BtaINT0040259 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000001847 | CNTLN
Description
centlein, centrosomal protein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23432]
Coordinates
chr8:27136021-27146087:-
Coord C1 exon
chr8:27145925-27146087
Coord A exon
chr8:27136216-27145924
Coord C2 exon
chr8:27136021-27136215
Length
9709 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTATGC
5' ss Score
5.06
3' ss Seq
GGATATATTTTTTAAAACAGCTT
3' ss Score
3.68
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGGAGTTGCAGGAGCTACAGAATCTTTACAAACAGAACAGTGCACATACAGCACAGCAAGCCGAGCTGATCCAGCAGCTTCAGGTTCTGAATATGGACACACAGAAAGTACTGAGGAACCAGGAAGATGTTCACACAGCTGAAAGTATATCGTATCAAAAA
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTTTACAATGAATTACATATTTGTTTTGAAACCACAAAATCAAGTGAAGCTATGCTCCGACAAAGTGTTGTTACTCTTCAGGATCAGCTATTTCAAAAAGAGCAAGAAAATGCTAAATTAAAAGAAAAGCTTCAGCAATCACAAGAAACACTCTATCCTTTACCTCGAGAATGTGATTCAGACCGCTCAGAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000001847:ENSBTAT00000061355:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.055 A=NA C2=0.323
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]