GgaINT0049989 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011645 | CLASP1
Description
cytoplasmic linker associated protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17088]
Coordinates
chr7:25648596-25657162:-
Coord C1 exon
chr7:25656992-25657162
Coord A exon
chr7:25648704-25656991
Coord C2 exon
chr7:25648596-25648703
Length
8288 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAAT
5' ss Score
6.62
3' ss Seq
TGGTCTTTGCATTCCTCCAGGTC
3' ss Score
10.47
Exon sequences
Seq C1 exon
CATCTACAGTAAGTACAAAATCTGTGTCAACACCAGGATCTCTGCAGCGATCCCGCAGTGACGTTGATGTGAATGCAGCAGCTAGTGCCAAGTCAAAAGTGACATCTTCTGGAGCATCCACCCCCTTCAGTTCTGCTGCAGCCCTGCCCCCAGGCTCATATGCATCACTAG
Seq A exon
GTAAATCTATATGTTCTACTGTTGCAGTCAGCTTTCTTTACTCTCAGGAAGTGCCTAGATAACTTGATTTGAACGTCAAACTCCGTAACTGGAAGAACATTTCTCTGAGATGGCTAACAGTTCTTGGGTATTAATGTGCAATCTCTTGCCTTTTGCAAGCAAAAAATTTGCAAAGGAACTGACTTGGGACAACTTGCCATTTTTGTGAATTGTTTTGATAGTCTCAGCCTTTTCTCTGGGGAAGAGCAGATCTTGTTCTGGTTCCATGATGCTGTTGAGGAAAATGCTTAGTGCTCTATTACTTTTGACATTCCCTTCTGTCTCCTTCCCTTCTCCTTCTTACCTCTTTCCTTGACACTGGTTTTCCATGAATTGTTCTGTGCTTTGAGAAGTACATCTTTGTTGAGTTTGATTACTTTGTTTTGCAAAAAGATACAGAAGCGAAGAAAAGCAGACCTTTCCATTTCATCACACAGTTGGGATGTAAGATATTGCTGACTCTTTGGATTATAGCCACACTGTGCTATTTTGTCCAAGCACTGAATATCACTGTCAGGTACACACCAGTGTTTCTTACAGCAAAGTTTGCATTTGATCTTTCTCTCCTGGAGATGATGCTGCTAATTTGCTAAAGCAGGAAGTGCAGGGCAGTGACCAACACCAAATAATTCCATGTTCTGCAGATTGCATACTAATCTAATTCTTGAGGTTTTTATTGATTTCTTTACCTTTACAAGAGGGAGAAAAATTGGATGCCTACTGCGTGTCACAGTCAGTGGTCTTGATTTGAGCTGTGCCGATAGCCTTCATTCCTTCCTCGAGTCAGCTGAAATGTAGTTTTTCCGTAGTGTTGAGCATTTGATCTTATTTCAAATAAAATAAGGATGCTTTTTATAGATTCCCTTTGTAGAAATATTTCTTCTATATCTGAAGTCCTTTATAGTGTCTTTAATGTATTGGTTTTATTTGCTTCAGAAGTTCATGTTTTATTCTGACTTATATTGCTTGTTCATATTTAGTTCAAGATTTAGATGCGTTGCAGTGAGCACTTAATACAGATCCTGGAGTTGATTGCTTAAGAGTGTGCTTTCAGAACTTAAGGACACAGCCACCCTTTAGATGCACGGTGTACTGGCTTCAGTGGCAAATGTGCTTTTGCACTATCGTGTGTCATGAAGAAGAACAGAAAGTGGGGAAGAATATCTTAAAGCTGGTTTTGTCCTCAAAGCCTGGAAACTGAGTACAGTGTTATTCTTGCTGTTAAGACACCTGAAGGAGAAAACCAGGACATGTGCTGTGTTTCTTCAAGTTATGCAAGCATGGCTGCTCCTAAAGGAGTCTGTTTCCTTTTGAGCTTGCAGGGATGCTTGTTATCTTTGCGTCTCCATGAGAGAAATGGTGAGGCAAACAAAGAAAATGGGGTTTGACAAACATTAGATGTACGTGGAAAGAAAAACTTGTAACCTTGTTCTACAGATTCACCAAGCTTTGATTTGTTGCTCAAACTTCTTGCATTTGTTTGTGTTGATTTGTTTTCCATACTTCTCTAGCTAATATATAGTGCCCATTTCTGCTGATGTTAATAATTCTTCCCTATTAATCCTTGCCTTATTTTTTTTTAATTTGCTTAAAGATGGTACTACCACTAAAACTGAGGGTAAGCAGTCTCTCTGTGTAACTGAGATGTGTCTACAGTCGTACCACTCTACCTGGTCTGTTCTCAAAGTGTTACTGATTCTCATCCATGTTCACTGGTGACCTGCATGAAGTGTTGCATGGTTGTCCTGCTCATTTTGATGCCATGGGGTGTTCTTCACTTTCTCTTCAAGCTGCTCCCTGCTAATGGCACTATTCTGGTTTCATGACTGATTTCTAATCACAGAATTGCATGTGTGTCTTCCTATTTACAGCAGCGCTTTTGGTTGACGGTGACCTGAGCACAGATTACAAAAGCAGGGCTTGTGTTTTCTTACTCTATGTTGTGTAAAGGTTTGCTGTGTTTTTCCATCCAAAGCTCAGGTCACAACTGCCAAATGCTTTCAGGAAGAGACTGGGCAGCAAGAGAATTGAATGAGATGATCACATGGCAGAAAAATGAGGACAGTAAACAATGATCTCTAGGGAAGGAGTATTTAGTCAGCCTCTTTAAACCTGAGCTCTCTCTATTGTTAACTGAGATGGCTTACATCTAAAACAGTTGGAGGAAAGTTTTTCTCAAGAACGCGGAGCCTGCTAGTTTGGGAAGGCCTGCAGTCTGGTTGGTTATCTGGCTTTTTGTCAAAGCTTATTCTTTATTTCTTACTTCTCAAGCAAAACAAAATCACTGGGAAACTTTTTTTTGAGGCAGACAGGGACTGAAAACAAGGCCTTCTACGTATAATGCAGACACCCCCGACCCAACCAATTTTGTCCTGTTAGAAGTCTCTTTTCAAGGGATCTATTACTGTTTGATGGGACTGTGTTAGTAGCCCTGATGAGTGCTTGTATTTGGTTGTGGTGTTCTGAGAAGTGCTGCTGTGCTGCTATCACGCATTTTCTTTCCTTCCTATTATTGATGCATCAATTTAATATTTAGTGGGAGAAGTGTCTACCATCTTCAGAACTGGCTCTTAAACTTACGGTTGGAAGGTGAACTCGTGTTCAGAATCATGAACAACTGTTTATCGTTTGTGATCTCTCAGTGATAAGGAATATGAAGTTGGCCTAAATGCCTGTATTTAAGTCCATGTCAGATTAAATGAAGGTTCCGGGCTGTTTTAATCCTTAGTTTTTTTAAAATTCACTGACCCTTCTTTTTCATTTCTTCTCCATAGTTTTCAAAATTCTCTTTTTTCCCTAACGTAGAAACAATGAATGTTTAATGTGAATTTCTGAAATAGCCTACGCAATGTACAGATCCTCTCCTGGACTGTAATGGTGTTTGTGGAGGTCTGTTCCAGGAGCTGTCCTCCGATATGCCTTCACTTTTAGTTTATTAAATGCTCTATTGTCATTATGCAAAATATTTTTTTAATTAGGGTTGTTTTCCTTTAATTTGACTACACTGGATACAGATGGGGTTTGGTAAGAAATCTGTAATAGAAACCAGCCAGTTGCTTGCTGGGGGGGAAGGTTGGGGAATGAACTTTCAAAAACTGCTTTTTGTTGCCTTTGTGTTAAATATGAGATCTCATCTCTTTTGCTGTAGGATTCTTTTTTGAAGGGGGGAGCAGGGGTCACAAAGGGTTCTGGCATTGTGGCACACCACAGCCAGAGCCCTTGAAGGATGAGTTTAATCACTGATTGAAACTCGTTGTCATCTTTGTTTCTCTTTGTCACAGCAAAAAACAGACTTCAGATGGCGATTTGTTGCCTCCTTCAGATGAGGGCGCAGAGAGGGGTCTTTTGCCAACTCTGATCTTGCAGAGTTGTCAGTAGTGTAGAGAAGGCAAAACTTTATATTCTTAGAAACGACAATTAACAGAGCCCAGTGTGACCTTTTTCTGGACATAGCTGTGTGGGCAGGAGATGAACTGTGAACAGCAAGCAGAAGTTCCTTCTGCATGTATGCCTCTGTTTTGTTGCAGGTTACCAGGATCTACAACAAGAGCAAATCCTTATTTTCTTTTCCTCTGTGTGTGTACGTGCACGTCGTTCAGCATTAAGTTTAATCTGCAGTCTGGCTCCCATTGTGGCTTTTTGTAGTTGCAGTGTAGAAGTTTTGCACCTTCCCCTCAGCTGGGAGCCAGCATTGTGCAAACTTGGCAGTTCCCCTCTGCTCTGCCCTTGGTTCTCCTCAGTGTTTTGGTTTTGAGCCAGGCATCTCAAAAGAGGAGCAAGATAAAAGTGGCTTGTGCCACTGGCAAGCTAAGAGGAGAGTATGTCTTTGTTTTTAAGTGGTCTTTGGTTTTAAGTGGTGTCACCTCAGCAAATGTTGCAAAAGTGCTCTTCTTTGTGGAAGGGTAGCATGAATCTATATACAGCTTTAATCTGTATAGGTGATCTGCCTGTGTGCTGAGAGTTTGTGTCTTCATGTATGTTTTGATAACCCAGACCTTTGTGTATAGCTGTCTCCAGAACGTCATGAAGAGTTCAGTAGGCAGAATGCCTGTTAAGAGCTAAACCTTTTTAGTCTTGATGGGGATTTTACAGCTTGTGCCATGCAAGTAACAGTTGTGCTCTAAATCCTTGTTGTTGTGCGTGACTAAAAAGAAACTTCAGAGAAGTTTCTGCTTTTTATCATGGAAGTTTTTCAAGTCTGTCCCCAAACTGACAAGTTTATAACTAACAATTGGCATTTTCCAGTCTCAGTGGCACAATTCCTAATAATATTTATTGCTCTCCAGAAAGAAAATAAAGTCTGATTGATCATTGTTCTCAAATAATTTGGACTTAAAAAGGTCGAGCGTCTTGAGCCTTAACAAAGGCTTTGGATAACAGCTTCAAGAAATGACTCTTCCTGTTTTTTTCTCTGCTTTAAAGCTCTTCATTGTCCTCAGCGACAAGGTTTAACTCAAAGATAGGACTGATGATGGTAGCTTAAACTGAAATGCTTAGGTAGTAGGTTTCTCTCTTCTCTTGGTTGAGCCCTTTGCAAGTGCTGGCATGAGTTGCCTGTGCATACTGATGTAGAGCAGCGCAGTGCTGCTTTTGCTCCTTCAGCTCTCTGCTCTGTCAGAAGATCTTATACAAAACCAAACGACAGCATATACTGATGGTTTACGGAAAGGATAGGGTGTGTATCAGGGGAAATTGTGCTGCTAAGTTAGATCACGTACTGGTAATGTTGGACTTGTGCTGTGTGTGGAATCTGTAGCTTGCATACTGTAAGAAGGATCTATTTTTACAGGTTGACATACAAATCACATAACTGTGTGTATTCTTCACAAATGTATCACCACCAAATGACACACGTACACCTAGGGGGATCCCAGGGGCTCTTTCAGGATTTTTCTCTTTTTCCAAGTTGGGAAAAAACCCAGGGAATACATGATCTGATCTGTGATACCATTACCGTCCCA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Seq C2 exon
GTCGGATTCGTACGAGGAGGCAGAGCTCTGGCAGTGCTACCAGCGTCACCTCAACACCTGCTGACACCCGAGGCCGCAGCCGGGCTAAAGTGGTTTCCCAGTCCCAGC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011645:ENSGALT00000019030:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]