BtaINT0039277 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000010948 | CLIC2
Description
Bos taurus chloride intracellular channel 2 (CLIC2), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001081727]
Coordinates
chrX:38512023-38520189:+
Coord C1 exon
chrX:38512023-38512148
Coord A exon
chrX:38512149-38520082
Coord C2 exon
chrX:38520083-38520189
Length
7934 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACAG
5' ss Score
8.04
3' ss Seq
CAGTGATATTTCTTTTTAAGGTA
3' ss Score
7.9
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAGCCCAAAGAGCTGAAGGACTTAGCCCCAGGCACCAATCCGCCCTTCCTGGTATATAACAAGGAGTTGAAAACAGACTTCATTAAAATTGAGGAGTTTCTAGAGCAGACACTGGCTCCTCCAAG
Seq A exon
GTACAGCATTTTTACAGGATATTATTGTTTGAGATGATCTATTTTATCGGCTTATTTATTGCAGGTTGAGGATTTTTCTAGACATTTCCTTTTCAGTTTTGCTCTTTCTAGAAAAGTTTGCAAAGATCCCCCCGATCACTCCATATATGATTAGAAAACTTTTGTTTTGTTGTTGTTATTCGGTTGCTAAGTCGTGTCTGACACTTTGCAACCTGATGGACTGCAACACGCCAGGCTCCCCTGTCCTTCACTGTCTCCCAGAGTTTGCTCAGATTTATGTCCATTGAGTCAGTGATGTTATTTAACCACCTCATCCTTTGCCACCCTTTTCTCCAATTTTGCCTTAAGTCTTTCCCAGAATCAGGGTCTTTTCCAGTGAGTTGTTTATATTTTTCCTGGCAATTTTTATTCCAGCTTGTGATTCATCCAGCCCAGCATTTCATATGATGTACTCTGCCTATAAGTTAAATGAGCAGGGTGAAAATATACAGACTTGTCAAACTTTTTGCCCAGTTTTAAGCCAGTCAGTTGTTTCATGTTCAGTTCTAACTGTTGCTTCTTGACTCACATACAGGTTTCTCAGGAGGCAGGTAAGGTGGTCTAGTATTCCCACCTCTTGAAGAATTTTACACAGTTTGTTGTGACTCACACAGTCAAAGGCTTTAGTGTAGTCAATGAAGCAGAAGTAGATGTTTTTCTGGAATTCTCCTGGTTTTCCAATGCTACACCGGATGTTGGCAATTTGATCTCTGGTTCTGTGCCTTTTCTAAAACCAGCTTGAACATCTGGAAGTTCATGGCTCATGTAGTGTTGAAGCCTGGCTTGGAGAATTTTGACCATTACTTTAGCATGTGAGGTGAGTGCAATTATGTGGTAGTTTGAGCATTCCTTGGCATTGCCCTTCTTTGGGATTGGAATGAAAACTAACCTTTGCCAGTCCTGTGGCCACTGCTGAGTTTTCCAAATTTGCTGGCATATTGAGTGCAGCACTTTAACAGCATCATCTTTAAGGATTTGAAATAGCTCAACTGGAATTCCACCACCTCCACTAGCTTTGTTTGTAGTAATGCTTCCTAAGGCCCACTTGACTTCACATTCCAGGATGTCTGGCTCTAGGTGAGTGACCACACCATCGTGGTTATCTGGGTCATTAAGACCTTTTTTGTATAGTTCCTCTGTGTATTCTTCCCACCTTTTCTTAATCTCTTCTGCTTCTGTTAGGTCCATACAGTTTCTGTCCTTTATCATGCCCATATTTGCACGAAATGTTCCCTTGATATCTCTAACTTTCTTGAAGAGATCTCTGGTCTTTCCCTTTCTGTTGTTTTCCTCTATTTGCATTGTTCATTTAACAAGGCCTTGTTATCTCTCCTTGCTATTGTCTGGAACTCTTCATTCAGTTAGGTATATGTTTCCCTTTCTCCCTTGTTTTTTGCCTCTCTTCTTTTCAAGCTATTTGTAAGTGTTCCTCACCCAACCACTTTACCTTTTTGCATTTCTTTTTCTTTGCAATGGTTTTGGTCACTGCCTCCTGTACAAAGTTATGAACTTCTGTCCATTGTTCTATAGGCACTCTATCAGATCCAATTCCTTGAATCTATTCATCATCTCCACTGTATAATCATAAGGGATTTGACTTATGTCATACCTGAATGGCCTATTTTTAGACCTCTATTTTGTTCTTTCTAGAAAAGTTTGCAAAGATTCACCCTGATCACCCCATATATGATTAGAAAACTTACATATATTAAAACTTTATGAGATGCAAGTAGTGTGTTAAAATTTTAATTTAATTTTAGCCACATTGTCTAATCCATAATGAGGTTTGGGGACACTTATACTAGCAGAAATCAGATTTATTTTATTGTATAGCCCTCAGAAGATCTACAATTTTGAAATAGCCTTTAATTCAGTCTGATCTCTTAGTTCTGCAGGGGAGAAATATTATGTCTATCATGCATAAACTTCCCCCTTTGACTTCAAAGACACAAAGACCATCAATATAACATTTAAAATTATTTTTAAAATGCATAACTTACTTAAATTAAAAAAAGTAAATTCTCTGTAGTCTAGAAATAGAGAAGAAACCATTGGAGGGTTGGGAGTGAGGGTATGGGATAATAGCAGTGTAAAGTCCATGAGGACTGATGAAGACTAGCTCATTATATCACTGATGGCATGAAAGGAGAACATACCTAACACAAGAAAACCAGGAAACAGGTATCTCTCAATTAGCTAGAGGCCATAACTGCAATGTCTACACTTGAATGACAGCTGTACGTCTCTGCCCACCCAGAATAGTGTCTGAAAATAATAAGACTACTGTATTCATTTTAAATTGTTGTTCAACAAACTCAGTGTCTTAAAATATCACTCATTTATTATCTCACAGTTTTCATCAGTCAGAAGTCTGGCTGTAAGCTTAAAACTGCTCTAAAAAAGTAAAGTCTTAATGTTTATGTATACATTATAAATAAAAGGGTCTATCAGTACAAAATTCTTCCTACCTAAGAAACTAGGGATAATATTTAAGATTCTTTTCTGTGTTCCTATACTATGTCTCTTTCATCCATTAGTGATGGCTTCCTGTATTTTAAGCACTTGTTCCAAGTTTGTCCTTTAAGTATGGAGTCTTATTTTGTTATTTTCTCCTCATCCATCTTCCTCTACTACTGAATCCCCTCAAACCACCTGCTCCCCAACCTTTTCGTGATCCCAAAGGTAACTAATGAAAAATAATCTATGATGTATGTTTCTATACCCTTCTTATGCTCATATAAACACAATAATAGTAAGCATAATTTATGCGTCTTGCTTATCTGGCTTCAGAAAGCATTTTTTAATATACATCAACTCCACTAGTGTAGATTTATGCTTACTATAATTGTGCTGCAAGTTGCCAAATGATTCCTCTACTGATGGACATTCCCTTTCCTTTCAGTTTTTTTATCACTACAAACTGCTATAAATAACATCCTTTCTCATGTGTCCTTATGTACTGGTGTTTTTATTCCTGTGGAATAGATTCACAGGAACAAAATTCAAATGGCATATATCTTTTAAAATTTTTTACTGCTTTATCCACAAGGATACACTTTTTCAAAGTATCTTTAATACTATGCATTATCATTCTTTTAACATCTGTGTCACCCAGATGGGTTTAGTGATAGCTCACTGATACATCAGTTTGCATTTCTTCTAACATGTGATCTCGAGTAAACTTCTGGTTCCCAATGTATAATAGCTTGGGTCCTCGCTGATGTCTTTTCAGAAGATCTCAGCTGTCTCTGAGAGATCCTTCAGGACCCATGGCCCACATGCCCAGCGGAAGGCTCCTTCAAGTCTTTTTTAAAGGCAAAATGTTGGCTTTTAGTAAATATGGATGGTGGGTACATGGGCATTTCTTTTTTGTATGCTATTCTCTGTATCTTTTGTTAAACTTCAAAACTTCAGAATTAGCGATGAATTTTCATGCCTCCATACAATGGAATACCATACAGTCATTGAAAAATGTGTCTGAAAAGTACTGAAGTATAGTTGTCATATAACATTGTGTAAGTTTAAGGTATACAACATGTTGATTAAATACGTTTACATATTACAGTATGTTTACCAACCTAGTATTAGCTAATACCTCTATTCCATCACATAATTATCATTTATTTTTAGTGGTAATAATGGTTAAGATCTACTGTATTAGCAACTTTGAAATTTATAATACAGTATTATTGACTATAATCTCTAGGCAGTGGATTCAATTTCCTGAACTTATTTATATACTAGTTGCAAGTTTTTACTTTTAAATAACATCTTCCCAATTCTTCCATTCCCCATCCTGTCTCTTGTGACCACCATTCTACTCTCTATTTTTATGAGTTTGGCTTTTTAAGGTTCCATATGTAAGTGATATCATATAGTATTAGTCTTTCTCTGTCCGACTTACCATAATGTTCACAAGATCCATTCATGTGCGCACAAATGGCAGGATTTCCTCCTTTTTCATGGCTAATATCCATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAATAAAACCACATTTATTCATTCATCCACTGATGGACACTCAGGTTGTCTTAAGTGTCTAGTGTTATTTGGTGAAATTTTGTAGATTTCTGTTTTTATTTTGGTTCTATACCTTTCATATTAAATTATTTCTAAATATTTTATATATCTGTCACTTTTGTAAGTGGAATATGTTACTAATATCCATTTTGTTATGGCTATTTCTTTAATGTTTGATTTGTATTTAGCCACCTTATCAAAATATCTCATTAATTCTAGCAATTATTTTGGCTAGAAAAGGCAATCTTGTCTTGCATTTTATAGGCATACAGTTATATTATTACTTCTCTTCCAATAATTATACTGATTGCTTTATGTTGTTGTTTTTCTCCACTTGCTAAAACCTCAGAAAATGTCAACTATAATAGCAATCATAGGCATTTCTGTCTTGTTGCCTAAACTTTATGTACAAAACGTAGTCACCCCCAGAATGGTATTTTTCCTTGTCTCACAAGTTAGTACATTCAGCACAATATTGAAGAGCCATAGTTATCATGATTATCCTCATCCTTTACTGACTTTAAAGGGAATAGTTGTGACATTTCACCATTTAAAATACTTTCTGAAAGTTGTTGATGGATACATTTGACCAAGTTAAAGAAATTAATTGACTCATGTCATCATTTAACAAATGTTTACTGAATATTTATTATGTGTCAGGTACTATTCTAGGCACTTGGGACACATCAGTGAATAAAACGGGCAAAGTCTCTCTGCCCTAGCAGAACTTACATTTTAGTTAGGGAAGACAGCAAATAAGCAAGAGAAAAAGCAAACTATGAACTATTTTAGATGATGATAAATATGAAGAAAAAGTAAAGCAAGGGAGGGAAGTAGTGGGTATTTGGGACAAGGGAGAGGTTGCAACGTCAGATAAGGTGGCCAGTGAAAGGCCTCACTTAGGAGGAGATATCAGATTT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Seq C2 exon
GTATCCTCACTTGAGTCCCAGGAACAAGGAGTCCTTTGATGTGGGCTGTAATCTCTTTGCCAAGTTTTCTGCATACATTAAGAATACACAAAAGGAGGCCAATAAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000010948:ENSBTAT00000014537:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.140 A=NA C2=0.027
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134171=GST_N_3=FE(57.5=100),PF134101=GST_C_2=PU(16.0=53.5)
A:
NA
C2:
PF134171=GST_N_3=PD(0.1=0.0),PF134101=GST_C_2=FE(25.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]