BtaINT0044554 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000005784 | CSMD2
Description
CUB and Sushi multiple domains 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19290]
Coordinates
chr3:112857188-112870798:+
Coord C1 exon
chr3:112857188-112857376
Coord A exon
chr3:112857377-112870624
Coord C2 exon
chr3:112870625-112870798
Length
13248 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCTGTAAGT
5' ss Score
7.96
3' ss Seq
ACGTCTACTCTTCCCCACAGTGG
3' ss Score
9.16
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TGGTGTCCTGTGGCCATCCAGGCTCCCCGCCCCATTCCCAGATGTCCGGGGACAGCTATACAGTGGGGGCAGTCGTGCGTTACAGCTGCACCGGCAAGCGGACCCTTGTGGGAAACGCCACCCGCATGTGTGGGCTGGGCGGACACTGGACTGGCTCCCTCCCCCACTGCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000005784:ENSBTAT00000007609:61
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.062 A=NA C2=0.068
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008415=Sushi=WD(100=92.2)
A:
NA
C2:
PF0008415=Sushi=WD(100=91.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]