATGCTTTAAAATAGAAGTTTAATTCTATTTATCAAGACAATATTTATTGTCCAGGGTGTTGTAGTTTTTGTTGATTGCCAGGTTAAGAAGATTTTTTGTTTATTTGTTTTCCATTTACTCTTTTTTTCCCCTATAGTGTTTTTATGAAGATGACAGCTAATATTCTTTTTTGCTTTTTGGAAATATGACAGATTATGTAGACAACAGGAGAGAGAATTTAATTTTAAAAAATTGTGGAAAAATTATTCAAGTGACTGTGAATATAGAATATGCTGAAATAGTTGAAACAAAAGCACCTGATAGGTGCATGAGTATCTCTGGGGAGCTTCTGACATGTCTGTAGAATTTGTGTATACAGACCAGTACACATGTGCGTGTCAAGACCACACATGGGGGAGACCTGCTGCCCTGGAGGTGACTCAGCCCATGCCCCTTGTTTGCGGTCTGGGTGCTTTTCTGAGTGGGTCGCACTTACTGGAAACATTATGGAAGCACTGTGTTTGCTGTGTCCTCCAG
Seq C2 exon
GTCGGATCCGCACGCGACGGCAGAGCTCCGGGAGTGCCACCAACGTCGCCTCTACACCTGCCGATAGTCGGGGCCGCAGTCGCGCCAAAGTGGTCTCGCAGTCCCAGC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000019781:ENSBTAT00000065657:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]