DreINT0047178 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000010280 | clasp1a
Description
cytoplasmic linker associated protein 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081104-520]
Coordinates
chr9:38437562-38441666:+
Coord C1 exon
chr9:38437562-38437732
Coord A exon
chr9:38437733-38441558
Coord C2 exon
chr9:38441559-38441666
Length
3826 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGA
5' ss Score
6.04
3' ss Seq
ATGCTGTTTTTCACCTACAGGTC
3' ss Score
12.09
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAAAGTGATCGGCTCTCGGGTGTCCTCATCGTCTGGTTCCCTCCAGCGCTCTCGCAGTGACATTGACGTGAACGCAGCCTCCAGTGCCAAATCTCGCATGTCCACCGCAACCTCGCCATCCCCTTTCAGCGCAGCTGCAGCCCTGCCGCCAGGCTCCTATGCCTCTCTGG
Seq A exon
GTGAGACCTCAGCACACTTCATCTATCTTTTCCCCTCTTTCATCCTTAATTAGGAATTTTAATAAAATAGCCATGAAAATCAGTGGCTTTTATGGCTGCAGCGGCCCATTAATAAAACTGATGGGCACCAAAGATGCTATTAAGCTGCTCTGTGATGAGGAACAAACGATAAGTGTGTGCCACGGATCTTCTAAAACAGATTTGTTTTGCCTTTAGCTTTTTTTTTTTCAAAAAGACTTTAGTTATTTTAAGAGAGAATTAATATCTGATTTCCGAGGAAAATTGGATTAGCCTCTAATCAGAGATTTGAGACCACTGGATCTGGTGGATCTGGTGGCAACAATACCCGACTTGGCCCACACGAAATCTGCACCCTTTTAGCCCGTCTATGAGTCTCTTAATTTACTTATGTAAATGTGTGTATATACTATAATTATAAACTATTAAATAATATCCAAATGTTTATGTGATTTATGTTCAATACAGTTAGTAAAGTAATGTTTTCTGTCTTTTGGTAGATATGTGCTGTTATATGAGAGGCTTACTTTGTTTTCCAAAAAAATGGTTCTATCTGGATTTGCACTAGAAACCTTAAAGTTAAAAAGTTACGTTTTTAGTTAATATACTCACAAAAACATTTTGCAAAGATCTGCAGAAAAGCAAAAAAAATTCACAGATTCCGTCTGTTACTAATCACGACTGATCATTTACAAAATCAAAGTTTGTATTTACATAATAAATGTGTGTGTACTGCGTATTTCTACTTTGTATATATAAACGTAAGCACATACATGTGTATATTTTTTAAAATAAAAACATTTTTACATTATTTGTATATAATTTTAGATTTTATGTGAATATATTTAATATATAATATATGCATTTTATATATGTATTTTATTTCATAAAATAAACATTTTTATATAATTTTTTATATTATTTATATATAATACTAATATACACAGTACACACAAAATTATGTAAATGAAAACTTATTTTATTTTGTATTTGATTAGTCATGATTAATCGTTTAGCTGCGTTCTGCCATGTGATATTAATCATTTTAAAATTTTTGTCTCTGAAATGCTTATTTGACAGTAGCTTAAGTAACAGGATAATGAGTTGTGACCCAGATTTAAATGTACTTATATTAACAAAAACAATACCATCTGAAAAAAATGTAAAATCCTCACCTTTTTATAAAAGCTTAAGCTTTTAAACTAAACATTTTACATTACAGTTCAGTACAGTTTTATCACTATAAAACACATTTTTTGTGGCTTATCTCTTCATTTATCTTTTGGTTTTCTCAGAGCTTGTTGAAGATATTTTTTAACTCGTCAGTTCTCACAATATATGTTTATTATTTATTCATCCCAGGAAAATATACTTTCTTAATTGTTTCTTTATGCACCAAGCAGAACTCGACACCTAACATTTGACCAGTAACACCCTGTTACTTTTGTCTGTATAATCTTTTCTCTTTCCCCCCTAATCCCATGATTCATTATAAATGATCAAAGAGATTTTATTTCCTTACTTGCAGTCAAACTCACTGTAGCTCCCGTGTGCTTCCATGCAAGGCCTGTTTCTGAGCAGATCCCTGTCTTCCACGCTTCCATGGGCTTAACTGACTCTAACCTCTGCCTCTTATGCCTCTCCTCTCCTCCACCCTGCACTCCTCCCCTGCTTTTGTTTTTGTGCTTTTTGCCCCAAAGATGGTGCTCCTGGTAAAATAGATGGTAAGATGTATGTGTATGTATGTATGTATGTATGTGTGTGTGTGAATGTCCACCCTCTGTGTTGTCGGAGGGATTCAAGCAAAGTTACTTTGTCTACTTTGTCAATTAACAACTGTACACCTGGAGATTTGATTATTTTAGTGGTCTGCATGACCTGTTTGCATGACATATTATCCCCCTCCACAACTGAAAATAACAGTAGTTCAGAAAAAATAGAAATGTTCAATCAAAGGGATAGTTCCTTTCAGCCGTCGTTTACACACCTGTTACTTGTTCCAAACCACTTAGATTTTTTTCTGTTCTGTTAAACACAAAAGAAGATATTTTGAAGAATGTTTGAAACCTGTAACTATTGACTTTTATAGTTTGTGTTTAACAGAAGAAAGAAATTCATAAACGTTTAGAACCACTTTTTGGGTGTACTATCCCTTTAATATTGTCTGTGTCAGTTGTGTGGCACATGTGTTATGTCACTTGTCTTAAGAAAAGTGATTGAAAATCATTGCATAAATGTTTAGGAAAGTGTGGTATTTGTTCAGTTTATCGTGTTTGGGTAGCATAAAACATACAATATTAAAACTTTTATGTTTACACCTACACTTTGTGACCAGTAAGATAATGTGTATATATACAAACAACCTTACAAAAGTCTTGTCGATCCCACTTGTAAGAGCAACTAGTAATAACTTCTAGTTGATCATTTGGAAAAATGGCAGAAGGTAGATTTTTCCGATGAATCATCTGTTGAACTGCATGCCAATCATCAAAAATACTGCAGAAGACCTATTGGAACATGCATGGACCCAAGATTCTCATGGAAATCAGTAAACTTTGGTGAAGGAAAAATCATGGTTTGGGGTTACATTCAGTATGGGGGCCTGTGAGAGATCTGCAGAGTGGATGGCAACATCACCAGCCTGAGGTATCAAGACATTTTTGCTGGCCATTACATTACAAACTACAGGAGAGGGCAAATTCTTTAGCAGCCTCCACATCATAGTTCCTGAAAGCAAAGAAACTCAAGGTGCTCCAGGATTGGCCAGTGTAGTCACCAGACATGAACATTATTGAGCATGTCAGGGGTAAGATAGAGGAGGCATTGAAGATGAACACACAGAATCTTGATGAGCTCTGCAAGAATGCTTTCTTTGCCATTGCAGTTGACTGGTGCAAGCTCATAGGAGTCATGCACGATATTAATTCTTTATCTCTTTTTCCACTGCACCATGACTTTATATTTTATACTGTACATTATTTCTGTTAGGTGACAAGACTTTTGTCTAAGCAAAGTCAGACCTTACTGTCCAAATTAAATAATTAAAAATCAAGGCATGATCACATTTTATTTCCTTTGCCTTTCATATAAGCCACTTTTGAGACCAAATGATCAACTAGAAGTCAAGTTATTATTTGTTGTTCCTAAAAACTGCATAGTTAACAAGACTTTTGTCAGGTAGTGTATTGTATAGGAAATCAATAGTAATTATCAGTCCATCAAAACTTAATTTTGTTTGATAAAAAAAATTTAATGTAATTAAAATTTAAATAAATAATAATTTTGTGTTAAATGATTGCACTTTAAAATAACTCTTTTCTGTTTAATGTATTAAAACAGTAAATTATTCTAGTGCTTGCAATGTTAGATTTGTAGCAGCCATTAATCCTTTAATGTTCATTTGATTTTATTTTTTGATCATTTGATTCATAGAACTACATTTTACAAGTATTTTTTGAGCTCATGTTTATTTCACTGCATTATGAAATCAATTCTTTCTAAAAATTCTATCTACGTACCTTTCAGTGCACATTTGATCAGTTTAAATTGTCTGTGCTGAACAAAACAATTCATAGCTTTCCAAATAGATAAGTAAAATAAAAACAAGTCGAGCAAGTCACCTATTGGTCAGACTATTTGGATTGTTTTCATTAGGGAAATCTTTTTGTTTGTCCTCAGTATTCCTGTCCTTTAATTGTTGTTGGTAAAACCTTTGAGTCTGTCTCTATGTATCAGTCACTTTAAATCTCTTTCCTCTCAGGTTTCTGTTTCACAAATATCTTTTGCTCATGCTGTTTTTCACCTACAG
Seq C2 exon
GTCGTGTTCGGACCAGAAGGCAGAGCTCAGGGAGTGCGGTAAGCGCCAACAGCACTGTGACAGACAGCCGTGGCCGAAGCAGAGCTAAAGTCGTGTCTCAGTCCCAGC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000010280:ENSDART00000137955:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]